La plus vieille biodiversité de communauté bactérienne jamais décrite, datée de 2,1 milliards d’années


 AHLeGall    21/08/2018 : 14:52

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La plus vieille biodiversité de communauté bactérienne, datée de 2,1 milliards d’années et son implication dans la conservation du biota francevillien

La plus vieille biodiversité de communauté bactérienne, datée de 2,1 milliards d’années et son implication dans la conservation du biota francevillien

Une équipe internationale, comprenant des chercheurs issus de trois laboratoires français - dont Anne-Catherine Pierson-Wickmann (Géosciences Rennes / OSUR) - vient de mettre en lumière les plus vieilles communautés bactériennes les mieux conservées jamais décrites. Ces communautés, qui datent de 2,1 milliards d’années sont spatialement et temporellement en parfaite symbiose avec les plus vieux macro-fossiles découverts dans le même site fossilifère au Gabon. L’ensemble de ce biota a prospéré en phase avec l’oxygénation optimale de l’atmosphère de l’époque. L'article est publié en juin 2018 dans la revue Geobiology.

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Voile bactérien âgé de 2,1 milliards d'années (Francevillien du Gabon) organisé en anneaux concentriques. © Abderrazak El Albani, IC2MP



Référence
Unusual microbial mat-related structural diversity 2.1 billion years ago and implications for the Francevillian biota. Aubineau J, El Albani A, Chi Fru E, Gingras M, Batonneau Y, Buatois LA, Geffroy C, Labanowski J, Laforest C, Lemée L, Mángano MG, Meunier A, Pierson-Wickmann AC5, Recourt P6, Riboulleau A6, Trentesaux A6, Konhauser KO. Geobiology. 2018 Jun 20. doi: 10.1111/gbi.12296


Contact OSUR
Anne-Catherine Pierson-Wickmann (Géosciences Rennes) / @
Alain-Hervé Le Gall (multiCOM OSUR) / @


Comment dater les eaux souterraines des aquifères cristallins ?


 AHLeGall    21/08/2018 : 08:05

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Une nouvelle méthode mise au point combinant silice dissoute (DSi) et concentrations de CFC

L'estimation du temps de résidence des eaux d’âges intermédiaires (de quelques années à un siècle) dans les aquifères peu profonds est essentielle pour (1) évaluer la vulnérabilité des eaux souterraines à l’apport de nutriments (azote notamment) et (2) estimer le temps requis pour atteindre le bon état des masses d’eaux, c’est-à-dire pour que les rivières ou les aquifères reviennent à un état proche de celui d’avant les pollutions causées par l’intensification de l’agriculture. Les temps de séjour intermédiaires dans les eaux souterraines sont actuellement déterminés à l'aide de traceurs atmosphériques tels que les chlorofluorocarbures (CFC), mais ces analyses sont coûteuses et vouées à disparaître compte tenu de la diminution de la teneur en CFCs dans l’atmosphère (les CFCs sont en effet interdits depuis 1997 puisqu’ils sont responsables de la destruction de la couche d’ozone).

Dans ce contexte, une équipe de chercheurs dans laquelle figure Jean Marçais, Alexandre Gauvin, Thierry Labasque, Luc Aquilina et Jean-Raynald de Dreuzy (Géosciences Rennes / OSUR) a développé avec succès une nouvelle méthodologie basée sur l’utilisation de la silice dissoute (DSi : Dissolved Silica) pour contraindre ces temps de résidence. Testée dans cinq aquifères cristallins en Bretagne (Ploemeur, Guidel, Pleine-Fougères, Saint-Brice-en-Coglès) et dans les Vosges (Strengbach), cette méthodologie pourrait permettre de quantifier les contributions des eaux souterraines aux cours d'eau et leur variation saisonnière, d'estimer les temps de séjour dans la zone non saturée et d'améliorer l'évaluation de la vulnérabilité des aquifères à la pollution anthropique. Ces résultats prometteurs sont publiés dans la revue Science of The Total Environment (STOTEN) en septembre 2018.


La pollution durable des ressources en eau

L'activité humaine a profondément modifié les cycles des nutriments partout dans le monde, polluant les écosystèmes aquatiques, mettant en danger la santé humaine et menaçant nos approvisionnements en eau. Les apports d'azote d’origine anthropique ont dépassé les limites que peut supporter notre planète, constituant l'un des problèmes environnementaux les plus urgents à régler par les sociétés humaines. Des initiatives internationales, nationales et régionales ont été entreprises au cours des dernières décennies pour réduire la charge d'azote, mais il est difficile d'en évaluer l'efficacité dans des systèmes naturels complexes, caractérisés par des effets mémoire importants qui font de la qualité de l’eau actuelle, le reflet de tout l’historique des intrants appliqués en milieu agricole depuis plusieurs décennies. L'estimation du temps de « remise en état » des écosystèmes des eaux de surface et souterraines à la suite d'une pollution par les nitrates, est essentielle pour mesurer l'efficacité des changements dans les pratiques agricoles, les méthodes d'atténuation et l'établissement d'échéanciers réalistes pour atteindre les objectifs réglementaires, notamment ceux fixés par l’Europe (cf La Directive 91/676/CEE, dite « directive nitrates » entrée en vigueur le 12 décembre 1991 : la concentration en nitrates dans les eaux superficielles destinées à l'alimentation en eau potable ne doit pas dépasser les 50 mg/l). Ce temps de remise en état dépend en grande partie du temps de résidence de l'eau et des solutés dans les composantes de surface et souterraines du bassin versant. En effet, la majorité du temps de transit au sein du bassin versant se produit dans le sous-sol, où l'eau peut séjourner et circuler pendant des mois à des années dans le sol ou la zone insaturée, voire des décennies à des siècles dans les aquifères proches de la surface.
Étant donné qu'aucun traceur ne peut à lui seul déterminer la distribution des âges des eaux souterraines sur ces échelles de temps aussi larges, des approches avec des traceurs multiples sont nécessaires pour une datation fiable des eaux souterraines.



