AG 2019 de la ZA Armorique


 AHLeGall    03/07/2019 : 21:55

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03/07 : ASSEMBLEE GENERALE

La ZA Armorique organise son AG annuelle le 3 juillet 2019 en salle de conf de l'OSUR.

(Accueil café à partir de 9h45)
- Introduction
- Présentation des nouvelles thèses
- Retour sur l'appel d'offre Rennes métropole - ZA Armorique 2019
- Présentation de 3 projets structurants menés respectivement sur les sites ateliers "Pleine-Fougeres", "Urbain" et "ZA sud"
- La ZA dans le réseau national et européen (activités en cours et évolution de la structuration)
- Métadonnées
- Points divers

13h: repas

14h-16h30: Prospective site atelier "urbain" - échanges avec les acteurs du territoire



>>> En savoir plus sur la ZA Armorique

Contacts OSUR
Cendrine Mony (ECOBIO) / @


"Metadata party" de la ZA Armorique


 AHLeGall    02/07/2019 : 21:55

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02/07 : SEMINAIRE TECHNIQUE

Une "métadata party" a lieu le mardi 2 juillet 2019 organisée par le ZAAr

Dans sa stratégie de structuration et de promotion des activités scientifiques, la Zone Atelier Armorique (ZAAr) organise une nouvelle session collective de formation et d'alimentation des métadonnées.

Cette session s'adresse à l'ensemble des personnels permanents (techniciens et ingénieurs, chercheurs et enseignants-chercheurs) et non-permanents (stagiaires, doctorants et post-doc) qui créé et/ou produit de la donnée scientifique relative à ce dispositif scientifique.

Centraliser les informations relatives à l'existence de ces données scientifiques et aux personnes référentes est aujourd'hui un enjeu majeur puisqu'il constitue un critère d'évaluation des ZAs et conditionne leur pérennité.

Il s'agit donc de former et d'accompagner les personnes concernées à la création et à l'alimentation des fiches de métadonnées (et des données associées) alimentant l'infrastructure de données spatiale OSURIS dédiée notamment à la ZAAr.

Cette session est également ouverte aux autres dispositifs d'Observation de l'OSUR.


Contact OSUR
Thomas Houet (LETG-Rennes) / @
Françoise Le Moal (ECOBIO) / @
Alban Thomas (LETG-Rennes) / @
Jean Nabucet -LETG-Rennes) / @


Abattre un arbre à l'âge de pierre


 AHLeGall    29/06/2019 : 21:55

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29/06 : ANIMATION GRAND PUBLIC

Le CReAAH propose une animation le samedi 29 juin 2019 à proximité de l'abbaye de Bon Repos (22). Il s'agit d'une des dernières expérimentations archéologiques menées dans le cadre d'un programme soutenu par la Région Bretagne et visant à évaluer l'efficacité des techniques d'abattage et des outils de pierre polie employés durant le Néolithique. Ce projet s'intitule "Comprendre les chantiers mégalithiques à partir d'un outil emblématique du Néolithique : la hache polie"
avec Lucie Béneteaud et Vincent Bernard (CReAAH).



Arbre 29juin2019



Contact OSUR
Vincent Bernard (CReAAH) / @


Réponses biogéochimiques des tourbières aux perturbations globales et locales : de l’observation à la restauration


 AHLeGall    28/06/2019 : 21:55

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28/06 : SEMINAIRE ECOBIO DE Sébastien Gogo (Université d'Orléans - ISTO)

Dans le cadre des séminaires ECOBIO, Sébastien Gogo présente sess travaux de recherche le vendredi 28 juin à 13h (salle de conf OSUR) avec un séminaire intitulé "Réponses biogéochimiques des tourbières aux perturbations globales et locales : de l’observation à la restauration"


