Un nouveau reptile volant dans le ciel provençal du Crétacé



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La découverte d'un fossile de ptérosaure du Crétacé de Provence (site de Velaux, Bouches-du-Rhône), l'un des plus complets pour cette période en Europe, vient d’être publiée par une équipe de paléontologues franco-belge, avec notamment Romain Vullo (Géosciences Rennes).

La découverte d'un fossile de ptérosaure du Crétacé de Provence (site de Velaux, Bouches-du-Rhône), l'un des plus complets pour cette période en Europe, vient d’être publiée par une équipe de paléontologues franco-belge, avec notamment Romain Vullo (Géosciences Rennes). Ce spécimen unique, appartenant à un nouveau genre et espèce (Mistralazhdarcho maggii), vient confirmer la singularité et l'intérêt du gisement de Velaux, notamment pour la préservation des restes squelettiques et le cachet particulier de la faune mise au jour.

>>> Lire l'article sur le site de l'InEE-CNRS


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Fragment de la mandibule du Ptérosaure Mistralazhdarcho maggii. et détail de la lame osseuse

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Quand les chiens accompagnent les premiers agriculteurs à travers l’Europe


 AHLeGall    17/10/2018 : 09:18

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Un lien indéfectible il y a déjà plusieurs milliers d’années

Quand les premiers agriculteurs-éleveurs ont migré à travers l’Europe, il y a plus de 7 000 ans, ils n’étaient pas tout seuls. Ils ont aussi emmené leur animal de compagnie préféré, le chien. Une étude internationale publiée en octobre 2018 dans la revue Biology Letters, menée par des chercheurs de l’École Normale Supérieure de Lyon, du Muséum National d'Histoire Naturelle, de l’Université d’Oxford et de l’Université de Rennes 1 - avec notamment Morgane Ollivier (ECOBIO) - montre qu’il y a 7500 à 9000 ans, les chiens ont accompagné les populations humaines pendant plusieurs millénaires au cours de la transition néolithique et de son expansion depuis le Proche-Orient, jusqu’au Nord et l’Ouest de l’Europe. L’étude indique également que les chiens issus du Proche-Orient ont remplacé petit à petit, au cours du Néolithique, les populations européennes de chiens associées aux chasseurs-cueilleurs et domestiquées depuis plus de 15 000 ans.







>>> Lire le communiqué de presse sur le site de l'InEE-CNRS
>>> Lire l'article sur le site de l'université de Rennes 1
>>> Lire l'article BBC news



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Climat ou Tectonique : les précipitations de la mousson à l'origine de l'enfoncement du Mékong ?



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L’incision rapide du Mékong au milieu du Miocène

[publication en octobre 2018 dans Nature Geoscience, avec Kerry Gallagher (Géosciences Rennes)]

Le plateau tibétain est un vaste ensemble de plateaux d’une surface de plus de deux millions de kilomètres carré situé en Asie centrale, au Nord de l'Himalaya. Il a été créé par la collision des plaques indienne et eurasienne au cours du Cénozoïque (~45 millions d'années, ou Ma). A ce titre, ce plateau constitue une des plus grandes structures topographiques de la Terre. Le nord-ouest du plateau est la région la plus élevée avec une altitude dépassant souvent les 5 000 m.

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Les géologues présupposent d’ordinaire que le soulèvement des plateaux orogéniques coïncide avec l'incision fluviale des gorges qui coupent généralement les marges de ces plateaux : il y aurait donc simultanément (1) un phénomène de soulèvement du relief (i.e. d’un plateau en l'occurrence) du fait de la tectonique, et (2) un phénomène d'érosion (i.e. d'incision) du plateau en question, du fait de l'action du fleuve sur le substrat rocheux.



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Gorge étroite du fleuve supérieur de Mekong (Rhett A. Butler / source)




Le Mékong, qui draine la région orientale du Qiangtang en Chine et le sud-est du plateau tibétain, est l'un des dix plus grands fleuves du monde en termes de débit d'eau et de sédiments (284 km3 d’eau par an en moyenne). Bien qu'il s'agisse d'une contrainte majeure dans l'histoire de l'élévation du plateau tibétain, la chronologie de la formation du fleuve Mékong reste encore aujourd’hui très controversée dans la communauté des sciences de la Terre : les estimations allant en effet de plus de 55 à moins de 5 millions d'années...

