Les environnements souterrains stockent la plupart des eaux douces de la Terre et abritent divers microorganismes qui pourraient constituer une partie importante de la biosphère. Cependant, la dynamique et la distribution spatiale de ces microorganismes de subsurface, ainsi que leur réponse aux processus hydrologiques, sont encore aujourd’hui mal comprises. Des chercheurs rennais des labos Géosciences Rennes et ECOBIO – dans une étude réalisée dans le cadre de la thèse d’Olivier Bochet soutenue à l’université de Rennes 1 en décembre 2017 - ont utilisé les analyses chimiques et métagénomiques des eaux souterraines d'un aquifère du socle granitique du Massif armoricain (Observatoire hydrogéologique de Ploemeur, Morbihan, dans l'ouest de la France) afin de déterminer le rôle des fractures du sous-sol dans le développement de micro-organismes en profondeur. Ces résultats sont publiés dans la revue NATURE Geoscience en janvier 2020.
Projet RhizoMir : ECOBIO, lauréat d’une Marie Sklodowska-Curie - Christophe Penno, chercheur français à l’Université Collège Cork (Irlande) a obtenu une bourse européenne individuelle Marie Skłodowska-Curie. Ce projet intitulé RhizoMir « Rhizosphere microbiome recruitment by plants : Expansion of microRNA roles » débutera le 1er Janvier 2022 pour une durée de 2 ans, sous la supervision d’Abdelhak El Amrani, maitre de conférence à l’Université de Rennes 1, dans le laboratoire ECOBIO (équipe EGA, Evolution Génome Adaptation).