ReColNat, un dispositif national pour faciliter l’accessibilité physique et virtuelle aux collections naturalistes



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L’Université de Rennes 1 participe à la fondation du Groupe d’Intérêt Scientifique ReColNat : un GIS pour la mise en Réseau des Collections Naturalistes. Dépositaires et gestionnaires de riches collections, les labos de l'OSUR sont fortement impliqués

Le GIS ReColNat, crée le 10 juin 2020, est la forme administrative de l’Infrastructure de Recherche ReColNat,  le dispositif qui permet de réunir les acteurs capables de faciliter l’accessibilité physique et virtuelle aux collections naturalistes du territoire national. Dépositaire de collections naturalistes d’importance, l’Université de Rennes 1 a validé son adhésion à ce GIS par un vote en CA lors de la séance du 28 mai 2020. Elle est donc désormais membre « fondateur » au côté de 8 autres institutions (dont le CNRS et l'INRAE), universités et Muséums d’Histoire naturelle français.

 

A propos du GIS ReColNat et de l’Université de Rennes 1

L’Université de Rennes 1, héritière de la faculté des sciences de Rennes créée en 1840, abrite des collections scientifiques d’importance constituées d’environ 1,3 million d'objets. Elles renferment en leur sein des éléments et des données de nature à intéresser les chercheurs dans des domaines aussi variés que la systématique (présence de types), l’écologie[1] (notamment  le changement climatique), la pharmacologie[2] etc.. Les collectes, dont les plus anciennes remontent au XVIIIe siècle, concernent le monde dans son ensemble, mais le Massif armoricain y est particulièrement bien représenté. Ces collections, patrimoine de l’Université, sont aujourd’hui gérées conjointement par l’équipe Collections du service culturel et par les équipes de recherche et les unités de formation concernées (dont ECOBIO et Géosciences Rennes pour l'OSUR). Elles se répartissent en trois grands secteurs : botanique, zoologie (dont l’entomologie) et la géologie (1 et 2) (y compris la paléontologie). Elles continuent de s’accroître par des dons, legs, transferts de matériel d’études en provenance des laboratoires (albums des collections UR1 sur flickr).

En parallèle de la constitution et la structuration de l’équipe collections de l’Université, les collections étaient déjà intégrées dans les réseaux nationaux qui sont à l’origine de la fondation de ReColNat comme le réseau des herbiers de France ou encore le programme Trans’tyfipal (inventaire des types et figurés en paléontologie conservés en France).

Ainsi, grâce au programme de numérisation e-ReColNat (ANR-11-INBS-0004), l’Université a pu faire numériser en 2017, près de 8000 planches d’herbier, soit une partie de l’herbier du Professeur Louis Crié (1850-1912), professeur de botanique pure et une partie de l’herbier du Professeur Henry des abbayes (1898 1974). Une fois indexées de manière collaborative grâce à la plateforme Les Herbonautes, elles pourront être mises à la disposition des chercheurs.

En paléontologie, depuis 2017, 3000 types et figurés de l’Université de Rennes 1 ont été numérisées par l’équipe ReColNat en charge de cette mission.

 

 

Le GIS ReColNat, ambitions et objectifs

À travers son action, l’ambition de ReColNat est de faire le lien entre des ensembles et des compétences morcelées sur le territoire français, et de promouvoir les collections naturalistes pour la recherche d’une voix forte. C'est le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) qui en est l’établissement coordonnateur.

Le réseau a aussi besoin d’outils, notamment pour l’informatisation et la numérisation partagée des collections. Ce partage numérique des corpus constitués par l’ensemble des collections naturalistes de France trouve des échos en Europe à travers la dynamique DiSSCo et dans le Monde (iDigBio, ALA, etc.).

Il s’agit de pouvoir proposer aux communautés scientifiques des données naturalistes de qualité, à la bonne échelle, interopérables et dans le bon format, permettant de répondre aux grands enjeux environnementaux et sociétaux. Son action qui porte sur les collections naturalistes est complémentaire de celles du Pôle National sur la Biodiversité ou du GBIF (Global Biodiversity Information Facility), infrastructures avec lesquelles elle collabore déjà en reversant ses données issues des collections[3].

 

Le GIS ReColNat a donc pour objectifs partagés par toutes les parties :

- de constituer un réseau d’excellence scientifique dans le domaine des collections naturalistes en portant une ambition d’échanges professionnels autour des collections naturalistes et d’organisation en tant qu’infrastructure de recherche, à l’échelle nationale et européenne ;

- de structurer un groupe d’établissements conservant des collections naturalistes et d’accroître sa visibilité nationale et internationale en fédérant les acteurs ;

- de rassembler des sources, des données et des informations sur les collections naturalistes conservées ou acquises par les parties ;

- de développer des services, des instruments et des méthodes de numérisation, de gestion et d’étude des collections naturalistes ;

- de mutualiser des moyens pour développer des projets nouveaux (conservation des données numériques, intelligence artificielle…) ;

- de favoriser et développer l’accès physique et/ou virtuel à ces collections pour les communautés scientifiques d’une part, et pour les autres publics, d’autre part ;

- de constituer le point nodal français de l’ESFRI DiSSCo (Distributed System of Scientific Collections) en tant que NN (National Node) ;

- de constituer un point d’appui (softpower, conseils…) pour les projets des parties.

 

 

En adhérant au GIS ReColNat, l’Université de Rennes 1 entend ainsi participer à un réseau d’excellence scientifique dans le domaine des collections naturalistes et continuer à œuvrer au développement de l’accessibilité physique ou virtuelle de ses collections naturalistes, réservoir de connaissances scientifiques.