L'équipe internationale impliquée dans l'étude publiée en octobre 2018 dans Nature Geoscience, dont Kerry Gallagher (Géosciences Rennes / université de Rennes 1) tentent donc de répondre à cette question essentielle de datation en se basant sur des données de thermochronologie basse température appliquées à des échantillons du substratum rocheux incisé par le fleuve. Ces données, et leurs histoires thermiques associées, révèlent une phase d'incision rapide dans le bas du Mékong (> 700 m) pendant le Miocène moyen, il y a environ 17 Ma. Autrement dit, bien longtemps après le soulèvement de la partie centrale et sud-est du plateau tibétain (~45 Ma). En outre, cela coïncide avec une période d'augmentation des précipitations de mousson d'été dans l'Est de l'Asie par rapport à celles observées au début du Miocène.

À l'aide de la modélisation du profil des cours d'eau, les chercheurs démontrent qu'une telle augmentation des précipitations (due à la mousson d'été) aurait pu produire l'incision observée dans le Mékong. En l'absence d'une contribution tectonique évidente, ils suggèrent par conséquent que l'incision rapide du plateau tibétain et la mise en place - i.e. l'implantation - du Mékong au Miocène moyen puissent être attribués pour l'essentiel à une érosion accrue pendant une période géologique correspondant à de fortes précipitations de mousson.


Reference
Junsheng Nie, Gregory Ruetenik, Kerry Gallagher et al. Rapid incision of the Mekong River in the middle Miocene linked to monsoonal precipitation. Nature Geoscience, oct 2018



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17 lauréats à l’honneur lors de la cérémonie de remise du diplôme de master Environnement-Droit


 AHLeGall    10/10/2018 : 08:57

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Avec le parrainage d'Alain Lhostis, fondateur de la société AQUATIRIS

Le Master Environnement-Droit a présenté pour sa dixième promotion sortante 17 lauréats qui ont reçu leur diplôme des mains de leur parrain, Alain Lhostis, cofondateur de la société Aquatiris, en présence de Pr. Gabriel Caloz, vice-président, Pr. Sophie Langouët-Prigent, directrice de la fondaiton Rennes1, Pr. Philippe Vandenkoornhuyse, responsable de la mention Biodiversité, Ecologie et Environnement, DR. Nathalie Hervé-Fournereau, présidente du comité scientifique du Master et d’Afif Daher et Cendrine Mony, coresponsables du Master Environnement-Droit.

Entourés de parents, d’amis et d’enseignants, ils ont été tous à l’honneur lors de la cérémonie de remise du diplôme de Master Environnement-Droit, avec une major de promotion Flora Laville-Collomb. La cérémonie a eu lieu le 5 octobre 2018 à l’Observatoire des Sciences de l’Univers de Rennes, suivie d’un cocktail convivial.

Les différents intervenants ont tenu à féliciter les lauréats et à exprimer la fierté de l'université, la Fondation et le parrain, de voir ces étudiants, désormais diplômés, se lancer dans le monde professionnel avec une formation de qualité et reconnue par le monde socio-économique. Ils ont également souligné l’intérêt et l’actualité des formations pluridisciplinaires notamment dans le domaine de l’environnement, ainsi que la forte implication des responsables du Master et leur investissement auprès des étudiants.


Rappelons que les diplômé.e.s disposent après les 2 années de formation d’une double compétence en environnement et en droit, avec un niveau d'expertise pour contrôler l’application des mesures réglementaires, réaliser des études d’évaluation environnementale ou mettre en place des normes environnementales au sein de structures territoriales ou d’entreprises...

>>> Le site d'appui du master Droit Environnement


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De gauche à droite : Afif Daher, Gabriel Caloz, Alain Lhostis


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Cendrine Mony (ECOBIO) / @
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AG 2018 de GéoContact



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Le 25 septembre dernier, l’association GéoContact a tenu son AG et a renouvelé son bureau, présidé par une étudiante en Master 1 GEOMORE.

Le 25 septembre dernier, l’association GéoContact a tenu son AG et a renouvelé son bureau, présidé par une étudiante en Master 1 GEOMORE.

GéoContact est une association à but non lucratif qui regroupe les étudiants de Licence et Master intéressés par les sciences de la Terre et l’environnement, ainsi que les doctorants de Géosciences Rennes. Le but premier de l’association est de permettre une meilleure intégration des étudiants au sein du laboratoire et de faciliter les liens entre les enseignants/chercheurs et les étudiants des différentes promotions en sciences de la planète.