Tracer pour dater

Pour caractériser la pollution par les nutriments, plusieurs traceurs sont particulièrement adaptés pour déterminer les temps de séjours, comme la datation isotopique 3H/3He (tritium/hélium-3) et les chlorofluorocarbures, les fameux CFC, qui constitue d’ailleurs la spécialité internationale du laboratoire Géosciences de l’OSUR et de sa plateforme CONDATE Eau. En effet, la concentration atmosphérique de ces gaz a été modifiée par l'activité humaine concomitamment à la grande accélération de la charge en nutriments due à l’intensification de l’agriculture des années 60. Cependant, les méthodes de datation par les CFCs manquent maintenant de résolution dans la fourchette des âges de 5 à 20 ans, puisque leurs concentrations atmosphériques ont stagné puis légèrement décru depuis 1998 suite à leur interdiction par le Protocole de Kyoto (signé en décembre 1997). Ce renversement des tendances atmosphériques signifie que toute concentration mesurée entre 1995 et 2018 correspond donc potentiellement à deux dates... Pas pratique… De plus, les échantillons de 3H/3He et de CFC sont relativement difficiles à prélever et coûteux à analyser, ce qui limite leur utilisation pour des eaux souterraines provenant de contrées éloignées ou de pays en développement. Par conséquent, les scientifiques s'intéressent beaucoup à la mise au point de nouveaux traceurs pour déduire le temps de résidence moyen des eaux souterraines d’âges intermédiaires.



La silice dissoute à la rescousse

Une famille prometteuse de traceurs potentiels pour les eaux souterraines est celle des produits d'altération naturelle tels que le Ca2+ (ion calcium), le Na+ (ion sodium) et la silice dissoute (DSi : Dissolved Silica). Une corrélation avait déjà été constatée entre le DSi et l'âge apparent dans plusieurs études portant sur des sites spécifiques. Cependant, et jusqu’à maintenant, la variabilité des taux d'altération n'avait pas été étudiée avec précision. En outre, la DSi avait rarement été considérée comme un traceur robuste de l'âge des eaux souterraines, bien qu'elle ait été utilisée comme indicateur relatif du temps de résidence.

Les chercheurs de l’OSUR ont donc eu à relever deux défis spécifiques pour l'utilisation de la DSi comme indicateur généralisable des temps de résidence moyens :
1. définir pour la DSi un cadre de modélisation basé sur le temps,
2. vérifier que les taux d'altération des silicates sont suffisamment stables à l'échelle régionale pour pouvoir utiliser effectivement et de manière pratique la concentration en DSi.

Dans ce cadre, les chercheurs rennais et leurs collègues ont donc développé une nouvelle approche utilisant la DSi des eaux souterraines pour déterminer les distributions des temps de séjours (RTD : Residence Time Distributions) : ils ont ainsi étalonné les taux apparents d'altération des silicates avec des traceurs atmosphériques de datation des eaux souterraines (les CFC), en tentant de répondre aux questions suivantes :
1. sur quelles échelles de temps peut-on utiliser la DSi comme traceur de l'âge de l'eau souterraine ?
2. dans quelle mesure le taux d'altération des silicates est-il variable parmi les aquifères peu profonds (i.e. quelques dizaines de mètres de profondeur), avec également des lithologies (nature des roches) différentes ?


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Jean Marçais et ses collègues ont émis l'hypothèse qu'une simple réaction cinétique d'ordre zéro pourrait simuler le taux d'altération dans les aquifères peu profonds, parce que l'hydrolyse resterait, sur les échelles de temps décennales, contrôlée par les processus de transport et d’équilibre thermodynamique. Inversement, un taux d'altération variable dans le temps (i.e. avec une réaction cinétique de premier ordre) serait nécessaire pour mesurer les premiers temps de l’hydrolyse qui ont typiquement lieu dans la zone non saturée (sol et zone altérée) ou pour prendre en compte une hydrolyse s’effectuant sur un temps plus long, typiquement dans des aquifères plus profonds.

Les chercheurs ont donc testé ces hypothèses en modélisant les distributions des temps de résidence (RTD) ainsi que la dynamique des conditions climatiques dans 5 aquifères cristallins peu profonds avec une lithologie contrastée, soient 4 sites en Bretagne (Ploemeur, Guidel, Pleine-Fougères, Saint-Brice-en-Coglès), et 1 dans les Vosges (Strengbach). Ce faisant, ils ont utilisé la chimie « classique » des eaux souterraines et les CFC dissous, d’origine agricole et domestique, pour calibrer des modèles chimiques dynamiques pour chaque bassin versant, en utilisant un modèle gaussien inverse pour simuler les RTD. Ils ont ainsi comparé cette nouvelle approche avec les méthodes précédentes et explorer les applications potentielles pour les problèmes de qualité des eaux souterraines à une échelle régionale.



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Dans l'ensemble, l’étude montre que la DSi est fortement liée au temps d'exposition des eaux souterraines aux roches cristallines. L’étude met en évidence la complémentarité de la DSi avec les CFC, ce qui permet une meilleure quantification des distributions des temps de résidence, y compris dans la zone non saturée et pour les masses d'eaux plus jeunes et plus âgées (où la fenêtre d'utilisation des CFC se referme rapidement).

Ainsi, la cohérence des taux d'altération de la DSi dans trois bassins versants de Bretagne (Guidel, Pleine-Fougères, Saint-Brice-en-Coglès) suggère que le DSi peut être un indicateur robuste et bon marché de l'âge des eaux souterraines à l'échelle régionale : (1) pour des bassins versants dont la géologie et le climat sont comparables, (2) avec des eaux souterraines récentes (5 à 100 ans). Les différences d'accumulation de DSi dans le site pompé de Bretagne (Ploemeur) sont interprétées comme la conséquence de différence de température ; dans l’aquifère des Vosges (Strengbach), le taux d'altération plus faible des silicates s’explique vraisemblablement du fait de différences climatiques et anthropiques de charge en solutés.

Finalement, à condition que le taux d’altération de la silice puisse être contraint régionalement, cette nouvelle méthodologie pourrait permettre de quantifier les contributions saisonnières des eaux souterraines aux cours d'eau, d'estimer les temps de séjour dans la zone non saturée et d'améliorer l'évaluation de la vulnérabilité des aquifères à la pollution anthropique.