Résumé
Les tourbières ne couvrent que 3% de la surface des continents, mais elles contiennent entre 1/4 et 1/3 du C des sols mondiaux. Ces "hot-spots" de stockage de carbone (C) sont soumis à de multiples perturbations locales et globales. En agissant sur les facteurs physiques (température, profondeur de la nappe d'eau), les perturbations pourraient transformer ces écosystèmes puits en source durable de C avec pour effet de rétroagir positivement sur les changements globaux. De plus, les perturbations induisent des changements de végétation dont les effets sur le cycle et le bilan de C sont encore peu étudiés. Dans ce contexte, les questions sur lesquelles je travaille sont : 1) comment sont affectées les composantes du cycle du C dans une tourbière soumises à un changement de végétation, 2) le fonctionnement en source de C d'une tourbières est-il réversible et 3) quelle rétroaction va se mettre en place dans le contexte des changements climatiques? Pour répondre à ces questions, l'approche adoptée est multi-échelle. Mon site d'étude principal est la tourbière de la Guette (Sologne). Ce site était dominé par les sphaignes, mais il est maintenant envahi par Molinia caerulea. A l'échelle la plus fine, je montrerai que le mélange de litière dans les tourbières peut entrainer une augmentation de la décomposition. A une échelle intermédiaire, j'exposerai les résultats d'une expérience en mésocosmes sur l'effet de la présence de Molinia caeruelae sur les flux de gaz à effet de serre. A l'échelle la plus large, je présenterai le bilan de C à l'échelle de l'écosystème. Au-delà de la compréhension du fonctionnement des tourbières, mon travail porte aussi sur la restauration de la fonction puits C de ces systèmes, dont je montrerai des résultats préliminaires. Enfin, après une présentation de mes activités de recherche et d'observation au niveau national et international, je présenterai quelques perspectives.


Contact OSUR

Animation ECOBIO / @


MACLEAN (MAChine LEarning for EArth observatioN)


 AHLeGall    27/06/2019 : 12:55

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27/06 : SYMPOSIUM GdR MaDICS

L’action MACLEAN (MAChine LEarning for EArth observatioN) du GdR MaDICS (Masses de Données, Informations et Connaissances en Sciences) est focalisée sur l’observation de la terre et l’apprentissage automatique. Dans le cadre du Premier Symposium GDR MaDICS (26-28 juin à Rennes), nous organisons une journée sur l’action MACLEAN le jeudi 27 juin 2019 à l’IRISA.


* 9h - Accueil

* 9h15 - 10h15 Conférence invitée (Simon Baillarin - CNES)
Big Data et Intelligence Artificielle, des enjeux pour l’Observation de la Terre et les Applications avals

* 10h30 - 12h  Session 1: Representational Learning to support Remote Sensing Analysis

Ekaterina Kalinicheva, ISEP:
Détection et analyse de changements non-supervisé dans la série d’images satellitaires

Sara Akodad, IMS:
Architectures hybrides de réseaux de neurones exploitants les statistiques d’ordre 2 sur les sorties des couches convolutives d’un CNN : application à la classification supervisée d’images satellitaires

Thomas Corpetti, Jean Nabucet, Sébastien Lefèvre, LETG & IRISA: 
Une nouvelle compétition pour l’IA au service du climat

* 14h30 - 15h30 Conférence invitée (Prof. Ronan Fablet - LabSTICC):
Ocean & Data Science: vieux amis et nouveaux défis

* 15h30 - 16h30 Session 2: Supervised and Semi-supervised Satellite Image Time Series analysis

Mohamed Chelali, LIPADE:
Analyse de l’occupation des sols à partir de séries temporelles d’images satellites basée sur la stabilité temporelle

Jean-Eudes Gbodjo, TETIS:
Multi-Source Land Cover mapping via RNN-based architecture: An application to West African agricultural landscape

Baptiste Lafabregue, ICUBE:
Deep constrained clustering applied to remote sensing time-series: a comparative experiment

* 16h30 - 17h Pause

17h - 18h Session 3: Distant, Weak and Noisy supervision

Nicolas Girard, INRIA
Noisy Supervision for Correcting Misaligned Maps Without Perfect Ground Truth Data

Mathieu Laroze, IRISA:
Annotation et détection d’objet pour les suivis environnementaux aériens

Claire Voreiter, IRISA:
A cycle GAN approach for Heterogeneous Domain Adaptation in Land Use classification

* 18h - 18h30 Discussions et Conclusions




Contact OSUR
Thomas Corpetti (LETG-Rennes) / @

Étude des bactéries oxydantes du fer dans les aquifères hétérogènes : rôle dans le fonctionnement biogéochimique des zones d'interface


 AHLeGall    26/06/2019 : 21:55

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26/06 : SOUTENANCE DE THESE DE LORINE BETHENCOURT (GEOSCIENCES RENNES / ECOBIO)

Le mercredi 26 juin 2019 à 13:30, dans la salle de conf OSUR (Bât. 14B Campus de Beaulieu, Université de Rennes 1), Lorine Béthencourt soutient sa thèse intitulée "Étude des bactéries oxydantes du fer dans les aquifères hétérogènes : rôle dans le fonctionnement biogéochimique des zones d'interface"

Celle-ci aura lieu en anglais devant un jury composé de :

