Débouchés

Insertion
Les statistiques présentées ici proviennent de différentes études réalisées (dont la dernière début 2017 auprès des 52 étudiants diplômés du M2 MODE - ou anciennement du M2 MSVE). 5 étudiants n'ont jamais répondu aux enquêtes et sont donc exclus des résultats présentés ci-dessous.
 
Sur 47 étudiants ayant répondu :
- 30 étudiants(soit près de 65%) ont eu l'opportunité de faire une thèse suite au Master MODE, parfois en effectuant la liaison entre le master et la thèse par des contrats de recherche en CDD.
- 7 étudiants ont souhaité se réorienter dans un domaine non lié au master (enseignement secondaire, agriculteur, services,...)
- 6 étudiants continuent ou souhaitent continuer dans le domaine de la modélisation, souvent dans des postes de soutien à la recherche, mais sans faire de thèse. Pami eux : 3 sont en CDI, 2 en CDD et 1 en recherche d'emploi.
- 4 étudiants souhaitent faire une thèse mais n'ont pas (encore) trouvé de sujet ou de financement. Parmi eux, 1 est en CDI, 2 en CDD et 1 en reprise d'étude.
 
Thèses
La carte ci-dessous présente les sujets et structures où sont/ont été effectuées ces thèses.
(Zoomer pour affiner la carte et cliquer pour plus d'infos)
 
Emploi
Exemple de poste occupés par nos diplômés :
- Post-doc de modélisation en écologie (après thèse)
- Ingénieur d'Etude (CDD ou CDI) en modélisation / statistiques
- ingénieur support client dans une entreprise fabriquant des logiciels de formulation pour la nutrition (modèles de nutritions)
- CDD statisticien à l'INSERM
- CDI modélisation de données cliniques dans une CRO (Contract Research Organisation) (après thèse)
- CDI développement et maintenance de logiciels
- CDI à iTK (modélisation des plantes en agriculture) (après thèse)
 
Publications
Ci-dessous une liste non exhaustives d'article publiés par des étudiants du master MODE, issus de leurs travaux de stage ou de thèse
 

Foraging as the landscape grip for population dynamics, a mechanistic model applied to crop protection Y. Bourhis, S. Poggi, Y. Mammeri, A.-M. Cortesero, R. Le Cointe, N. Parisey, accepted by Ecological Modelling

Large Preferred Region for Packaging of Bacterial DNA by phiC725A, a Novel Pseudomonas aeruginosa F116-Like Bacteriophage. Pourcel C, Midoux C, Hauck Y, Vergnaud G, Latino L. PLoS One. 2017 Jan 6;12(1)

Infectivity of symptomatic and asymptomatic Plasmodium vivax infections to a Southeast Asian vector, Anopheles dirus. Kiattibutr K, Roobsoong W, Sriwichai P, Saeseu T, Rachaphaew N, Suansomjit C, Buates S, Obadia T, Mueller I, Cui L, Nguitragool W, Sattabongkot J. Int J Parasitol. 2017 Feb;47(2-3):163-170.

Temporal niche differentiation of parasites sharing the same plant host: oak powdery mildew as a case study. Hamelin F., Bisson A., Desprez-Loustau M.-L., Fabre F. and Mailleret L. Ecosphere 2016

Development and evaluation of the herd dynamic milk model with focus on the individual cow component. Ruelle E, Delaby L, Wallace M, Shalloo L Animal: an international journal of animal bioscience, 1-12 (2016)

Rearranging agricultural landscapes toward habi- tat quality optimization: in silico application to pest regulation. N. Parisey, Y. Bourhis, L. Roques, S. Soubeyrand, B. Ricci, S. Poggi, in Ecological Complexity, 2016

Fruiting Strategies of Perennial Plants: A Resource Budget Model to Couple Mast Seeding to Pollination Efficiency and Resource Allocation Strategies. Venner S, Siberchicot A, Pélisson PF, Schermer E, Bel-Venner MC, Nicolas M, Débias F, Miele V, Sauzet S, Boulanger V, Delzon S. The American Naturalist (2016)