Référence
Jean Marçais, Alexandre Gauvain, Thierry Labasque, Benjamin W. Abbott, Gilles Pinay, Luc Aquilina, François Chabaux, Daniel Viville, Jean-Raynald de Dreuzy, Dating groundwater with dissolved silica and CFC concentrations in crystalline aquifers, Science of The Total Environment, 636, 2018, 260-272



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Beaulieu 2020 : campus durable



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L'OSUR, au coeur du changement

La physionomie du campus de Beaulieu va changer sensiblement dans les mois qui viennent et impacter notre vie quotidienne. Arrivée du métro (avec une station près du RU Etoile), "croix verte" renforcée dans le cadre des mesures écologiques compensatoires (en lien avec la construction de la ligne B), construction de la halle expérimentale Buffon, etc. etc. vont grandement modifier le plan de circulation et de stationnement des usages du campus, et notamment ceux de l'OSUR.

Quand on vous dit que l'OSUR est au coeur du campus... et du changement !


On fait le point sur là où on en est en cette rentrée 2018 !


Constructions

Metro

Mobilite

Energies





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L’agriculture biologique favorise la régulation des bioagresseurs



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Publication dans la revue Nature Sustainability

Des chercheurs de l’INRA et de l’université de Rennes 1 - dont Stéphanie Aviron (BAGAP) et Julien Pétillon (ECOBIO) - ont mis en évidence, avec des collègues américains et allemands, que l’agriculture biologique (AB) favorise la régulation naturelle et la maîtrise des bioagresseurs : pathogènes (champignons ou bactéries), ravageurs animaux et adventices ("mauvaises herbes"). Ces résultats ouvrent des perspectives intéressantes pour réduire l’usage des pesticides de synthèse. L'article est publié dans la revue Nature Sustainability en juillet 2018.

>>> Pour en savoir plus


A lire dans la presse :
>>> LeMonde en ligne (21/08/2018)
>>> Novethic (18/08/2018)


Reference
Lucile Muneret, Matthew Mitchell, Verena Seufert, Stéphanie Aviron, El Aziz Djoudi, Julien Pétillon, Manuel Plantegenest, Denis Thiéry & Adrien Rusch. Evidence that organic farming promotes pest control, Nature Sustainability, volume 1, pages 361-368, 2018.
doi: 10.1038/s41893-018-0102-4



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ODD15


Camille Vautier (Géosciences Rennes / OSUR) remporte le 3ème prix du concours national 2018 Ma thèse en 180 secondes


 AHLeGall    18/06/2018 : 06:09

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Le 13 juin à Toulouse, Camille a remporté le 3ème prix du concours national 2018 MT180

Après avoir remporté le 1er prix du jury de la demi-finale MT180 de Rennes Métropole, le 20 février 2018, gagné la finale inter-régionale Bretagne Pays de la Loire (Prix du jury) qui s'est tenue au Couvent des Jacobins à Rennes le 19 mars 2018, Camille Vautier faisait partie des 16 finalistes sélectionnés à l'issue des "qualifications" qui se sont tenues à Paris le 6 avril.

Le 13 juin à Toulouse, Camille a remporté le 3ème prix du concours national 2018 Ma thèse en 180 secondes. Félicitations à Philippe Le Bouteiller (1er prix), Colin Gatouillat (2e prix).


Camille travaille sur la dégradation biologique aux interfaces du cycle hydrologique dans l'équipe DIMENV@risce de Géosciences Rennes, thèse sous la direction de Jean-Raynald de Dreuzy. Elle s'attache à prédire la pollution de l'eau aux nitrates à partir de mesures en ruisseau.

Mais c'est tellement mieux quand c'est elle qui le dit...





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De gauche à droite : Jean-Raynald de Dreuzy (directeur de l'OSUR et directeur de thèse de Camille Vautier), Camille Vautier, Frédérique Vidal (Ministre de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l'Innovation)


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De gauche à droite : Sophia Aram (journaliste), Antoine Petit (PDG du CNRS), Camille Vautier, Gilles Roussel (Président de la Conférence des Présidents d'Université / CPU)




>>> Pour en savoir plus sur le parcours de Camille Vautier




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Une géochimiste en mission aux îles Kerguélen


 AHLeGall    29/03/2018 : 08:38

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Retour sur la campagne d'été du projet TALISKER

Emilie Jardé (Géosciences Rennes / OSUR) revient d'un séjour de presque trois mois passé sur les îles Kerguélen, territoitres français subantarctiques. Cette campagne d’été 2017-2018 (du 5 décembre 2017 au 26 février 2018) fait partie du projet IPEV 1077 – TALISKER (Chemical Transfer accross the lithosphere of Kerguelen : from the mantle to the ocean).


Les travaux de recherche dans le cadre du programme TALISKER pendant la campagne 2017-2018 visaient plusieurs objectifs scientifiques :

  1. l’étude des systèmes hydrothermaux actifs
  2. l’étude de la mise en place des complexes intrusifs et paléo-circulations de fluides associés
  3. l’étude du transfert de matière terre-mer.

Ce programme contribue à la vocation de l’IPEV (Institut Polaire Français Paul-Emile Victor) de mettre en valeur les régions australes et de favoriser la sensibilisation du public aux problématiques propres à cette région en particulier, car ces îles volcaniques sont des laboratoires naturels exceptionnels pour la compréhension des changements climatiques globaux.

Ont participé à cette campagne : Guillaume Delpech (GEOPS, Géosciences Paris Sud), Emilie Jardé (UMR6118, Géosciences Rennes, Rennes), Damien Guillaume (responsable du programme, LMV@UJM, UMR6524, Université Jean Monnet) et Marc Le Romancer (UMR 6197, Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes, IUEM).