Le mardi 25 septembre 2018, l’association GéoContact a tenu son assemblée générale afin de présenter le bilan de l’année universitaire 2017-2018 et d’élire un nouveau bureau. L'AG a eu un franc succès puisqu’elle a réuni 32 étudiants provenant de Licence, Master et Doctorat, favorisant ainsi la mixité entre les différentes promotions, un des objectifs principaux de l’association.

Concernant le bilan de l’année 2017-2018, l’association a réalisé deux projets principaux :
- un séjour à Nancy au salon Géologia pour les étudiants de Master, financé par le laboratoire Géosciences Rennes et l’OSUR, permettant ainsi aux étudiants d’échanger avec des professionnels d’entreprises du monde des géosciences. À la suite du salon, certains ont été contactés par des entreprises leur proposant un entretien pour un stage
- un weekend de découverte géologique et environnementale en Normandie avec une journée ayant pour thème "A la découverte des traces de trois orogenèses et des roches faisant partie des plus vieilles d’Europe !" ; une autre avec pour thème "Impact des variations climatiques sur les risques d’inondation dans le cotentin" (présentée par Frédéric Gresselin, chargé de mission de développement de la connaissance des milieux – DREAL).


L’association a aussi réalisée d’autres projets dont une visité guidée de la collection de minéraux et fossiles de l’université par Damien Gendry ainsi que du laboratoire de modélisation par Jean-Jacques Kermarrec. Shirley Franc, ancienne étudiante du master GEOMORE, a animé deux ateliers autour de la gestion des mines et des carrières sous forme de jeux de rôle.

Pour plus d’informations concernant les différents projets réalisés au sein de l’association, n’hésitez pas à consultez le nouveau site de l’association.

L’association a renouvelé en partie son bureau avec de nouveaux membres. Ils sont 7 au total avec le soutien de 14 membres actifs. Avec désormais un nouveau président... qui est une présidente : Chloé Ludon, étudiante en Master 1 GEOMORE.

Liste des membres du bureau :
• Chloé Ludon, présidente et étudiante en Master 1 GEOMORE
• Thomas Bernard, vice-président et doctorant en 1ère année dans l’équipe DIMENV
• Clémentine Lassalle, trésorière et étudiante en Master 1 GEOMORE
• Corentin Jeanneau, vice-trésorier et étudiant en Master 1 GEOMORE
• Thomas Legoff, secrétaire et étudiant en Master 1 GEOMORE
• Thomas Vincent, vice-secrétaire et étudiant en Master 1 GEOMORE
• Maelys Pain, Chargé de communication et étudiante en Master 2 GEOMORE




Les projets 2018-19

Le nouveau bureau - plein de dynamisme ! - a déjà fait ressortir des idées de projets dont certains sont déjà lancé comme la création d’un nouveau logo Geocontact (voir ci-dessous) et la réservation d'un étage du bar Amaryllis afin de rassembler une première fois les filières en Sciences de la Terre le jeudi 25 octobre. Plusieurs soirées se feront le long de l'année, par exemple la Sainte Barbe, MJC... De plus, le souhait majeur de l'association est de créer un pull GEOCONTACT avant janvier, avec différents coloris et le nouveau logo brodé et pourquoi pas aussi une veste si le premier modèle marche. De plus un compte Twitter va voir le jour dans les semaines à venir.

Enfin, comme l'année passée, un déplacement au salon Géologia 2018 organisé chaque année à Nancy, dédié aux rencontres entre étudiant(es) et professionnel(les) dans le domaine des géosciences (mines, pétrole, environnement, énergie, géotechnique, BTP, gestion des risques...) est programmé le 22 Novembre, avec le soutien financier de l'OSUR et de Géosciences Rennes.



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Et en bonus, la promo 2018-19 du master 1 STPE-GEOMORE. La photo a été prise à la pointe des Chats sur l’île de Groix en septembre 2018, dans le cadre des 2 journées de terrain de tecto.

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Et le nouveau logo de l'asso

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Chloé Ludon  (présidente de GéoContact, Géosciences Rennes) / @
GéoContact : @
Alain-Hervé Le Gall (multiCOM OSUR)


Prix de thèse Mappemonde 2018 de l'Institut de Géographie


 AHLeGall    01/10/2018 : 14:21

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L’Institut de Géographie (Paris) a décerné le 21 septembre 2018 son Prix de Thèse Mappemonde 2018 à Edwige Motte (LETG-Rennes).