 

Contacts

Marion LEMAIRE (Référente GIS ReColNat, Service culturel) / @
Gaëlle RICHARD (collections zoologie, Service Culturel - SVE)
Audrey CHAMBET (collections botanique, Service culturel)
Damien GENDRY (collections de géologie, Geosciences Rennes / OSUR)

 

Référents scientifiques des collections

Malika AINOUCHE (ECOBIO / OSUR)
Frederic YSNEL (BOREA FRE 2030)
Didier NERAUDEAU (Geosciences Rennes / OSUR)
Joël BOUSTIE (ISCR UMR 6226)



[1] Par exemple : Alex Baumel, Mathieu Rousseau-Gueutin, C. Sapienza-Bianchi, Agnès Gareil, N. Duong, et al.. Spartina versicolor Fabre: Another case of Spartina trans-Atlantic introduction?. Biological Invasions, Springer Verlag, 2016, 18 (8), pp.2123-2135. ⟨10.1007/s10530-016-1128-z⟩. ⟨hal-01355664⟩

[2] Par exemple : Marylene Chollet-Krugler, Thi Thu Tram Nguyen, Aurélie Sauvager, Holger Thüs, Joël Boustie. Mycosporine-Like Amino Acids (MAAs) in Time-Series of Lichen Specimens from Natural History Collections. Molecules, MDPI, 2019, 24 (6), ⟨10.3390/molecules24061070⟩. ⟨hal-02087812⟩

[3] Lire notamment "Les données issues du Bioblitz 2017 à la Station Biologique de Paimpont sont publiées"

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ReColNat Herbarium Fr 022a

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Chaîne de numérisation des herbiers dans le cadre du programme e-ReColNat (crédit : société Picturae)


Découverte entre Jersey et le Cotentin du seul loess submergé connu à ce jour



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Article dans JOURNAL OF THE GEOLOGICAL SOCIETY

Jean-Pierre Lefort, Jean-Laurent Monnier, David Aoustin et François Pustoc'h (CReAAH) et leurs collègues britanniques et russes publient en juin 2020 dans le Journal of the Geological Society of London un article qui décrit un tremblement de terre situé au large de Jersey à l'origine du probable déclenchement d'une coulée de boue préservant le seul affleurement de loess connu sous les mers.



Le loess est constitué de fines particules transportées par le vent durant les époques glaciaires quand la Manche était à sec. On ne le retrouve jamais sous la mer car, très fragile, il a toujours été déblayé par les transgressions successives pour donner naissance à la tangue. Grâce à un forage effectué entre Jersey et le Cotentin, en vue de l’installation d’un câble sous-marin pour alimenter Jersey en électricité depuis le continent, les chercheurs rennais et leurs collègues ont néanmoins retrouvé du loess. Celui-ci a été protégé par une coulée de boues déclenchée par un tremblement de terre.


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Figure 1 : Séismicité historique (1: forage ; 2 : épicentres ; 3 : épicentres mal localisés)




Les tremblements de terre sont fréquents dans cette région à cause de l’effet de “tide loading”. Ce phénomène est lié aux forts marnages qui peuvent ici atteindre une amplitude de 14 mètres, le poids de l’eau déformant la croûte à chaque marée et réactivant d’anciennes failles de socle.

Le loess et son environnement ont été étudiés par un groupe international de scientifiques dirigé par Jean-Pierre Lefort du CReAAH. Cette recherche a aussi donné lieu à une étude bathymétrique détaillée et à une reconstitution paléogéographique de l’évolution de la dernière transgression marine.


JP Lefort Loess Jersey Fig2
Figure 2: Reconstitution de la dernière transgression marine (C: Extension du Gois des Boeufs lors de la transgression à -12m)



Mais que vient faire l'évèque de Coutances dans cette histoire ?

C’est à cette occasion que les chercheurs se sont intéressés à une tradition orale concernant « l’évêque de Coutances ». Au Moyen-Age, l’île de Jersey dépendait de l’évêché de Coutances et les évêques avaient l’habitude d’aller toucher leurs fermages à pied grâce à un gois identique à celui de Noirmoutier, utilisable à marée basse. Il restait toutefois un léger filet d’eau à franchir, c’est la raison pour laquelle les paysans normands déposaient une “planche” pour que l’évêque ne se mouille pas les pieds.

Les mesures actuelles montrent qu’il existe entre la Chaussée des Boeufs et Jersey un goulet profond de 9 mètres à marée basse. Sa largeur est incompatible avec l’installation d’une simple planche ou même d’un petit pont, mais il est très possible que les tremblements de terre étudiés aient provoqué un petit effondrement de terrain, d’autant plus qu’il existe des cavités karstiques submergées dans cette région. Auquel cas la tradition vernaculaire serait exacte...


JP Lefort Loess Jersey Fig3
Figure 3 : Evêque attendant sa planche







Référence
Jean-Pierre Lefort, Paul Chambers, Guzel Danukalova, Jean-Laurent Monnier, Eugenia Osipova, View ORCID ProfileJohn Renouf, View ORCID ProfileDavid Aoustin and François Pustoc'h, Journal of the Geological Society, 26 June 2020, doi.org/10.1144/jgs2020-030



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Jean-Pierre Lefort (CReAAH) / @
Alain-Hervé Le Gall (OSUR multiCOM) / @


cycl'OBS #33 de Juillet-Août 2020 est en ligne !


 AHLeGall    01/07/2020 : 10:17

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A la UNE ce mois-ci

Quid des résidus de médicaments vétérinaires dans les eaux bretonnes ?