L’archipel des Kerguelen (superficie 7215 km², un des cinq districts des terres australes et antarctiques françaises) est une des rares terres émergées de l'hémisphère Sud, nous y étudions les transferts de matière vers l'océan ; matière minérale et matière organique. C’est spécifiquement pour l’étude de la matière organique que je suis partie en campagne d’été cet hiver. Les transferts de matière apportent les nutriments qui sont ensuite à l'origine des chaines alimentaires dans les océans. Identifier et quantifier ces transferts permet de contraindre les flux globaux entre les réservoirs terrestres. Pour cette partie du programme cette année, l'objectif était d'échantillonner les rivières et lacs des bassins versants déjà étudiés au moins une fois lors des campagnes précédentes afin de quantifier l'apport côtier et d'identifier la variabilité et/ou l'évolution à court terme de ces apports, également de caractériser les systèmes terrestres et leur diversité. Ce travail a été fait sur Rallier du Baty sur les rivières de la vallée de Larmor, de la vallée de la Plage Jaune, du Mont du Commandant, de la rivière Milady et de la Vallée de la Mouche, et sur le Plateau Central sur les rivières ayant leur déversoir au niveau de la base d'Armor (Lac d'Armor et système des lacs d'Enfer, d'Argoat et du Volcan du Diable) et sur la rivière la Grisanche. Pour cela, des mesures physiques et des prélèvements de sols et dans les rivières et les lacs ont été réalisés cette année. La préparation des échantillons a été réalisée sur les sites de prélèvements ou à la base scientifique de Port-aux-Français, les analyses chimiques seront effectuées au retour dans les laboratoires en métropole.

Une mission vers les Kerguelen commence d’abord par le voyage et différents mode de transport. Pour moi, depuis Rennes, ce fût : train, avion, bateau, hélicoptère, bateau, chaland, zodiac, bateau, avion, train…
Pour le voyage aller : départ de Rennes en train, embarquement à Paris en avion pour Saint Denis de la Réunion puis embarquement sur le Marion Dufresnes le 6 décembre pour une arrivée le 15 décembre. Au retour, embarquement le 14 février sur la Curieuse pour une arrivée le 25 février à Saint Denis de la Réunion, avion vers Paris puis train vers Rennes.

Le débarquement se fait à la base scientifique des Kerguelen (Port-aux-Français dans le Golfe du Morbihan) installée sur la partie Est de l’île.
Pour partir sur le terrain, nous prenons la Curieuse, direction l’Ouest et la Péninsule de Rallier du Baty où nous sommes restés pendant 5 semaines. Dans cette région, par d’infrastructure permanente (nous sommes à une journée en bateau de la base), l’IPEV a installé deux cabanes sur deux sites (Deux Frères et la Mouche) à l’extrême sud-ouest de l’île sur la Péninsule. La péninsule de Rallier du Baty est bordée de glaciers et nous parcourons à pied les vastes vallées glaciaires au milieu desquelles nous prélevons les eaux de rivières contrastées (glaciaires et boueuses ou limpides), les sols et les roches.  

Le retour à la base scientifique (Port-aux-Français) se fait en Curieuse pour commencer le traitement des échantillons. Ensuite mission d’une semaine sur le plateau central de l’archipel pour continuer les prélèvements d’eau de rivières et de sols. Retour quelques jours à la base pour finaliser la préparation des échantillons, préparer le colisage des échantillons qui seront renvoyés par bateau en métropole, puis c’est le départ des Kerguelen en Curieuse vers la Réunion et avion jusqu’en métropole avec des souvenirs plein la tête et des images plein les yeux. Sur cet archipel en plus des paysages exceptionnels, il y a une faune et une flore bien différente de celle de la Bretagne : manchots, éléphant de mer, otarie, azorelle, chou de Kerguelen…


Carte Kerguelen

Marion Dufresne Curieuse
Marion Dufresnes (à gauche, 120 m de long) et La Curieuse (à droite, 25 m de long)


Campement Kerguelen
Campement des Deux Frères (à gauche) et de la Mouche (à droite)


Prelevement Eau Kerguelen
Prélèvement d’eau dans la rivière de la Vallée de la Plage Jaune (22 décembre 2017) – Péninsule de Rallier du Baty (Kerguelen)


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Prélèvement d’eau dans la rivière de la Grisanche (04 février 2018) – Plateau Central


Manchots Kerguelen
Manchots papous (en haut à gauche) et royaux (en bas à gauche et à droite)


Otarie Kerguelen
Otarie


Elephants De Mer Kerguelen
Eléphants de mer


Equipe Kerguelen
La fine équipe devant le lac du Glacier de Plan Praz (01/01/2018) – Péninsule de Rallier du Baty (Kerguelen)


Mission Kerguelen



Paysage Lac Kerguelen
Entre paysage humide et paysage... aride

Vallee Kerguelen


Emilie Jarde Kerguelen



>>> En savoir sur projet IPEV 1077 – TALISKER (Chemical Transfer accross the lithosphere of Kerguelen : from the mantle to the ocean)


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Emilie Jardé (Géosciences Rennes) / @
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Pesticides chlorés et destruction de la couche d’ozone : un lien possible ?


 AHLeGall    10/01/2018 : 13:06

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La dissémination massive de pesticides chlorés pourrait-elle affecter l’émission par la végétation de chlorométhane destructeur d’ozone ?

Dans un article récent de Trends in Plant Science (février 2018) intitulé "Plant-Pesticide Interactions and the Global Chloromethane Budget", Françoise Bringel (CNRS, Université de Strasbourg) et Ivan Couée (ECOBIO) discutent dans quelle mesure la dissémination massive de pesticides chlorés pourrait affecter l’émission par la végétation de chlorométhane destructeur d’ozone.

Les émissions de chlorométhane, composé organique volatil, sont actuellement majoritairement d’origine naturelle, avec une très forte contribution de production par la végétation. En tant qu’halocarbone le plus abondant dans l’atmosphère, le chlorométhane est responsable à lui seul de plus de 16% de la dégradation de l’ozone stratosphérique causée par les composés halogénés.

Rappelons ici que dans la stratosphère, l’ozone joue un rôle d’écran naturel et bénéfique vis-à-vis des ultraviolets solaires (UV) dangereux pour la matière vivante : c’est le « bon ozone » ; inversement, l'ozone troposphérique (ou « de basse altitude ») est un polluant nocif pour la faune et la flore, produit principalement par la transformation, sous l’effet du rayonnement solaire, des oxydes d’azote (NOx) et des Composés Organiques Volatils (COV) émis majoritairement par les activités humaines (échappements des véhicules, des cheminées, incinérateurs etc.) : c’est le « mauvais ozone ».