L’Institut de Géographie (Paris) a décerné le 21 septembre 2018 son Prix de Thèse Mappemonde 2018 à Edwige Motte (LETG-Rennes).


Ce prix récompense  "une thèse de doctorat de qualité, où l’image géographique (prise au sens large : cartes, photographies, modèles, croquis et cartogrammes, représentation de données satellitaires, SIG, animations…) aura été mobilisée de manière particulièrement pertinente dans le raisonnement scientifique".


Cette année 5 travaux étaient en compétition, sélectionnés par la section 23 du CNU lors de sa session de qualification 2018. Le prix de thèse 2018 de Mappemonde est donc attribué à Edwige Motte pour « Iconographie et géomorphologie : l’usage de représentations artistiques des rivages comme outil de lecture de l’évolution du littoral », thèse soutenue à l'université Rennes 2 le 12 octobre 2017, au laboratoire LETG-Rennes, sous la direction d'Hervé Regnauld et Marie-Pascale Corcuff

>>> En savoir plus

Résumé :

Le littoral subit de constants changements : son évolution est induite à la fois par des processus biophysiques – houles, tempêtes, courants marins, agents météorologiques –, et par une anthropisation notoire, particulièrement accentuée au cours des derniers siècles. En France, sur les côtes de la Manche, la variété et la richesse des types de côtes ont suscité l’inspiration de nombreux artistes notamment depuis le milieu du 19e siècle. Musées, archives, collections privées, détiennent de précieux témoignages visuels de l’histoire des lieux. Cette thèse vise à mettre en évidence la valeur informative de l’iconographie artistique des rivages à travers l’observation des évolutions géomorphologiques du littoral. La première partie contextualise la démarche générale en exposant un certain nombre de considérations théoriques essentielles au centre desquelles figurent les enjeux d’une géomorphologie moderne, le statut des images en géographie et une rétrospective de l’histoire des représentations picturales du paysage. La seconde partie explore concrètement le potentiel pressenti de l’exploitation des documents artistiques en tant que source d’information à l’échelle des rivages normano-bretons. A partir d’un corpus représentatif restreint d’œuvres d’art, une méthodologie est développée. Enfin, la troisième et dernière partie des travaux présente une application de la méthodologie élaborée dans un contexte précis. Le territoire considéré est celui de l’estuaire de la Rance maritime avec pour principale problématique l’identification et l’évaluation des modifications architecturales et sédimentologiques intervenues au niveau du trait de côte et sur l’estran. Les résultats de cette approche sont diffusés au sein d’une interface numérique visant à être consultée, et à terme alimentée, par un large public.



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Edwige Motte (LETG-COSTEL) / @


Prix BOURCART 2018 de la Société Géologique de France


 AHLeGall    26/09/2018 : 10:10

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Le Prix BOURCART 2018 est attribué à Cécile Robin (université de Rennes 1, Géosciences Rennes).

Le Prix BOURCART 2018 est attribué à Cécile Robin (université de Rennes 1, Géosciences Rennes).

La Société Géologique de France souhaite reconnaître ses qualités scientifiques, son rôle de formatrice et animatrice d’équipes mais surtout ses apports fondamentaux en termes de stratigraphie séquentielle, de stratigraphie des déformations et leur application industrielle.

>>> Annonce sur le site de la SGF

Cécile est actuellement maître de conférences à l'université de Rennes 1

  • Ingénieur de l’Ecole Nationale Supérieure de Géologie de Nancy (1989-1992)
  • Doctorat à Rennes en 1995 : « Mesure stratigraphique de la déformation : Application à l’évolution jurassique du Bassin de Paris »
  • 1995-1996 ATER à l ENSG Nancy
  • 1996 - 2003 Maitre de conférence à Paris 6
  • 2003 – actuel Maitre de conférences à Rennes 1
  • HDR en 2006 " Les sédiments, archives de la Terre : de l’affleurement à la synthèse de bassin "
  • Prix 2004 « Charles Jacob, James Hall, Paul Fallot-Jérémine » de l’Académie des Sciences – Institut de France
  • Prix BOURCART 2018 de la Société Géologique de France