Le Rapport EXPO-VETO est publié


Une contamination fréquente du milieu aquatique breton par les RMV, les résidus de médicaments vétérinaires : c'est ce que montre une étude, réalisée sur 3 ans, dans le cadre du projet de recherche "Expo-Veto" labellisé par le Plan régional santé environnement de Bretagne. Les concentrations sont significativement moindres dans les eaux traitées. Néanmoins, les recherches doivent être poursuivies pour quantifier les risques sanitaires associés.

Cette étude s’insère également dans le plan antibiotiques et dans le plan national micro-polluants . Elle a été conduite avec le soutien de l’Agence Française de la Biodiversité, de l’Agence Régionale de Santé et de la DREAL de Bretagne, par des scientifiques de l’Ecole des Hautes Etudes de Santé Publique (via sa plateforme LERES), de l’Inserm, du CNRS, de l’Université de Rennes 1, d’Agrocampus Ouest et de l’INRAE. On y retrouve notamment pour l'OSUR : Emilie Jardé (CNRS, Géosciences Rennes) et Anne Jaffrézic (l'institut Agro, Agrocampus Ouest, SAS).



Rapport EXPO VETO 2019 Emilie Jarde



>>> L'infolettre cycl'OBS #33 de Juillet-Août 2020 >>>



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Alain-Hervé Le Gall (OSUR multiCOM) / @


Que peuvent nous dire les poissons sur les effets de l’Homme sur les cours d’eau ?



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Article dans STOTEN ‘Science of the Total Environment’

Olivier Dézerald (ESE, INRAE, LIEC-Univ. de Lorraine), Cédric P. Mondy (Direction régionale OFB), Samuel Dembski (Direction régionale OFB), Karl Kreutzenberger (Direction générale OFB), Yorick Reyjol (OFB-CNRS-MNHN), André Chandesris (Riverly-INRAE), Laurent Valette (Riverly-INRAE), Sébastien Brosse (EDB-Univ. Paul Sabatier), Aurèle Toussaint (Institue of Ecology and Earth Science-Univ. Of Tartu), Jérôme Belliard (HYCAR-INRAE), Marie-Line Merg (HYCAR-INRAE), et Philippe Usseglio-Polatera (LIEC-Univ. de Lorraine) ont publié en Mai 2020 un article dans la revue STOTEN ‘Science of the Total Environment’ visant à identifier la ou les pressions d’origine anthropique (nitrates, pesticides, urbanisation des berges, barrages et seuils, espèces exotiques et envahissantes) qui impactent les communautés de poissons d’eau douce de France métropolitaine.

Mots clefs : outils de diagnostic écologique, bio-indication, communautés piscicoles, pressions anthropogéniques, état écologique, écologie fonctionnelle


 

Face à l’anthropisation croissante des milieux aquatiques, la communauté internationale s’est fixée comme objectif d’évaluer, et de surveiller l’état écologique des eaux de surface et souterraines. En France et plus largement en Europe, la Directive Cadre sur l’Eau viendra appuyer cet objectif en proposant un cadre réglementaire pour le maintien et/ou l’atteinte du ‘bon état écologique’. En ce sens, des indices biologiques (ex : indice poisson rivière ; indice invertébrés multi-métrique) ont été développés pour les cours d’eau afin d’évaluer les sites qui sont sains (bon état écologique) ou significativement dégradés (mauvais état écologique). Cependant, ces indices biologiques ne permettent pas d’identifier les causes (pressions d’origine anthropique) à l’origine de la dégradation des sites en mauvais état, limitant alors les actions de conservation et de restauration des gestionnaires de l’environnement visant à atteindre le bon état écologique. Pour pallier ces lacunes, une collaboration scientifique menée par l’Université de Lorraine, impliquant plusieurs organismes de recherche (INRAE, CNRS, MNHN), et financée par l’Office Français de la Biodiversité, propose un outil de diagnostic des pressions d’origine anthropique à travers l’étude des communautés piscicoles.

 

Chaque espèce du monde vivant présente des caractéristiques biologiques (morphologiques, physiologiques et comportementales) qui témoignent de son adaptation à l’environnement. Par exemple, les milieux où l’écoulement de l’eau est rapide sont colonisés par des espèces qui préfèrent les milieux oxygénés (espèces rhéophiles). A l’inverse, les milieux avec un écoulement lent présentent des espèces plus résistances au manque d’oxygène (espèces limnophiles). L’hypothèse principale de cette étude stipule alors que si l’environnement change, la composition des communautés de poissons devrait aussi changer. Par exemple suite à la construction d’un seuil qui va réduire la vitesse d’écoulement de l’eau à l’amont, la composition des communautés de poissons va potentiellement être modifiée en faveur des espèces limnophiles. C’est sur ce principe théorique de l’écologie fonctionnelle que cette étude démontre comment la composition des communautés de poissons, échantillonnées de manière standardisée, peut donner des indications sur les pressions environnementales d’origine anthropique qui impactent les cours d’eau (ex : présence/absence d’obstacles à l’écoulement).

 

L’outil de diagnostic ‘poissons’ a été construit à partir de données de pêches électriques menées sur plus de 1500 sites d’étude en France métropolitaine entre 2005 et 2015. De plus les auteurs ont compilé de l’information sur plus de 50 caractéristiques biologiques (ex : régime alimentaire, capacité de déplacement et de saut, reproduction, cycle de vie, taille du corps etc…) pour évaluer les impacts de 14 pressions liées aux modifications de l’hydromorphologie (ex : obstacles à l’écoulement, urbanisation des berges, anthropisation du bassin versant), 13 pressions liées à la qualité de l’eau (ex : nitrates, pesticides, polluants organiques et minéraux) et une pression liée aux espèces de poissons exotiques et envahissantes (ex : silure, perche soleil). L’outil de diagnostic ‘poissons’ a été construit sur la base d’une méthode d’apprentissage automatique : les modèles de forêts aléatoires.