Complete Genome Sequences of Pseudomonas aeruginosa Phages vB_PaeP_PcyII-10_P3P1 and vB_PaeM_PcyII-10_PII10A. Pourcel C, Midoux C, Latino L, Petit MA, Vergnaud G. Genome Announc. 2016 Nov 17;4(6)

Complete Genome Sequence of PM105, a New Pseudomonas aeruginosa B3-Like Transposable Phage. Pourcel C, Midoux C, Bourkaltseva M, Pleteneva E, Krylov V. Genome Announc. 2016 Mar 3;4(2)

Dynamical network models for cattle trade: towards economy-based epidemic risk assessment. Hoscheit P., Geeraert S., Beaunée G., Monod H., Gilligan C.A., Filipe J., Vergu E., Moslonka-Lefebvre M.  Journal of Complex Networks 2016.

Dynamic QTLs for sugars and enzyme activities provide an overview of genetic control of sugar metabolism during peach fruit development. Desnoues E, Baldazzi V, Génard M, Mauroux JB, Lambert P, Confolent C, Quilot-Turion B. J Exp Bot. 2016 May;67(11):3419-31.

Pseudolysogeny and sequential mutations build multiresistance to virulent bacteriophages in Pseudomonas aeruginosa. Latino L, Midoux C, Hauck Y, Vergnaud G, Pourcel C. Microbiology. 2016 May;162(5):748-63.

Migration, Prospecting, Dispersal? What Host Movement Matters for Infectious Agent Circulation? Boulinier T, Kada S, Ponchon A, Dupraz M, Dietrich M, Gamble A, Bourret V, Duriez O, Bazire R, Tornos J, Tveraa T, Chambert T, Garnier R, McCoy KD. Integr Comp Biol. 2016 Aug;56(2):330-42.

Perception-based foraging for competing resources: assessing pest population dynamics at the landscape scale from heterogeneous resource distribution. Y. Bourhis, S. Poggi, Y. Mammeri, A.-M. Cortesero, A. Le Ralec, N. Parisey, in Ecological Modelling, 2015

Temporal fluctuations in the environment and intra-specific polymorphism: A model simulating the flowering phenology of gorse (Ulex europaeus). J Rio , JS Pierre , P Le Gouar , A Atlan. Ecological Modelling, vol 306 (2015)

Beyond Mortality: Sterility As a Neglected Component of Parasite Virulence. Abbate JL, Kada S, Lion S. PLoS Pathog. 2015 Dec 3;11(12):e1005229.

Interindividual Contacts and Carriage of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus: A Nested Case-Control Study. Obadia T, Opatowski L, Temime L, Herrmann JL, Fleury É, Boëlle PY, Guillemot D. Infect Control Hosp Epidemiol. 2015 Aug;36(8):922-9

Superinfection and the coevolution of parasite virulence and host recovery. Kada S. & Lion S. (2015).. Journal of Evolutionary Biology. 28 : 2285–2299

Modelling of paratuberculosis spread between dairy cattle farms at a regional scale. Beaunée G, Vergu E, Ezanno P. Vet Res. 2015 Sep 25;46:111.

A novel epidemiological model to better understand and predict the observed seasonal spread of Pestivirus in Pyrenean chamois populations. Beaunée G, Gilot-Fromont E, Garel M, Ezanno P. Vet Res. 2015 Jul 24;46:86.

Development and evaluation of the pasture-based herd dynamic milk (PBHDM) model for dairy systems. Ruelle E, Shalloo L, Wallace M, Delaby L. European Journal of Agronomy 71, 106-114 (2015)

Detailed contact data and the dissemination of Staphylococcus aureus in hospitals. Obadia T, Silhol R, Opatowski L, Temime L, Legrand J, Thiébaut AC, Herrmann JL, Fleury É, Guillemot D, Boëlle PY; I-Bird Study Group. PLoS Comput Biol. 2015 Mar 19;11(3)