Thèmes de recherche

  • La sédimentologie de faciès et ses applications dans la quantification des paléobathymétries ;
  • La caractérisation sédimentologique et stratigraphique des systèmes turbiditiques. Les relations tectonique – sédimentation en contexte gravitaire ;
  • Caractérisation des facteurs de contrôle de l’enregistrement sédimentaire et compréhension de la genèse des séquences stratigraphiques ;
  • Les relations Tectonique – Sédimentation de l’échelle du bassin à l’échelle du pli syn-sédimentaire ; mesure et modélisation des variations d’accommodation et de subsidence des bassins sédimentaires dans différents contextes géodynamiques ;
  • Utilisation des signaux sédimentaires et stratigraphiques pour la reconstitution des processus de déformation de la lithosphère ;
  • Reconstitution et quantification du signal eustatique long-terme ;
  • Caractérisation de l’évolution de la paléotopographie terrestre continentale : relations avec les processus climatiques et la dynamique du manteau, enregistrement stratigraphique de l’évolution des reliefs anciens ;
  • Quantification des flux sédimentaires


Sites d'études

  • Bassin de Paris et domaine ouest-téthysien, Iran, Oman, marge sud téthysienne, Yémen, Maroc, Bétiques, Nouvelle-Zélande, Afrique du Sud, Canal du Mozambique, Mozambique, Madagascar, Ouganda, Tienshan chinois, Tienshan kirghize


Responsabilités passées et actuelles

  • Membre élue du CNU section 36 (de 2004 à 2015)
  • Membre du bureau du Programme INSU-IFREMER-TOTAL-BRGM-IFP- Action-Marges, dédié à l’étude des marges passives (depuis 2009)
  • Membre du conseil scientifique du GDR FORPRO et du programme INSU SYSTER (toujours en 2015)
  • Responsable de l’équipe Dynamique des Bassins de Géosciences Rennes de 2006 à fin 2014
  • Membre du jury de CAPES SVT (de 2008 à 2012) et vice-présidente du jury depuis 2015
  • Responsable du MASTER Sciences de la Vie et de la Terre depuis 2008
  • Co-responsable de la préparation au CAPES et à l’Agrégation en Sciences et Vie de la Terre à Rennes depuis 2003
  • Co-responsable enseignement Sciences de la Terre à Rennes
  • Responsable MASTER MEEF (M1, M2)
  • Responsable L3 SVT




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Cécile Robin (Géosciences Rennes) / @


Rentrée 2018 du master Sciences de l'Eau de Rennes


 AHLeGall    18/09/2018 : 14:39

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40Les deux premières semaines de septembre ont été consacrées à l'accueil des 80 étudiants du Master Sciences de l'Eau : réunions de rentrée, remise à niveau, mise en situation...

40Les deux premières semaines de septembre ont été consacrées à l'accueil des 80 étudiants du Master Sciences de l'Eau : réunions de rentrée, remise à niveau, mise en situation... Les activités se sont conclues par un "forum d'échanges autour des stages" où M1, M2 et anciens M2 ont pu échanger sur leurs attentes, inquiétudes et retour d'expériences autour de la recherche de stage et du Master en général.

A cette occasion les nouveaux entrants en M2 ont réalisé un poster sur leur stage de l'année précédente (M1) afin de montrer la diversité des métiers auxquels le Master forme. Bel exercice de communication qui s'est poursuivi pour certains, suite au vote des M1, par un "mon stage en 180s" !

Les "paléo" M2 tout juste diplômés sont venu échanger avec leurs successeurs autour d'un atelier "Fishbowl" avant d'entamer un goûter préparé par les étudiants


>>> Voir la courte vidéo (3') faite par les étudiants de M2 pour le stage de terrain Mont-St-Michel/ Pleine-Fougères (17 au 19 septembre 2018)





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(responsable : Olivier Bour / @ )

L’objectif du master mention  Sciences de l'Eau est de former des cadres scientifiques spécialisés dans la gestion de la ressource en eau et en sol, le transport des éléments et la gestion des milieux naturels depuis la surface vers les sols et les sous-sols. Le master permet d’aborder la gestion de la ressource en eau sous les angles de quantité (physique), de qualité (chimie) et d’habitats (écologie).

Les parcours du master sont organisés pour déboucher vers 11 domaines de métiers, identifiés à partir des emplois occupés par d’ex-étudiants de l’établissement depuis 10 ans : gestion des habitats ; restauration des milieux ; sols et assainissement ; gestion des rivières ; qualité des eaux ; sites et sols pollués ; eaux de surface et souterraines ; hydrogéologie et géothermie ; hydrologie urbaine ; modélisation des réseaux ; modélisation des écoulements.
La formation par la recherche aux méthodes quantitatives qui est mise en œuvre dans les parcours, permet à l’étudiant de s’insérer au sein de la vie professionnelle avec un niveau de compétence d’ingénieurs à l’issue de son master ou de poursuivre en doctorat, appliqué ou fondamental. Le parcours numérique de niveau M2 est proposé en ligne, en formation continue.