 

Les résultats montrent que cet outil de diagnostic ‘poissons’ permet, avec une bonne précision, d’évaluer les effets de 20 catégories de pressions sur les 28 étudiées au total. Dans les cours d’eau de France métropolitaine, les pressions liées aux modification de l’hydromorphologie sont plus fréquentes que celles liées à la physico-chimie de l’eau et les sites d’étude sont impactés, en moyenne, par 7 pressions. Les obstacles à l’écoulement et les hydrocarbures aromatiques polycycliques sont respectivement les pressions hydromorphologiques et physico-chimiques les plus fréquentes sur les cours d’eau Français. L’outil de diagnostic ‘poissons’ est aussi capable de bien identifier l’impact des espèces exotiques et envahissantes. Enfin, cette étude semble indiquer une légère amélioration de l’état général des cours d’eau en 2015 par rapport à 2005.

 

En conclusion, l’approche développée par les auteurs de cette étude est suffisamment robuste pour identifier les risques spécifiques de pressions d’origine anthropique sur les communautés piscicoles et offre ainsi un outil d’aide à la décision des actions de conservation et de restauration des cours d’eau. La perspective de cette étude consisterait à évaluer simultanément l’information apportée non pas seulement par les poissons mais aussi par les autres principaux compartiments biologiques des cours d’eau (ex : macroinvertébrés, diatomées, macrophytes).

 

Les auteurs tiennent à remercier tout particulièrement l’ensemble des agents de l’OFB, des DREAL et des Agences de l’eau qui ont participé à la collecte des données utilisées dans cet article.



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Un site d’étude : ‘la liepvrette à Hurst’ (Crédits : Philippe Usseglio-Polatera ; LIEC)



Olivier Dezerald Fig2b
Mise en œuvre d'une pêche électrique (Crédits : Michel Monsay ; OFB)



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Mise en œuvre du protocole de recueil d'informations sur les obstacles à l’écoulement (Crédits : Julien Bouchard / OFB)



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Mise en œuvre du protocole de la caractérisation hydromorphologique des cours d'eau (Crédits : Karl Kreutzenberger ; OFB)





Référence
Olivier Dézerald, Cédric P. Mondy, Samuel Dembski, Karl Kreutzenberger, Yorick Reyjol, André Chandesris, Laurent Valette, Sébastien Brosse, Aurèle Toussaint, Jérôme Belliard, Marie-Line Merg, Philippe Usseglio-Polatera, A diagnosis-based approach to assess specific risks of river degradation in a multiple pressure context: Insights from fish communities, Science of The Total Environment, 734, 2020, 139467, doi.org/10.1016/j.scitotenv.2020.139467




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Olivier Dézerald (ESE, INRAE, LIEC-Univ. de Lorraine)@
Alain-Hervé Le Gall (OSUR multiCOM) / @


Maria Klepikova a été désignée comme "Outstanding Reviewer" par l'AGU


 AHLeGall    30/06/2020 : 08:20

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Avec Maria Klepikova (Géosciences Rennes)

"Outstanding Reviewer" 2019 AGU - American Geophysical Union

Maria Klepikova (université de Lausanne, Géosciences Rennes) est reconnue par l'AGU comme "outstanding Reviewer" 2019 - i.e. examinatrice/réviseure/relectrice/évaluatrice exceptionnelle - pour son travail et son expertise en hydrogéologie pour la revue Water Resources Research. En provenance de l'université de Lausanne (Suisse), Maria Klepikova arrive en septembre 2020 en post-doc Marie-Curie à Rennes (MCIF THERM, avec Olivier Bour). Maria n'est pas une inconnue à Géosciences : elle y a soutenu sa thèse de l'université de Rennes 1 en mai 2013 sur l'imagerie des propriétés des roches fracturées à partir de l'écoulement et du transport de chaleur, avec des expériences de terrain et de modélisation inverse ("imaging of fractured rock properties from flow and heat transport: field experiments and inverse modelling" sous la direction d'Olivier Bour et Tanguy Le Borgne).



Comme chaque année, les éditeurs de l'AGU mettent en exergue les contributions des réviseurs, dont l'expertise précieuse permet d'élever le niveau de qualité des revues.

L'évaluation par les pairs est essentielle pour communiquer et faire avancer la science. Bien qu'il n'y ait jamais eu autant de moyens de diffuser des idées et des résultats de recherche en ligne, il reste néanmoins qu'un solide examen par les pairs garantit l'intégrité des résultats scientifiques. Dans les revues à comité de lecture, le processus d'examen par les pairs est organisé par les rédacteurs, mais chaque décision relative à un article repose sur des personnes qui prennent du temps sur leurs propres recherches pour offrir leur expertise. Le travail de ces examinateurs garantit une évaluation correcte de milliers d'articles chaque année. L'AGU à travers cette récompense témoigne de sa reconnaissance pour leurs efforts.

Cette fonction d'examen et de relecture n'a jamais été aussi indispensable : la littérature scientifique s'est développée, tout comme la complexité des articles, qui associent désormais de plus en plus de co-auteurs apportant plus de connaissances techniques, plus de données, plus de simulations/modélisations et de résultats. Cette complexité a par conséquent impacté le rôle de l'examen des articles, en le rendant encore plus crucial. Les excellents examinateurs dont fait partie Maria Klepikova pour la revue WWR  fournissent des évaluations approfondies, souvent sur plusieurs cycles de révision, qui ont in fine grandement amélioré les articles publiés dans leur version finale. Leurs contributions ont permi d'améliorer la qualité des soumissions reçues des chercheurs du monde entier, en fournissant un retour d'information précieux qui conforte la notoriété des revues, dont l'AGU peut légitimement se prévaloir dans le domaine des sciences de la Terre.