L’analyse publiée par Ivan Couée et Françoise Bringel semble indiquer que le métabolisme des pesticides chlorés pourrait se connecter à la dynamique du chlorométhane chez les plantes et leur microbiome. Des estimations indépendantes permettent de calculer que la dissémination de pesticides chlorés pourrait aboutir à une contribution de 7 à 75% du budget global d’émission annuelle de chlorométhane atmosphérique, et donc affecter le « bon ozone » protecteur.


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L’étude des processus écologiques et biochimiques impliquant les interactions plantes-microbiome dans ces connexions pesticides chlorés/chlorométhane prend donc une importance particulière dans un contexte où le budget global du chlorométhane reste mal connu et où le changement climatique dû à l’augmentation des gaz à effet de serre (GES) pourrait également moduler ces interactions.

La baisse des concentrations d'ozone de la stratosphère peut entraîner quant à elle des répercussions climatiques et biologiques, où diverses rétroactions sont à envisager, comme la réduction de l'activité photosynthétique des plantes par exemple… Or, moins de photosynthèse, cela signifie donc moins de fixation du CO2 par les plantes, donc plus CO2 qui reste dans l’atmosphère, CO2 qui accroît d’autant plus le réchauffement etc. etc..

En conclusion, si la diminution de l’ozone stratosphérique est bel et bien un problème distinct de celui du changement climatique, il n’en reste pas moins que les interactions complexes au sein même de l’atmosphère, et entre l’atmosphère et l’océan d’une part, l’atmosphère et les continents d’autre part, sont telles que des influences sont inévitables entre tous ces phénomènes. À l’échelle de la planète, la question de la sauvegarde de la couche d’ozone stratosphérique qui englobe et protège la Terre reste donc plus que jamais un excellent exemple de problème d’environnement global.


Référence
Bringel, F. and I. Couée "Plant-Pesticide Interactions and the Global Chloromethane Budget." Trends in Plant Science, Volume 23, Issue 2, February 2018, Pages 95-99. doi.org/10.1016/j.tplants.2017.12.001


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Archéologie et réalité virtuelle : les nouvelles techniques de production, d'exploration et d'analyse d'environnements archéologiques virtuels



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Jean-Baptiste Barreau, ingénieur d’études CNRS en informatique au sein de l’UMR CReAAH de l’OSUR, a soutenu le 10 juillet 2017 une thèse intitulée "Techniques de production, d'exploration et d'analyse d'environnements archéologiques virtuels".

Jean-Baptiste Barreau, ingénieur d’études CNRS en informatique au sein de l’UMR CReAAH de l’OSUR, a soutenu le 10 juillet 2017 une thèse intitulée "Techniques de production, d'exploration et d'analyse d'environnements archéologiques virtuels". Cette thèse, remarquable et remarquée, est originale, car elle est à l’interface de l’archéologie et des nouvelles technologies : modélisation 3D, reconstitution de sites et de monuments, interaction en réalité virtuelle.

Ces techniques sont particulièrement utiles aux archéologues, car elles donnent à voir et à analyser ce qui n’existe plus, de surcroît de manière dynamique et interactive. En effet, si les possibilités de numérisation 3D des vestiges actuels d'un site archéologique par le biais des dernières techniques d'acquisition 3D (photogrammétrie/scan laser) aident à la compréhension de son fonctionnement, elles peuvent aussi permettre de véritables hypothèses de reconstitutions du site tel qu'il a pu l'être à une époque donnée. En outre, les besoins de la communauté archéologique concernant ces restitutions de structures ou d'environnements sont considérables. Au-delà d'un intérêt évident en termes de valorisation du patrimoine, celles-ci permettent de véritablement mieux appréhender leurs fonctionnements et les sociétés qui les ont occupés.

Le travail de Jean-Baptiste a ainsi permis, dans un premier temps, d’opérer, traiter et analyser différents niveaux de production d'environnements archéologiques 3D pour la recherche archéologique ; puis, dans un second temps, de concevoir et mettre en place des méthodes d'interactions et de simulations immersives. Leur objectif est de permettre aux archéologues de démontrer certaines hypothèses de recherche, notamment en travaillant sur la perception d'indices visuels pertinents. Éminemment interdisciplinaires, ces recherches impliquent des collaborations étroites avec d’autres partenaires de recherches du pôle scientifique rennais : l’université de Rennes 1, l’IRISA (laboratoire INRIA), le CNRS, et l’INSA.


Quelques exemples de productions d'environnements archéologiques 3D

L’objectif de la production d’environnements 3D est de fournir in fine des « restitutions de l’hypothétique ». Le point de départ de cette démarche est basé sur la numérisation de l’existant. Les premières restitutions réalisées par Jean-Baptiste ont ainsi eu pour sujet des châteaux, ou parties de ces châteaux, et une citadelle syrienne. Du fait de leur solidité et de leur résistance à l’érosion du temps, ces restitutions reposent sur des vestiges existants plus ou moins conséquents. Voici 3 exemples pour illustrer cette démarche : la porte des Champs du château d’Angers (Maine-et-Loire), le château de Coatfrec (Côtes-d’Armor) et la Citadelle d’Alep (Syrie).

Pour la porte des Champs du château d’Angers, l’objectif scientifique étant d’obtenir un probable état de la porte au XIIIe siècle. À partir de photos et informations qualitatives et quantitatives fournies par l’archéologue référent, une première itération de restitution castellaire non texturée a donc pu être réalisée. À partir des volumes correspondant à l’existant de la porte des Champs, le travail a consisté à créer, éditer et supprimer différents éléments indiqués par l’archéologue. L’objectif est alors de rendre compte, d’un point de vue surtout qualitatif, du contenu des retours de l’archéologue et du travail induit.


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Première itération de la restitution de la porte des Champs du château d’Angers au XIIIe siècle


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Rendu de l’itération actuelle de la reconstitution 3D de la porte des Champs du château d’Angers au XIIIe siècle



Concernant le château de Coatfrec, les vestiges étaient moins conséquents. Une numérisation par une entreprise allemande a fourni le nuage de points résultant. Avec celui-ci, quelques plans, croquis et discussions avec les archéologues, ont permis de proposer une restitution. Les textures étant plus homogènes, le travail de texturage a été moins long que dans le cadre de la porte des Champs.