> Site d'appui du master
Master SER Banniere




Le LiDAR et l'apprentissage-machine ("machine learning") au secours de l’archéologie



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La détection de tumulus, structures funéraires du Néolithique

La technologie LiDAR aéroportée, qui est largement utilisée en archéologie s’est, au cours de la dernière décennie, révélée un outil précis pour décrire les formes de relief anthropomorphiques. Après avoir dérivé un modèle numérique de terrain (MNT) de données LiDAR, les caractéristiques archéologiques sont généralement mises en valeur à l'aide de multiples techniques de visualisation et, à l'occasion, de techniques automatisées de détection ou de classification. Une telle approche offre des résultats limités lorsqu'elle est appliquée à des structures hétérogènes (différentes tailles, différentes morphologies), ce qui est souvent le cas pour des vestiges archéologiques qui ont été altérés au cours des siècles.

Cette étude publiée dans la revue Remote Sensing en février 2018 par Alexandre Guyot et Laurence Hubert-Moy (LETG-Rennes) et Thierry Lorho (CReAAH, DRAC-SRA) propose de surmonter ces limites en développant une analyse multi-échelle de la position topographique combinée à des algorithmes d'apprentissage-machine supervisés (Random Forest). Plutôt que de mettre en évidence des anomalies topographiques individuelles, l'approche multi-échelle permet d'examiner les structures archéologiques non seulement comme des objets individuels, tout en prenant leur environnement en compte. Cette méthode innovante et simple donne deux niveaux de résultats : une image composite de la structure topographique de la surface et une carte de probabilité de la présence de structures archéologiques. La méthode a été développée pour détecter et caractériser les structures funéraires mégalithiques dans la région de Carnac, la Baie de Quiberon et le Golfe du Morbihan (France), dont l'inscription sur la liste du patrimoine mondial de l'UNESCO est actuellement envisagée. Ainsi, les sites archéologiques connus ont été géoréférencés avec une plus grande précision qu'auparavant (même lorsqu'ils sont situés sous une végétation dense) et un contrôle au sol a confirmé la présence d'un tumulus néolithique inconnu dans la commune de Carnac. Les données ont été acquises en 2016 par un LIDAR Titan Optech acquis par l’OSUR et l’OSUNA.

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Relief topographique et bathymétrique de la région de Carnac, de la Baie de Quiberon et du Golfe du Morbihan, ainsi que la couverture LiDAR utilisée dans l'étude et les emplacements des sites archéologiques néolithiques des zones de Lann Granvillarec et Kerlescan


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Le "Tumulus de Coët-Cougam", auparavant inconnu du Service archéologique régional (Drac/SRA), a été détecté par la méthode développée


Les résultats préliminaires présentés dans cet article ont montré que cette approche combinée aux techniques d'apprentissage-machine peut fournir des résultats et des possibilités utiles :
- une technique innovante et pertinente de visualisation de structures archéologiques utilisant un MNT dérivé de données LiDAR;
- la capacité d'aider les archéologues à améliorer les descriptions (emplacement géographique, étendue, morphologie) des structures inventoriées ;
- un support à la prospection archéologique (par visualisation/interprétation d'images MSTP = Multiscale Topographic Position) ;
- un pas vers la détection semi-automatique en intégrant des algorithmes d'apprentissage-machine.

Bien que la méthode ait été développée sur deux zones test, les outils et le traitement en workflow sont suffisamment opérationnels pour étudier l'ensemble des données LiDAR couvrant la zone de Carnac. Des levés de terrain supplémentaires sont néanmoins nécessaires pour évaluer complètement la méthode mise au point, ce qui peut nécessiter d'ajuster le processus et d'affiner le modèle à l'aide d'échantillons supplémentaires vérifiés au sol.

La base de données actuelle (sous forme d’une coordonnée XY par site) offre une précision variable sur l'ensemble de la "zone UNESCO.La plupart des positions de site correspondent en fait à des centroïdes de parcelles de terrain. L'utilisation de données LiDAR et la méthode proposée permettent d'améliorer la documentation des sites. Au-delà du projet de l'UNESCO, cette étude a été menée au sein du Service archéologique régional de Bretagne (Drac/SRA), dont l'objectif est d'enrichir continuellement l'inventaire des sites archéologiques pour assurer la protection de ce patrimoine.