Quelques chiffres fournis par l'AGU

En 2019, l'AGU a reçu plus de 16 700 soumissions, contre 15 600 en 2018, et en a publié plus de 7 000, contre 6 600 articles en 2018. Beaucoup de ces soumissions ont été examinées à plusieurs reprises : au final, 18 173 examinateurs ont effectué 39 368 examens en 2019, contre 37 674 examens en 2018.

Cette augmentation s'est produite l'année dernière alors que chaque revue de l'AGU s'efforçait de raccourcir le délai entre la soumission et la première décision d'acceptation, puis la publication. Plusieurs revues de l'AGU renvoient régulièrement les premières décisions dans le mois suivant leur soumission, et la plupart des autres le font maintenant dans les deux mois. Les examinateurs ont donc un rôle fondamental dans ce racourcissement du processus éditorial.

>>> Pour en savoir plus sur le site de l'AGU >>>



A propos de Maria Klepikova et de la bourse européenne MCIF THERM

Transport of Heat in hEteRogeneous Media = Transport de chaleur dans les milieux hétérogènes

La géothermie représente une source d'énergie prometteuse pour satisfaire les besoins énergétiques croissants avec un impact minimal sur l'environnement. Pour mettre au point et tester de nouvelles technologies de production et de stockage d'énergie dans des réservoirs géothermiques, il est essentiel de bien comprendre le transport de chaleur dans les milieux fracturés. Le projet THERM est axé sur l'étude du transport de la chaleur et des processus thermo-hydro-mécaniques (THM) connexes qui se produisent pendant la durée de vie d'un réservoir géothermique. Bien que des progrès aient été réalisés dans la caractérisation et la modélisation de l'hétérogénéité souterraine dans les processus d'écoulement et de transport des solutés, les effets des hétérogénéités souterraines multi-échelles sur le transport de chaleur demeurent une question ouverte. Dans ce projet, il est proposé de combiner des expériences contrôlées sur site expérimental à des travaux théoriques à différentes échelles, basés sur le développement de nouveaux modèles numériques 3D, pour aboutir à une compréhension quantitative des processus complexes couplés se produisant le long des interfaces fluide-roche pendant la circulation des fluides dans les systèmes géothermiques.

MCIF THERM



Contact OSUR
Maria Klepikova (University of Lausanne) / @
Olivier Bour (Géosciences Rennes) / @
Alain-Hervé Le Gall (OSUR multiCOM) / @


Projet H2020 MEET : l'Europe s'intéresse au potentiel géothermique de son sous-sol


 AHLeGall    23/06/2020 : 08:56

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Une chercheure de Géosciences Rennes associée au Projet H2020 MEET

Depuis plus d’un an, Sylvie Bourquin, Directrice de Recherche au CNRS (Géosciences Rennes) collabore au Projet H2020 MEET (Multidisciplinary and multi-context demonstration of Enhanced Geothermal Systems exploration and Exploitation Techniques and potentials) dont l’objectif vise à démontrer l’applicabilité de la géothermie profonde sur différents contextes géologiques à travers l’Europe par l’intermédiaire de nombreux sites de démonstration et à un niveau économique rentable. Le projet MEET fait partie du programme H2020 Secure Clean and Efficient Energy, Appel H2020 – LCE – 2016 – 2017 (competitive low carbon energy) et porte le numéro de projet 792037.

L'Europe repose sur une grande source d'énergie renouvelable mais largement inutilisée. La géothermie est une source d’énergie qui peut produire à la fois chaleur et électricité. Une partie de cette chaleur naturelle, exploitée par la technique de système géothermique amélioré (EGS), est une nouvelle approche qui suscite de grands espoirs dans le monde. Elle permet une utilisation généralisée du potentiel géothermique encore inexploité, réparti sur une zone géographique beaucoup plus large que celle de la géothermie conventionnelle produite par une activité volcanique proche de la surface ou par des aquifères chauds naturels hautement perméables, appelés systèmes hydrothermaux. La démonstration de la viabilité et la durabilité de la géothermie profonde pour la production d’électricité et de chaleur sera réalisée dans différents sites et contextes géologiques : granite, volcanique, sédimentaire et métamorphique avec divers degrés de surimpression tectonique par failles et plissements.

MEET rassemble 16 partenaires européens : industriels, petites et moyennes entreprises, instituts de recherche et Universités répartis sur 5 pays Européens. Le projet a pour but l’optimisation de la valorisation énergétique du fluide produit ainsi que l’amélioration de la productivité du réservoir, prenant en compte les infrastructures préexistantes, la compréhension des différents contextes géologiques, nécessaire pour le transfert de connaissances et de technologie à différentes situations géologiques d’Europe.