Coatfrec
Rendus 3D montrant les sections Nord et Ouest du château de Coatfrec



Enfin, il reste encore suffisamment de vestiges pour constituer un modèle 3D de l’architecture initiale de la citadelle d’Alep en Syrie. Cependant, la situation de guerre civile rendant extrêmement difficile une numérisation "classique" par photogrammétrie ou lasergrammétrie, Jean-Baptiste a expérimenté un procédé pour produire un modèle 3D « aussi pertinent que possible » uniquement à partir de quelques photographies touristiques. Ce processus combine modélisation 3D sur un nuage de points de mauvaise qualité et du texture mapping à partir d’un corpus d’images disponibles sur internet.



Alep
Photos de la Citadelle d’Alep prises par un archéologue touriste, nuage de points de faible qualité et rendu final texturé du modèle 3D



Mais parfois, l’existant est… inexistant : on est obligé d’en passer par le traitement de la documentation archéologique disponible. Plusieurs travaux de reconstitution 3D ont donc concerné des environnements archéologiques pour lesquels l’existant ne permet au mieux que de faibles hypothèses. Il s’agit alors, en plus des échanges avec l’archéologue, d’intégrer de façon optimale la documentation qu’il aura constituée et de suivre une approche descendante dans laquelle les itérations avec l’archéologue permettent de valider la compréhension de ladite documentation et d’affiner chaque élément de l’environnement. La reconstitution du navire de la compagnie des Indes le Boullongne suit cette démarche documentaire itérative.

La modélisation 3D du navire s’est fondée sur des plans dessinés dans une monographie (Boudriot, 1983). De nombreux plans à l’échelle ont ainsi été numérisés et intégrés dans un logiciel de modélisation 3D, permettant à des graphistes du CNPAO (Conservatoire Numérique du Patrimoine Archéologique de l'Ouest : lire plus bas) de modéliser les différents objets du navire et son gréement. Ces éléments 3D sont d’abord issus de la lecture de la documentation faite par les graphistes, puis corrigés par l’historienne référente. Le modèle informatique final est ainsi "mathématiquement" composé de 408 233 polygones et 224 570 sommets. Les éléments ont été texturés grâce à des données recueillies par l’historienne, cependant, la plupart des textures restent fortement hypothétiques.



Boullongne1
Boullongne2
Sections, plans et étapes de reconstitution 3D du Boullongne


Boullongne3
Vue éclatée du modèle 3D et rendu final du Boullongne



La navigation dans un environnement archéologique virtuel

Une étape encore plus avancée dans la virtualité - et encore plus intégrative - est désormais envisageable grâce à des méthodes d'interactions et de simulations immersives. En effet, malgré les apports d’une production menée avec et pour les archéologues, il subsiste des manques liés au contrôle des hypothèses et des incertitudes. Il est en effet important de rester lucide sur le fait que ces productions 3D correspondent majoritairement à un niveau que l’on peut qualifier au mieux d’expertise et au pire d’opinion. L’enjeu est donc désormais de concevoir des outils de réalité virtuelle, en l’occurrence immersive, pouvant proposer un chemin vers la preuve, voire le consensus scientifique. Ces nouvelles méthodes et outils visent donc à vérifier comment les possibilités de navigation, d’interaction avec un objet et de simulation peuvent amener des archéologues à la construction, à l’analyse et à la valorisation d’une reconstitution la plus pertinente possible. Voici donc 2 exemples pour illustrer cette démarche immersive : la navigation au sein du cairn de l’île Carn (Finistère) et la simulation de flore au sein de l’habitation sucrière de Rémire (Guyane française).

Il est à noter d’emblée que l’intérêt majeur de cette démarche vise la navigation et l’interaction avec des objets d’environnements archéologiques virtuels… mais à l’échelle 1:1

Les intégrations de différents sites du corpus du CNPAO au sein de la plateforme Immersia sur le campus de Beaulieu de l'université de Rennes 1 ont entraîné des réflexions autour des modes de navigation. En effet, les sites étant bien hétérogènes, notamment au niveau de leurs dimensions, plusieurs modes ont été implémentés.



Echelle 1 1
Navigation libre au sein de l’épave d’Erquy, de la chapelle de Languidou et de la plantation sucrière de Rémire



La première intégration d’environnement archéologique 3D au sein de cette plateforme Immersia fut celle du cairn de l’île Carn. Les premiers retours des archéologues furent la bonne qualité de sensation d’immersion et de rendu. La grande taille de la plateforme permet une vision périphérique complète et rapide de la structure architecturale du cairn : 9,60 mètres de long, 3 mètres de profondeur, 3 mètres de haut, Immersia est une des plus grandes salles de réalité virtuelle au monde. La possibilité de navigation naturelle en (X,Y), « physique » pourrait-on dire, et de lévitation au Flystick permet de se déplacer facilement partout dans le cairn, aux dimensions du même ordre que celles de la plateforme, et de bien observer des parties intéressantes telles que des peintures, pierres de couleur, fentes, etc.. Outre la lévitation, cette navigation en (X,Y) reste impossible dans la réalité en raison de l’exiguïté d’accès et de la dangerosité du site.



Cairn
Accès difficile, intégration de la restitution 3D et exploration immersive du cairn de l’île Carn



De la même manière, la navigation libre a été testée sur un autre environnement archéologique, la plantation sucrière de Rémire en Guyane, en mettant notamment en avant la question de l’éclairage naturel. En archéologie, l’étude des activités agricoles représente un volet important, car elles touchent nécessairement l’humanité au moins depuis la révolution néolithique. Les liens évidents entre agriculture et ensoleillement ont amené Jean-Baptiste à étudier l’intégration d’une simulation de l’évolution de la lumière du soleil pendant une journée complète sur le site de la plantation sucrière.