Habitat selection of gray seals (Halichoerus grypus) in a marine protected area in France. Huon M., Jones E. L., Matthiopoulos J., McConnell B., Caurant F., Vincent CJournal of Wildlife Management. 2015, 79, (7), 1091-1100

From the Lotka–Volterra model to a spatialised population-driven individual-based model. Hugo Thierry, David Sheeren, Nicolas Marilleau, Nathalie Corson, Marion Amalric, Claude Monteil, Ecological Modelling 306:287-293 · June 2015

Interpretation and approximation tools for big, dense Markov chain transition matrices in population genetics. Reichel K, Bahier V, Midoux C, Parisey N, Masson JP, Stoeckel S. Algorithms Mol Biol. 2015 Dec 30;10:31

Investigation of a Large Collection of Pseudomonas aeruginosa Bacteriophages Collected from a Single Environmental Source in Abidjan, Côte d'Ivoire. Essoh C, Latino L, Midoux C, Blouin Y, Loukou G, Nguetta SP, Lathro S, Cablanmian A, Kouassi AK, Vergnaud G, Pourcel C. PLoS One. 2015 Jun 26;10(6)

Demography and sociality: Elasticity analysis in a gorilla population affected by an Ebola outbreak. Le Gouar P, Le Thiec S, Pierre A, Genton C, Ménard N, 2015.

How Ebola impacts social dynamics in gorillas: a multistate modelling approach. Genton C, Pierre A, Cristescu R, Lévréro F, Gatti S, Pierre JS, Ménard N, Le Gouar P. J Anim Ecol. 2015 Jan;84(1):166-76.

Sustainable deployment of QTLs conferring quantitative resistance to crops : first lessons from a stochastic model. Romain Bourget, Loïc Chaumont, Charles-Eric Durel and Natalia Sapoukhina, New Phytol. 2015 May;206(3):1163-71

Allee effects and the evolution of polymorphism in cyclic parthenogens. Castel M, Mailleret L, Andrivon D, Ravigné V, Hamelin FM. Am Nat. 2014 Mar;183(3):E75-88.

Profiling sugar metabolism during fruit development in a peach progeny with different fructose-to-glucose ratios. Desnoues E, Gibon Y, Baldazzi V, Signoret V, Génard M, Quilot-Turion B. BMC Plant Biol. 2014 Nov 25;14:336.

Timing of pathogen adaptation to a multicomponent treatment. Romain bourget, loïc chaumont and natalia sapoukhina, 2013, plos one.

Sources of organic matter for flatfish juveniles in coastal and estuarine nursery grounds: a meta-analysis for the common sole (Solea solea) in contrasted systems of Western Europe. Le Pape O., Modéran J., Beaunée G., Riera P., Nicolas D., Savoye N., Harmelin-Vivien M., Darnaude A.M., Brind’Amour A., Le Bris H., Cabral H., Vinagre C., Pasquaud S., França S., Kostecki C.  Journal of Sea Research 2013 , 75, 85-95.

Exponentiality of first passage times of continuous time Markov chains. Romain Bourget, Loïc Chaumont and Natalia Sapoukhina, 2013, Acta Applicandae Mathematicae.

The GAG database: a new resource to gather genomic annotation cross-references. Obadia T, Sallou O, Ouedraogo M, Guernec G, Lecerf F. Gene. 2013 Sep 25;527(2)

Heterogeneity of reproductive age increases the viability of semelparous populations. Paul Acker, Alexandre Robert, Romain Bourget and Bruno Colas, 2013, Functional Ecology

The dynamics of a recovering gorilla population after an Ebola outbreak. Céline Genton, Romane H Cristescu, Pascaline Le Gouar, Amandine Pierre, Nelly Ménard, 2012.

The R0 package: a toolbox to estimate reproduction numbers for epidemic outbreaks. Obadia T, Haneef R, Boëlle PY. BMC Med Inform Decis Mak. 2012 Dec 18

Seasonality and the evolutionary divergence of plant parasites. Hamelin FM, Castel M, Poggi S, Andrivon D, Mailleret L. Ecology. 2011 Dec;92(12):2159-66.