Transformer les puits de pétrole en ressource géothermique

Le projet est organisé en 8 lots de travail (Work Packages, WP). La collaboration de Géosciences Rennes se fait avec l’Université de Cergy Pontoise et concerne le WP4 dont le principal objectif est d'utiliser et reconvertir des puits de production de pétrole existants et en fin de vie pour produire de l'électricité et de la chaleur à un faible coût unitaire. Les puits de pétrole matures produisent généralement plus de 90% d'eau à une température allant jusqu'à 90°C, cette chaleur est actuellement gaspillée car l'eau est simplement réinjectée dans le réservoir pour maintenir la pression. Nous proposons de développer une méthode et des outils sur une étude de cas réel en collaboration avec Vermilion en France. Les cibles potentielles concernent le Trias, dont Sylvie Bourquin est l’une des spécialistes françaises, avec comme cible privilégiée les réservoirs actuels du Trias supérieur de l’Ouest du Bassin parisien (données de forages). En parallèle une étude d’un analogue terrain sur la marge ardéchoise est en cours de réalisation. Cette étude sur des corps sédimentaires permettra d’obtenir des analyses sédimentologiques, pétrographiques et pétrophysiques à l’échelle d’un affleurement et de tester un modèle en 3D pour les modélisations des réservoirs à différentes échelles d’espace, i.e. du corps sédimentaire à la formation géologique, et de temps, en prenant en compte le contexte stratigraphique du réservoir potentiel, i.e. localisation des réservoirs de type paléosols carbonatés vs réservoirs gréseux (stage post-doctoral en cours, Cédric Bailly, Université Cergy-Pontoise).


>>> Le site H2020 MEET >>>




Contact OSUR
Sylvie Bourquin (Géosciences Rennes) / sulvie.bourquin.univ-rennes1.fr
Alain-Hervé Le Gall (OSUR multiCOM) / @


De la tablette gravée à la tablette numérique, histoire d’une partition du XVe siècle


 AHLeGall    19/06/2020 : 08:52

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Article dans Journal on Computing and Cultural Heritage

Une application numérique présente la partition musicale mise au jour sur la fouille du couvent des Jacobins de Rennes

Gaétan Le Cloirec (INRAP, CReAAH) et ses collègues Ronan Gaugne (IRISA/INRIA), Françoise Labaune (INRAP), Valérie Gouranton (INSA Rennes) et Dominique Fontaine (chanteuse, interprête) publient en juin 2020 dans la revue Journal on Computing and Cultural Heritage un article qui décrit une application numérique présentant la partition musicale mise au jour sur la fouille du couvent des Jacobins de Rennes. Cet article illustre l'utilisation de trois techniques de numérisation différentes afin d'étudier et de valoriser une tablette gravée du XVe siècle découverte lors d'une fouille archéologique préventive dans un ancien couvent à Rennes. La tablette est recouverte des deux côtés d'inscriptions gravées, dont une partition musicale. La numérisation a permis de mieux analyser les inscriptions, et de générer un modèle 3D complet et précis de l'artefact qui a été utilisé pour produire une application interactive déployée à la fois sur des tablettes tactiles et sur un site web. L'application interactive intègre une interprétation musicale de la partition qui donne accès à un témoignage du patrimoine immatériel. Ce travail interdisciplinaire a réuni des archéologues, des chercheurs en informatique et en physique, et une musicienne.



La découverte
L’ancien couvent des Jacobins de Rennes a fait l’objet d’une fouille archéologique de grande envergure entre décembre 2011 et juin 2013. Cette opération, réalisée par l’Inrap, a donné lieu à de nombreuses découvertes qui ont concerné l’histoire de la ville antique de Condate autant que celle de l’établissement dominicain fondé en 1368. Parmi la multitude d’objets mis au jour à cette occasion, beaucoup ne sont pas spectaculaires et n’attirent donc pas l’attention au premier regard. C’est notamment le cas de nombreuses plaques de schiste ardoisier retrouvées dans des remblais étalés pour niveler les espaces sous les sols de tomettes. En examinant de plus près ces éléments, on constate pourtant que certains portent des graffiti qui témoignent de leur utilisation comme supports d’écriture ou de dessins. Ce sont là des usages fréquents au Moyen Âge qui n’ont pas vocation à produire des œuvres importantes et durables. Ceci explique que les plaques sont rapidement jetées et se retrouvent parmi des gravats.
Alors que des caricatures, des jeux de marelles ou des noms sont couramment identifiés, une petite partition se distingue sur une plaque recouverte d’une multitude d’autres inscriptions. Cette découverte, inhabituelle et émouvante, a donné lieu à une collaboration fructueuse entre les archéologues de l’Inrap, les informaticiens de l’Irisa et une soprano, spécialiste de chants religieux anciens. Les résultats de l’étude approfondie qui a ainsi été menée sur l’objet et sur la musique qui y est gravée ont été publiés dans deux revues spécialisées en archéologie et en informatique. Une valorisation de ce travail a également été menée en direction du grand public grâce à la réalisation d’une application numérique.




L’analyse
Le fait d’avoir retrouvé la plaque de schiste au cours d’une fouille archéologique réalisée méthodiquement par des professionnels est un avantage certain puisque la découverte est clairement associée à un contexte spécifique et à une période précise. Il s’agit en l’occurrence d’un remblai de nivellement étalé dans le réfectoire du couvent au cours du XVe s. Ces informations, qui impliquent que la partition a été gravée avant ces travaux, ont donc orienté les recherches vers une œuvre religieuse de la fin du Moyen Âge. Cette datation a été confirmée par la chanteuse Dominique Fontaine qui a analysé la musique et en a proposé une interprétation. Malgré l’utilisation d’une portée de quatre lignes, la forme losange des notes est bien typique des XVe et XVIe siècles. De plus, le mode de la, qui est utilisé ici, permet d’écarter l’identification d’une pièce de chant grégorien, essentiellement écrit en mode de ré, mi, fa et sol. L’état de la plaque laisse penser que la partition est complète, ce qui est exceptionnel pour ce type de trouvaille. Faute de texte et d’indication sur les silences ou les pauses éventuelles pour respirer, l’interprétation reste pourtant un choix musical personnel de l'interprète. Elle permet cependant de retrouver et d’apprécier une des plus anciennes musiques recensées dans la région.