Sucrerie Lumiere
Action sur la vitesse de l’alternance jour/nuit au sein de la sucrerie



La flore constitue l’élément majeur du site de la plantation sucrière. Jean-Baptiste a ainsi planté virtuellement de la végétation sur un rectangle d'une superficie de 1800 hectares, dont la topographie résulte d’altitudes issues de sondages, de cartes actuelles et du XVIIIe siècle. La végétation aux XVIIe-XVIIIe siècles étant cependant différente de celle d’aujourd’hui, au-delà des plantes utilisées dans l’activité du site d’après les sources directement liées (cacaoyer, caféier, canne à sucre et coton), des sources documentaires ont été exploitées. En comparant avec les sources d’un botaniste ayant visité l’endroit à l’époque, les plantes suivantes ont été intégrées : Baumier du Pérou, Cannelier de Ceylan, Campêche, Goyavier à grandes fleurs, Hura crepitans, Cacaoyer et Palétuvier blanc. Ainsi, en plus de la canne à sucre et du citronnier, il a fallu stocker quasiment chacune de ces plantes, à partir d’une bibliothèque de plantes 3D quand elles s’y trouvaient, ou les modéliser dans le cas contraire. Le placement des caféiers, des zones forestières et des plants de canne à sucre a été effectué de manière semi-automatique dans des zones évoquées par les sources. Notamment pour les plants de canne à sucre, des paramètres de densité et de différences aléatoires de positions/dimensions s’imposaient et ont donc été utilisés pour simuler la non-homogénéité de la réalité. Ce ne sont pas moins de 787 000 plantes qui sont ainsi affichées dans l’environnement archéologique virtuel, dont 782 000 plants de canne à sucre.  Compte tenu de l’étendue du site, l’objectif a été de proposer une simulation visuelle de paysage, en plateforme immersive, au sein de laquelle l’utilisateur perçoit sans rupture la végétation proche et la lointaine.



Sucre1
Rendus 3D de cacaoyer, palétuvier blanc et cannelier de Ceylan


Sucre2
Simulation 3D de végétation sur la plantation sucrière de Rémire




Quelles perspectives ?

A travers ces quelques exemples de travaux sur la production, l’exploration et l’analyse d’environnements archéologiques virtuels, Jean-Baptiste démontre l’intérêt de développer – pour et avec les archéologues - la production adaptative et itérative d’environnements archéologiques 3D, mais aussi l’utilisation d’environnements archéologiques virtuels. Il est désormais possible d’imaginer comment la réalité virtuelle peut accompagner l’évolution du métier d’archéologue vers une sorte d’idéal : voir, sentir, entendre, manipuler, interagir avec des éléments certes virtuels, mais parfois parcellaires dans la réalité. Plus concrètement, les archéologues devraient dans le futur proche pouvoir mesurer, analyser, consulter des sources, interpréter, expérimenter et modéliser par le biais d’un système de réalité virtuelle : bref, pouvoir tester et valider en « situation » des hypothèses de travail.

Dans un futur encore plus lointain, les enjeux se situeront probablement au niveau de la simulation et de l’interaction avec des humains virtuels du passé. Pour restituer leurs gestes dédiés à des tâches disparues, les avancées technologiques permettront ainsi de simuler des humains en activités du passé. Pour l’archéologue immergé pouvant vérifier la cohérence de l’environnement, il serait ainsi envisageable d’appréhender les activités des humains virtuels, de faire interagir ces activités avec l’environnement archéologique virtuel, puis enfin de déduire de ces activités une narration du quotidien d’un site archéologique.

Nul doute que ses travaux futurs trouveront une prolongation également au sein du CNPAO, le Conservatoire Numérique du Patrimoine Archéologique de l'Ouest, dont Jean-Baptiste est le coordinateur. Une initiative originale qui fédère archéologues et informaticiens d’horizons divers (université de Rennes 1, CNRS, INSA, INRAP, INRIA), et qui lui avait valu en 2014 le prix Werner Weber.


Contact
Jean-Baptiste Barreau (CReAAH) / @
Alain-Hervé Le Gall (multiCOM OSUR)


Expo "Éternité, rêve humain et réalités de la science"


 AHLeGall    23/05/2017 : 14:36

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Romain Causse-Védrines, technicien au labo ECOBIO, a collaboré à l'exposition "ÉTERNITÉ, RÊVE HUMAIN ET RÉALITÉS DE LA SCIENCE" proposée du 19 mai 2017 au 12 mars 2018 au Muséum d'histoire naturelle de Nantes.

Romain Causse-Védrines, technicien au labo ECOBIO, a collaboré à l'exposition "ÉTERNITÉ, RÊVE HUMAIN ET RÉALITÉS DE LA SCIENCE" proposée du 19 mai 2017 au 12 mars 2018 au Muséum d'histoire naturelle de Nantes. On peut le retrouver à travers des vidéos de vulgarisation comme "Les 10 plus vieux animaux" et "La méduse immortelle"



Bandeau Eternite Web


L’Homme a toujours rêvé d’éternité. Cette exposition le replace dans la diversité du vivant et l'histoire de la Terre.

Depuis l’Antiquité, des croyances variées animent chaque civilisation : la résurrection chez les Égyptiens, le paradis pour les perses, la réincarnation des hindous. Au Moyen Âge, c’est l’alchimie qui tente de répondre à la question de la vie éternelle par la confection d’élixirs et de la pierre philosophale.

Aujourd’hui, ce rêve d’éternité s’insinue dans notre réalité grâce aux progrès technologiques et médicaux. L’homme peut-il être considéré comme une machine dont on remplacera les pièces défaillantes par des prothèses bioniques ? Pourra-t-il, à l’instar d’autres animaux comme la salamandre, régénérer tout ou partie de son corps ? Pourrons-nous faire repousser des tissus ou même des organes entiers ? Les nouvelles technologies semblent pouvoir nous aider à nous battre contre la mort, à repousser toujours plus loin les limites de la vie.

Et les autres ? Afin de replacer l’Homme dans la diversité du vivant et l’histoire de la Terre, l’exposition propose un voyage dans le temps : le temps de vie des autres êtres vivants, le temps d’existence des espèces (l’espèce Homo sapiens existe depuis près de 200 000 ans) et le temps de la Terre et de l’Univers.