Bien que cette étude ait porté sur les vestiges archéologiques du Morbihan, la méthode mise au point sera testée à l'avenir pour étendre le champ d'application à un plus large éventail de structures et à une variété de contextes archéologiques.


Référence
Guyot, A.; Hubert-Moy, L.; Lorho, T. Detecting Neolithic Burial Mounds from LiDAR-Derived Elevation Data Using a Multi-Scale Approach and Machine Learning Techniques. Remote Sens. 2018, 10, 225. doi.org/10.3390/rs10020225



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Alexandre Guyot (LETG-Rennes) / @
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Comment optimiser le marquage moléculaire grâce aux marqueurs SNP ?



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Une nouvelle méthode simplifiée et standardisée de séquençage/génotypage pour gagner du temps… et de l’argent

Chrystelle Delord, Eric Petit et Gilles Lassalle (INRA, ESE) et leurs collègues publient en septembre 2018 dans la revue Methods in Ecology and Evolution une nouvelle méthode simplifiée et standardisée de séquençage/génotypage de marquage moléculaire grâce aux marqueurs SNP.


Avant de se lancer dans la présentation de cette méthode… peut-être n'est-il pas inutile de procéder à quelques rappels élémentaires en génétique et donner des éléments de vocabulaire !

Un des objectifs de la génétique est de fournir une description de la variabilité génétique d’un individu par rapport à un autre. Chaque individu d’une espèce donnée peut être identifié rigoureusement par une empreinte génétique originale. Pour établir cette empreinte, une analyse du polymorphisme de l’ADN est conduite sur un ensemble de marqueurs moléculaires : quelques dizaines à quelques centaines qu’il va donc falloir identifier ! Cela implique de disposer d’une technologie efficace d’identification de ces marqueurs. En génétique comme ailleurs, outre la rigueur, efficacité signifie économe en temps et en argent.

Le marquage moléculaire regroupe un ensemble de techniques révélant des différences de séquences d’ADN (acide désoxyribonucléique) entre individus. Les marqueurs moléculaires permettent de détecter ces différences (polymorphisme) dans des régions spécifiques de l’ADN : ce sont donc des « balises » du génome. L’ADN est le support de l’information génétique



Genetique

Genome
(source : GNIS Pédagogie)



Parmi les marqueurs moléculaires, les SNP (Single Nucleotide Polymorphism) sont des différences d’une seule base dans une séquence d’ADN.

Svg
(source wikipedia : Polymorphisme nucléotidique)



Jusqu’ici vous suivez ? OK, alors on continue !

La génétique des populations multi espèces (ou multispécifique) est un domaine émergent qui fournit des informations pertinentes sur la biologie de la conservation et l'écologie des communautés. Cependant, à ce jour, cette approche est limitée aux espèces ayant des ressources génétiques disponibles, c’est-à-dire des espèces pour lesquelles on connait tout ou partie du génome, et donc les fameux SNP. Chez les espèces non modèles, des technologies récentes de génotypage par séquençage (GBS = genotyping-by-sequencing) constituent aujourd’hui la stratégie préférentielle, mais elles restent prohibitives lorsque plusieurs espèces sont concernées, et elles fournissent par ailleurs des milliers de marqueurs pas tous utiles qu’il faut trier, ce qui représente un temps d’analyse – un « temps machine » important - et donc un coût financier associé conséquent.

Les trois équipes du labo ESE se sont associées pour surmonter ce problème en utilisant un seul cycle de HiSeq3000 - un système de séquençage de nouvelle génération de l’ADN - en l’associant à un outil de représentation réduite du génome (génotypage RAD-Seq) : cette combinaison a été utilisée pour extraire les marqueurs SNP de 40 espèces diverses, notamment des plantes, des invertébrés, des poissons et des mammifères. Gilles et Chrystelle ont développé un pipeline (i.e. un pipeline est un enchaînement de plusieurs étapes de traitement des données) basé sur le langage de programmation informatique Python afin d’isoler 100 à 500 marqueurs SNP de haute qualité pour chaque espèce. Le critère de qualité principal est ici une très forte probabilité que le SNP sélectionné puisse être génotypé par des méthodes classiques.