Le projet de valorisation
L’idée de développer une application visant à présenter la partition est née des échanges que nous entretenons avec Ronan Gaugne et Valérie Gouranton, chercheurs à l’Irisa, depuis quelques années. Jusque-là, cette coopération s’était surtout concentrée dans le domaine de l’imagerie virtuelle et de l’utilisation de la plate-forme Immersia pour évaluer l’impact de certaines restitutions de sites à l’échelle 1. Cette fois, le projet initial consistait à numériser la tablette gravée en haute-définition afin d’en limiter ensuite la manipulation et d’aider à identifier certains graffitis. Trois techniques ont été appliquées pour chercher à obtenir le meilleur résultat possible : la photogrammétrie standard, l'imagerie par transformation de réflectance et la microscopie numérique. C’est à la suite de ce premier travail que l’idée est venue d’utiliser la copie numérique pour créer une application interactive réalisée dans le cadre du projet ANR- FRQSC INTROSPECT. Pour cela, nous avons apporté nos données de fouille et mis en contact Françoise Labaune-Jean, qui était chargée de l’étude des objets issus de la fouille, Dominique Fontaine, qui a analysé la partition musicale avant d’en proposer une interprétation et l’équipe de l’Irisa, qui a développé l’application numérique. Le résultat donne toutes les informations sur le contexte de découverte et permet à l’utilisateur d’explorer l’objet en le manipulant de façon virtuelle. Il peut déplacer une lumière artificielle à sa surface et faire varier son intensité pour mieux distinguer les inscriptions. Il est également possible d’écouter la musique et de jouer indépendamment chaque note de la partition.


Le résultat de ce travail, qui était d’abord conçu pour une utilisation sur tablette tactile, a été présenté au public dans le cadre des journées Sciences et Musiques 2017, ainsi qu’au moment des Journées de l’Archéologie 2019. L’application a ensuite été adaptée pour être accessible sur internet et manipulable à l’aide d’une souris.




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Fig. 1 : vues de la fouille du couvent des Jacobins (cl. G. Le Cloirec et H. Paitier, Inrap)



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Fig. 2 : vues du réfectoire dans lequel a été retrouvée la tablette de schiste gravée (cl. T. Bethus, Inrap)



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Fig. 3 : recto et verso de la tablette gravée d’une partition musicale (F. Labaune-Jean, Inrap)



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Fig. 4 : numérisation de la tablette à l’aide d’un dôme RTI (cl. R. Gaugne, Irisa)



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Fig. 5 : analyse de la tablette en microscopie numérique (cl. R. Gaugne, Irisa)




Référence
Ronan Gaugne, Françoise Labaune-Jean, Dominique Fontaine, Gaétan Le Cloirec, Valérie Gouranton, « From the engraved tablet to the digital, history of a fifteenth century music score », Journal on Computing and Cultural Heritage, Association for Computing Machinery, 2020, p. 1-19. 101145/3383782
Dominique Fontaine, Françoise Labaune-Jean et Gaétan Le Cloirec, « Renaissance musicale », Archéologie médiévale, 49 | 2019, p. 171-176. doi.org/10.4000/archeomed.24758




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"Revenir sur nos fouilles, un vieux rêve..."



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L'archéologie numérique dans le cadre du projet ANR Introspect : fouille virtuelle du site de Big-Er-Vil sur la presqu’ile de Quiberon

Grégor Marchand et Jean-Baptiste Barreau (CReAAH) et des collègues rennais de l’INSA et de l’IRISA (CNRS, INRIA, université de Rennes 1) sont impliqués dans le projet ANR "Introspect" dédié à l’introspection du matériel archéologique sous forme numérique, virtuelle, et donc non intrusive et destructrice.

INTROSPECT est le fruit d’une collaboration internationale : il a fait l’objet d’une réponse à un AAP franco-québécois en Sciences humaines et sociales (ANR-FRQSC-2) en 2016. Il est financé à hauteur de 250 K€ depuis janvier 2017 et pour une durée de 36 mois ; il est coordonné par Valérie Gouranton (Institut National des Sciences Appliqués, INSA de Rennes).


Voici le teaser (et bientôt le film) des résultats d’archéologie numérique avec la fouille virtuelle du site de Big-Er-Vil sur la presqu’ile de Quiberon.

"Revenir sur nos fouilles, un vieux rêve..." (Grégor Machand)







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La végétation riveraine des cours d’eau : un atout pour le développement durable des territoires



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ARTICLE DANS BIOSCIENCE

Simon Dufour (Université Rennes 2, LETG-Rennes) et ses collègues publient en juin 2020 dans la revue BioScience un article de synthèse (Editor's choice) sur les services écosystémiques rendus par la végétation riveraine des cours d'eau. Dans cet article, les auteurs proposent non seulement de caractériser les services rendus mais aussi d’être capable d’évaluer l’effectivité et l’ampleur de chaque service selon les contextes afin d’améliorer effectivement la gestion des systèmes fluviaux. Pour avancer dans cette direction, l'article propose de poser les bases d’une approche plus fine de la caractérisation des servies écosystémiques rendus par cette végétation très spécifique.  Pour cela, les principaux services ont été identifiés et analysés en distinguant quatre types principaux de végétation riveraine en fonction de la structure de la végétation (arborée/non) et des conditions d’humidité (humide/sec).