  • Bénédicte Menez - Professeure à l'Université Paris Diderot (Institut de Physique du Globe de Paris) - Rapportrice
  • Frédéric Partensky - Directeur de recherche CNRS (Station biologique de Roscoff) - Rapporteur
  • Emmanuelle Petelet-Giraud - Chargée de recherche au BRGM (Bureau de Recherche Géologiques et Minières) - Examinatrice
  • Céline Brochier-Armanet - Professeure à l'Université Claude Bernard Lyon 1 (Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive) - Examinatrice
  • Jean-Raynald De Dreuzy - Directeur de recherche CNRS (Laboratoire Géosciences Rennes) - Examinateur
  • Luc Aquilina - Professeur à l'Université de Rennes 1 (Laboratoire Géosciences Rennes) - Directeur de thèse
  • Alexis Dufresne - Chargé de recherche CNRS (Laboratoire ECOBIO) - Co-directeur de thèse

Résumé:

Les bactéries de la famille des Gallionellaceae (β-proteobacteria) oxydent le fer dissous à pH neutre pour alimenter leur métabolisme énergétique. Ces bactéries sont endémiques des habitats microaérobies, où elles peuvent rivaliser avec l'oxydation abiotique rapide du fer par l'oxygène. Elles sont ainsi retrouvées généralement dans les zones d’interface entre l’atmosphère et un compartiment anoxique riche en fer, tel qu’une résurgence d’eau souterraine. Pourtant ces cinq dernières années, de plus en plus d’études attestent de la présence des Gallionellaceae en profondeur dans certains milieux souterrains, à des profondeurs où ils sont généralement considérés comme anoxiques. Dans plusieurs de ces milieux, comme par exemple certains aquifères du massif armoricain (Bretagne, France), les Gallionellaceae semblent même dominer les communautés microbiennes présentes. Cela suggère que non seulement il existe des zones d’interface en profondeur dans ces aquifères entre un compartiment contenant de l’oxygène et un compartiment anoxique riche en fer, mais aussi que ces zones d’interface peuvent avoir un rôle prépondérant dans le maintien des populations microbiennes en profondeur. L’objectif de cette thèse était ainsi d’explorer la diversité et l’écologie des Gallionellaceae au sein des milieux souterrains, afin de mieux comprendre le fonctionnement biogéochimique global de ces milieux. Une approche pluridisciplinaire a été privilégiée pour répondre à cet objectif, faisant intervenir des analyses hydrogéochimiques et métagénomiques sur plusieurs sites du massif Armoricain.


Abstract:

Bacteria of the Gallionellaceae family (β-proteobacteria) oxidise dissolved iron at circumneutral pH to fuel their energy metabolism. These bacteria are endemic of microaerobic habitats, where they can outcompete the rapid abiotic oxidation of iron with oxygen. They are thus generally found in the interface areas between the atmosphere and an anoxic iron-rich compartment, such as a resurgence of groundwater. However, in the last five years, several studies have shown the presence of Gallionellaceae at depth in some subsurface environments, at depths where they are generally anoxic. In several of these environments, such as some aquifers in the Armorican basement (Brittany, France), Gallionellaceae even seem to dominate the microbial communities. This suggests (I) that there are deep interface zones in these aquifers between an oxygen-containing compartment and an anoxic iron-rich compartment, and (II) that these interface zones can have a major role in maintaining microbial populations at depth. The objective of this thesis was to explore the diversity and the ecology of Gallionellaceae bacteria in these subsurface environments, for uncover their overall biogeochemical functioning. A multidisciplinary approach was used to achieve this objective, involving metagenomic and hydrogeochemical analyses.

Contact OSUR :
Lorine Bethencourt (Géosciences Rennes / ECOBIO) / @


Réponses écophysiologiques des insectes aux stress environnementaux


 AHLeGall    24/06/2019 : 21:55

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24/06 : SOUTENANCE DE HDR D'HERVE COLINET (ECOBIO)

Le lundi 24 juin 2019 à 14:00, en salle de conf de l'OSUR, Hervé Colinet soutient son HDR intitulée "Réponses écophysiologiques des insectes aux stress environnementaux"

Devant le jury composé de :

- Dominique JOLY    DR CNRS    Université Paris Sud, Paris     Rapporteur
- Frédéric SILVESTRE    Professeur    Université de Namur, Belgique     Rapporteur
- Claudio LAZZARI    Professeur    Université François Rabelais, Tours    Rapporteur
- Claudia WIEGAND    Professeur    Université de Rennes1, Rennes    Examinateur
- Patricia BELDADE    Professeur    Université de Lisbonne, Portugal    Examinateur
- Olivier LOURDAIS    CR CNRS HDR    Centre d’Etudes Biologiques de Chizé    Examinateur