Pour évaluer la qualité de ces marqueurs, Chrystelle, Eric et leurs collègues ont ensuite validé cette approche sur 160 SNP caractérisés pour chacune de 18 espèces de poissons néotropicaux de la rivière Maroni (Guyane, Amérique du Sud), en utilisant la plate-forme MassARRAY iPLEX d'Agena Bioscience (San Diego, Californie, États-Unis).



Agena
(Source : Agena Bioscience MassARRAY® System with Chip prep module Workflow)


L'application de paramètres de filtrage rigoureux a permis de concevoir avec succès entre 130 et 3492 marqueurs SNP pour 30 des 40 espèces étudiées (allez voir le papier, vous y trouverez peut-être des marqueurs génétiques pour votre espèce préférée !). L'assouplissement des paramètres du pipeline a en outre permis d'augmenter le nombre de SNP détectés pour certaines espèces récalcitrantes. Sur les 18 espèces de Guyane française, 85 % des SNP issus du pipeline d’analyse ont été amplifiés avec succès, c’est-à-dire ont fourni un génotype pour plus de 90 % des individus (soit environ 200 individus par espèce). Ces marqueurs génétiques ont ainsi permis de fournir les premières données de structure génétique des populations pour une grande partie de la communauté de poissons du Maroni. En d’autres termes, l’approche développée permet d’accéder à la génétique des communautés.

Cette identification des SNP a été effectuée au coût d'environ 110 $ (95 €) pour chacune des 40 espèces. Le génotypage a été effectué au coût d'environ 6 000 $ (5200 €) pour chacune des 18 espèces de poissons avec une moyenne de 200 individus par espèce. Cette stratégie s'est avérée efficace sur le plan des coûts et du temps pour mettre au point des centaines de marqueurs SNP pour une vaste gamme d'espèces non-modèles, marqueurs qui peuvent être utilisés ensuite pour étudier des questions écologiques et évolutives pour lesquelles une couverture du génome entier n’est pas indispensable.


Quelques perspectives pour la génétique multispécifique des populations ?

Faciliter l'accès aux ressources moléculaires pour plusieurs espèces non modèles est un premier pas vers une meilleure compréhension des modèles et des mécanismes qui se produisent dans tout assemblage d'espèces. A une époque où l’acquisition de données à haut débit s’est grandement démocratisée, la disponibilité d'ensembles de données pour la génétique comparative des populations est de plus en plus considérée comme une question clé. Or il s’avère fastidieux de réconcilier des ensembles de données provenant de différentes stratégies et de différentes périodes pour une analyse intégrée, particulièrement dans le cas des données HTS (high-throughput screening : i.e. criblage à haut débit, notamment en génomique) où les préjugés des utilisateurs sur le traitement bioinformatique pourraient sérieusement affecter les analyses et comparaisons génétiques ultérieures des populations, si aucune précaution adéquate n'est prise, comme c’est le cas avec les données GBS décrites ci-dessus.

Par conséquent, toute donnée multispécifique obtenue à partir d'une procédure commune et normalisée pourrait aider à résoudre ce problème. D’où l’intérêt évident de la méthode mise au point par Chrystelle Delord, Eric Petit et leurs collègues : ici, les marqueurs SNP ont été isolés à l'aide d'un protocole standardisé et sont facilement transférables à n'importe quel autre laboratoire, d'une manière plus facile que les microsatellites – autres marqueurs moléculaires à côté des SNP - car le génotypage ne repose pas sur une estimation de la taille des allèles. En raison de la taille relativement petite des amplicons (fragments d'ADN amplifié par PCR), les marqueurs sont également utilisables pour l'ADN dégradé, par exemple, avec des échantillons provenant de protocoles non-invasifs ou de collections de musées…


Référence
Chrystelle Delord Gilles Lassalle Adrien Oger Dominique Barloy Marie‐Agnes Coutellec Adline Delcamp Guillaume Evanno Clemence Genthon Erwan Guichoux Pierre‐Yves Le Bail Patricia Le Quilliec Guillaume Longin Olivier Lorvelec Marie Massot Elodie Reveillac Raphaelle Rinaldo Jean‐Marc Roussel Regis Vigouroux Sophie Launey Eric J. Petit . A cost‐and‐time effective procedure to develop SNP markers for multiple species: A support for community genetics. Methods Ecol Evol. 2018;9:1959–1974. doi.org/10.1111/2041-210X.13034


Contact OSUR
Eric Petit (INRA, ESE) / @
Chrystelle Delord (INRA, ESE) / @
Gilles Lassalle (ESE) / @
Alain-Hervé Le Gall (multiCOM OSUR) / @