 


La végétation riveraine des cours d’eau a la capacité de fournir une quantité disproportionnée de services écosystémiques par rapport à leur étendue dans le paysage en raison de leur nature d'écotone et de leurs fonctions écologiques (biodiversité, rôle de corridor, lutte contre l’érosion, etc.). Toutefois, la végétation riveraine est soumise à une pression importante (modification du régime de perturbation,  régulation du débit des cours d'eau, pollution, changement d’usages des sols, etc.). Ainsi, malgré la reconnaissance ancienne de ces nombreuses fonctions, l’état des ripisylves reste souvent très dégradé ce qui limite leur capacité à rendre effectivement les services écosystémiques potentiellement associés à ces fonctions. En Europe, on estime que 80 % des habitats riverains ont été profondément transformés au cours des 200 dernières années. Elle a diminué de 85 à 95 % en Californie, en Arizona et au Nouveau-Mexique (États-Unis), majoritairement sous l’effet du pâturage. Parmi les causes de la dégradation des écosystèmes riverains, la difficile intégration des services rendus par les ripisylves dans leur gestion et leur restauration, le caractère multifonctionnel des ripisylves et la diversité des situations en fonction des contextes géographiques restent des freins majeurs. En effet, la zone riveraine est caractérisée par une forte variabilité spatiale et temporelle principalement due aux conditions bioclimatiques, géomorphologiques et d'usages des sols, qui changent toutes avec le temps sous l'influence de processus biophysiques et des activités humaines. Ainsi, il ne s’agit pas seulement de reconnaître les services rendus mais aussi d’être capable d’évaluer l’effectivité et l’ampleur de chaque service selon les contextes. Pour avancer dans cette direction, cet article propose de poser les bases d’une approche plus fine de la caractérisation des servies écosystémiques rendus par la végétation riveraine des cours d’eau.  Pour cela, les principaux services ont été identifiés et analysés en distinguant quatre types principaux de végétation riveraine en fonction de la structure de la végétation (arborée/non) et des conditions d’humidité (humide/sec).

 

Cet article souligne également les lacunes en matière de connaissances et les auteurs évaluent les possibilités qu'une approche des services écosystémiques offre à la gestion. En effet, cette synthèse met en évidence le besoin de connaissances quantitatives et spatialement explicites sur la manière dont les quatre principaux types de végétation et les caractéristiques des espèces soutiennent spécifiquement les différents services. En outre, les chercheurs n’ont pas pris en considération uniquement les principaux types de végétation, mais de nombreux types de végétation intermédiaires sont également présents et pourraient soutenir différentes combinaisons de services. Deuxièmement, certains services sont sous représentés en matière de connaissances comme la dispersion des semences et des propagules, les ressources génétiques et la protection contre les incendies. Troisièmement, une question générale qui se pose pour toutes les approches basées sur les services écosystémiques est celle de l'échelle spatiale. Quelle est la surface nécessaire pour soutenir et optimiser chacun services ? Comment intégrer la dimension amont / aval de la fourniture des services ? Etc. Enfin, quatrièmement, les services culturels sont importants, mais il est actuellement difficile d'évaluer quantitativement leurs bénéfices, et ils sont donc généralement écartés des outils de gestion. Ainsi, actuellement, la plupart des projets de restauration liés à l'eau visent simplement à améliorer les habitats ou la qualité de l'eau, mais passe à côté d'autres services importants. Afin de maximiser les bénéfices de ces investissements dans la restauration, les auteurs suggèrent de développer des approches plus intégrées.

 

 

Simon Dufour Bioscience Juin2020 Fig1
Fig. 1 : Le modèle de cascade des écosystèmes, qui met en évidence le rôle des processus de soutien et des services intermédiaires dans la fourniture des services finaux et des biens et avantages que les humains tirent de la végétation riveraine. (Source : adapté avec la permission de Potschin et Haines-Young, 2011).

 

 

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Fig. 2 : Diagramme montrant les quatre principaux types de végétation riveraine, structurés selon deux facteurs principaux : couverture de la végétation (arborée/non) et des conditions d’humidité (humide/sec)

 

 

Référence

Tenna Riis, Mary Kelly-Quinn, Francisca C Aguiar, Paraskevi Manolaki, Daniel Bruno, María D Bejarano, Nicola Clerici, María Rosário Fernandes, José C Franco, Neil Pettit, Ana P Portela, Olga Tammeorg, Priit Tammeorg, Patricia M Rodríguez-González, Simon Dufour, Global Overview of Ecosystem Services Provided by Riparian Vegetation, BioScience, Volume 70, Issue 6, June 2020, Pages 501–514, doi.org/10.1093/biosci/biaa041

 

 

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Centenaire de la Société Géologique et Minéralogique de Bretagne (SGMB)



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Le centenaire de la SGMB, c'est en 2020

Fondée le 14 mars 1920, la Société Géologique et Minéralogique de Bretagne a pour but de concourir aux progrès de la géologie et de la minéralogie du massif breton, de diffuser la connaissance du patrimoine géologique de Bretagne, d'oeuvrer pour sa protection, conservation et mise en valeur.

La SGMB fête en 2020 son centième anniversaire. A cette occasion, un rendez-vous mensuel aura lieu de janvier à la fin de l'année sur un site majeur d’intérêt géologique. Vous découvrirez l’histoire géologique du Massif Armoricain (le programme à télécharger).

Par ailleurs, dans le cadre de son centenaire, la SGMB vient d'éditer des timbres sur la géologie du Massif Armoricain, carnet de 8 timbres à 8€40 ainsi qu'une série de 8 cartes postales sur le patrimoine géologique breton à 9€.



Commander dès maintenant auprès de

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ou courrier postal à SGMB c/o Jonin L’Ormeau 20860 Plabenn

>>> Le site de la SGMB >>>




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Damien Gendry (Géosciences Rennes, Musée de géologie) / @