>>> En savoir plus sur l'expo



A propos de la contribution de Romain

Dans cette expo multi-supports, Romain - plus connu sur la toile sous le pseudo de Professeur Lablouse - propose des contenus audiovisuels : des vidéos en format court dont il est particulièrement friand puisqu'il anime une chaine youtube dédiée à la vulgarisation scientifique en biologe/écologie. En voici deux exemples proposés dans le cadre de l'expo






On peut retrouver et suivre Romain dans ses pérégrinations sur les réseaux sociaux

> youtube
> twitter
> facebook



Contacts OSUR
Romain Causse-Védrines (ECOBIO)
Alain-Hervé Le Gall (multiCOM OSUR)


Workshop: Where land becomes stream


 AHLeGall    15/03/2017 : 13:12
 Aucun    Caroussel

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Where land becomes stream: connecting spatial and temporal scales to better understand and manage catchment ecosystems

Where land becomes stream: connecting spatial and temporal scales to better understand and manage catchment ecosystems


Date and location: Rennes, France, 7-8 March 2017.
Number of participants: 24
Number of countries: 5
Number of institutes: 11


On the 7th and 8th of March 2017, 24 international experts on hydrology and ecology held a conference in Rennes France at the OSUR. In addition to colleagues from France, there were participants from the UK, Sweden, Germany, and the USA (see full list of participants below). The workshop was convened by Dr. Gilles Pinay (University Rennes 1, France), Dr Benjamin Abbott (Michigan State University, USA), Professor Florentina Moatar (University of Tours, France), and Dr. Ophélie Fovet (INRA Rennes, France).

Participants worked together to develop new tools and data to address environmental issues of water quality in headwater streams. While headwater streams represent the vast majority of stream length and are the primary conveyor of water, solutes, and particulates, they have such high spatial variability that is difficult to relate concentrations and fluxes to catchment characteristics. Given the high cost of high-frequency water quality monitoring, how can we quantify this heterogeneity in an ecologically meaningful way?

Specifically they addressed the following questions:
• How can we integrate multiple, non-uniform data sources (e.g. occasional synoptic sampling, high-frequency time series, agency water quality data)?
• What are the limits to extrapolating high-frequency data from a single catchment?
• What tools can be used to scale spatially and temporally in headwater catchments to address management issues and improve hypothesis testing?

Specific working groups investigated:
• Analysis of concentration-discharge (C-Q) relationships at multiple spatial and temporal scales, providing a stream network perspective of hysteresis and chemostasis.
• Long-term changes in seasonality as indicators of ecosystem health and efficacy of management actions.
• Optimizing monitoring designs to leverage intensive and extensive water quality sampling depending on the monitoring objectives (e.g. diagnostic, preventive action plan assessment).
• Synchrony and stationarity of headwater catchment water quality.
• Novel modelling techniques to link hydrological and biogeochemical functioning.

Sub-groups of participants contributed to the production of discussion papers prior to the meeting; these provided a basis for discussion at the start of the workshop, feeding into plenary sessions later on.




Where Land Becomes Stream2b
Headwater streams like this one in Brittany France, make up the majority of the terrestrial-aquatic interface and global river habitat. They respond quickly to changes in precipitation, experiencing huge swings in water flow and water chemistry. Photo: G. Pinay.

Where Land Becomes Stream3b
Human activity has profoundly impacted small streams. Urbanization and agriculture alter stream ecology with nutrient-rich runoff, and physical modifications change hydrological behavior, like the diking of this channel near the Mont Saint-Michel World Heritage Site. Photo: B. Abbott.


The main conclusion was that current water quality monitoring schemes are a consequence of historical priorities and choices. Consequently, they are not always able to evaluate whether current regulations are being met. Most regulatory frameworks are focused on not exceeding legal thresholds or annual load limits. If monitoring designs are not able to evaluate these parameters, they are unlikely to usefully inform management efforts to improve water quality. While downstream annual loads in large catchments are relatively well constrained, bias in sampling currently prevents quantification of concentration thresholds through the stream network, which requires higher-frequency and more distributed sampling. This raised four questions for further consideration in a follow-up discussion paper: i) What are the most relevant regulatory goals? ii) What kinds of interventions would be most effective to improve performance in regard to those goals? iii) How long will it take before improved management will be reflected in performance? iv) How can a monitoring framework be developed to better integrate and create synergy between scientific researchers and land managers?

In addition to the discussion paper, other papers will be written as outcomes of the meeting: one on emergent properties, looking at how and why variance in water quality varies with spatial scale; a second paper on the characterization, classification and prediction of solute (co)variability in catchments and in ungauged basins; and a third paper which will consider new metrics of water quality data. Finally, we will prepare two letters, one to be sent by hydrologists to aquatic ecologists and another from aquatic ecologists to hydrologists. In both cases we are interested to learn what disciplinary differences prevent hydrologists and ecologists from working together. The letters will address the following questions: What does the other side get wrong? What is intimidating or confusing about the other side - why are their concepts hard to master? What collaboration opportunities do you wish they would offer? In due course, we aim to produce short commentaries for both communities outlining opportunities for future scientific collaboration.



Participant list:

Nicholas Howden (University of Bristol)
Tim Burt & Fred Worrall (University of Durham)
Jay Zarnetske & Ben Abbott (Michigan State University, USA)
Francois Birgand (North Carolina University, USA)
Andreas Musolff (Leipzig UFZ, Germany)
Sarah Godsey (Idaho State University, USA)
Zhang Qian (USEPA Chesapeake Bay Program, USA)
Kevin Bishop (SLU, Sweden)
Gilles Pinay, Gérard Gruau, Jean Marçais, Jean-Reynald de Dreuzy, Camille Vautier (CNRS, University Rennes 1, France)
Florentina Moatar & Camille Minaudo (University of Tours, France)
Ophélie Fovet, Rémi Dupas, Chantal Gascuel, Patrick Durand, Laurent Ruiz, Zahra Thomas (INRA Rennes, France)


Where Land Becomes Stream4



>>> More information see publication in EOS 2017/07/07 : Abbott, B. W., G. Pinay, and T. Burt (2017), Protecting water resources through a focus on headwater streams, Eos, 98, https://doi.org/10.1029/2017EO076897. Published on 07 July 2017.



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