Contact OSUR :
Hervé Colinet (ECOBIO) / @


Articulation recherche-formation : initiatives pédagogiques innovantes, réseaux de recherche, et perspectives de renforcement des collaborations franco-québécoises


 AHLeGall    21/06/2019 : 21:55

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21/06 : Workshop Université de Rennes 1-Institut National de la Recherche Scientifique

Le workshop « Articulation recherche-formation : initiatives pédagogiques innovantes, réseaux de recherche, et perspectives de renforcement des collaborations franco-québécoises" se tient le vendredi 21 juin 2019 de 10h à 17h30 au Pôle Numérique Rennes Beaulieu (PNRB, Campus de Beaulieu).



A cette occasion, 3 thématiques sont abordées dans lesquelles l'OSUR est fortement impliqué :

  • Des formations innovantes adossées à la recherche
  • Le LIA RESO : bilan et perspectives
  • Prospectives pour l'évolution et le renforcement des activités de recherches collaboratives INRS-UR1

Pour en savoir plus sur notre partenariat avec l'INRS :

Signature du LIA France-Québec RESO "REssources et SOciétés"
Journées interdisciplinaires en environnement : les liens Rennes-Québec se renforcent
MOOC Dynamique des paysages
Signature d'une convention de bidiplômation en Géoingénierie et Environnement (master Sciences de l'Eau)
Ecole de Rennes Intelligence Environnementale : retour en images




INRS 210619 Vd



Contact OSUR
Alain-Hervé Le Gall (OSUR multiCOM) / @


Impacts évolutifs des séquences répétées dans les génomes


 AHLeGall    21/06/2019 : 21:55

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21/06 : SEMINAIRE ECOBIO DE DELPHINE GIRAUD ET CECILE MEUNIER (ECOBIO)

Dans le cadre des séminaires d'équipe ECOBIO, Delphine Giraud et Cécile Meunier de l'équipe EGA présentent leurs travaux de recherche vendredi 21 Juin 2019 à 13h dans la Salle de conférence de l'OSUR au cours d'un séminaire intitulé "Impacts évolutifs des séquences répétées dans les génomes"


Dephine Giraud : "Dynamique des séquences répétées et leur expression au cours de la spéciation en contexte de polyploïdie"
Cécile Meunier : "Conflits intragénomiques et évolution de la méthylation chez Neurospora"

Affiche Seminaire ECOBIO 21juin2019


Contact OSUR

Animation ECOBIO / @


Using groundwater age to understand flow in the vicinity of open pit mines, northwest Australia


 AHLeGall    18/06/2019 : 21:55

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18/06 : SEMINAIRE OSUR DE PETER COOK (FLINDERS UNIV., AUSTRALIA)

Le mardi 18 juin 2019 à 11:00, en salle de conf de l'OSUR (campus de Beaulieu, bât.14B), Peter Cook propose un séminaire intitulé "Using groundwater age to understand flow in the vicinity of open pit mines, northwest Australia"


Cette présentation est proposée dans le cadre du cycle des séminaires de Géosciences Rennes et OSUR

Bio : Professor Peter Cook is internationally recognized for his research on environmental tracers, and their use to study groundwater flow and transport. He has co-written books on environmental tracers and ecohydrology, and has published more than 100 research papers in leading international journals. He was the National Ground Water Association’s Henry Darcy Distinguished Lecturer in Ground Water Science in 2009, the first time this honour was awarded to a scientist from outside North America. Between 2009 and 2014 he was Deputy Director of the Australian National Centre for Groundwater Research and Training (NCGRT).

Abstract : Open pit iron ore mines in the Pilbara region of northwest Australia require dewatering to create dry mining environments. Excess water is discharged to ephemeral creeks, and environmental tracers are being used to investigate the impacts of mine dewatering and the fate of mine water discharge. This talk will cover three aspects of environmental tracer studies in the Pilbara region: 1) Use of 3H, CFCs and 14C to distinguish between ambient groundwater and excess mine water that infiltrates after being discharged to creeks; 2) Intra-bore flow in long-screened wells – problems with contamination and methods for sampling these wells; and 3) Generic modelling studies to understand the role of hydraulic barriers (dykes and faults) on groundwater ages.

18juin2019

Contact OSUR :
Camille Bouchez (Géosciences Rennes) / @