Deux allocations d'installation scientifique 2019 de Rennes Métropole pour l'OSUR



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2 lauréats à Géosciences Rennes et ECOBIO

Rennes Métropole vient annoncer fin avril les lauréats 2019 des allocations d'installation scientifique (AIS) : 2 OSURiens font partie des heureux élus !
Les AIS sont des aides de Rennes Métropole visant à faciliter l'accueil, l'installation et le démarrage des travaux de recherche de chercheurs récemment arrivés sur le territoire métropolitain. L'objectif est de faire de Rennes un site universitaire majeur, accueillant et attractif pour des chercheurs de haut niveau. Ce dispositif s'adresse aux chercheurs recrutés depuis moins de trois ans dans un établissement d'enseignement supérieur et de recherche localisé sur le territoire de Rennes Métropole. Un appel à candidatures est publié chaque année.



L'OSUR est récompensé avec 2 lauréats :

>>> Pour mémoire, les 3 AIS 2018 de l'OSUR et les 3 AIS 2017 >>>



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Alain-Hervé Le Gall (multiCOM OSUR) / @


Un nouveau membre IUF à l'OSUR


 AHLeGall    10/05/2019 : 11:53

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Mario Denti est Professeur d’Archéologie et Histoire de l’Art antique à l'université Rennes 2

Par arrêté du Ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche, en date du 15 avril 2019, Mario Denti, Professeur à l’Université Rennes 2 et membre du Comité directeur du CReAAH, vient d’être nommé à l'Institut universitaire de France (IUF) comme membre sénior (nomination à partir du 1er octobre 2019 pour une durée de 5 ans).


Rappelons que l'IUF, créé en 1991, a pour mission de favoriser le développement de la recherche de haut niveau dans les universités et de renforcer l'interdisciplinarité en permettant la reconnaissance de l'activité scientifique d’enseignants-chercheurs. Les membres de l’IUF, obligatoirement enseignants-chercheurs, continuent à enseigner dans leur université d’appartenance avec un horaire adapté et bénéficient de crédits de recherche spécifiques.


Mario Denti est Professeur d’Archéologie et Histoire de l’Art antique à l'université Rennes 2, membre du Comité directeur du CReAAH en tant que Directeur du Laboratoire LAHM (Laboratoire d’Archéologie et Histoire Merlat) ; il est également Directeur de la mission de fouille de l’Université Rennes 2 à l’Incoronata (Italie, région Basilicate).

Son activité de recherche est inscrite dans les trois grands domaines de recherche suivants :

  • les interactions culturelles dans le monde méditerranéen à l’âge du Fer (IXe-VIIe siècle avant JC)
  • la culture figurative du monde hellénistico-romain
  • les problématiques et méthodologies de la recherche sur les sociétés antiques.


Lire à ce propos "La céramique dans les espaces archéologiques « mixtes ». Autour de la Méditerranée antique" paru aux Presses Universitaires de Rennes en 2016, co-dirigé avec Clément Bellamy.




En savoir plus :
>>> La page perso de Mario Denti (université Rennes 2)
>>> La page perso de Mario Denti (CReAAH)
>>> L'IUF (Institut universitaire de France)



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Alain-Hervé Le Gall (multiCOM)


Le master GEOMORE sur le terrain en Andalousie


 AHLeGall    09/05/2019 : 08:12

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A la découverte d'affleurements de réputation... mondiale !

Dans le cadre de la formation des étudiants en Master 1 GEOMORE (université de Rennes 1, OSUR), une école de terrain de synthèse est organisée annuellement. Pour 2019, l’école s’est déroulée en Andalousie du 18 mars au 1er avril. Outre le soleil andalou, 22 étudiants (et leurs encadrants !) ont pu bénéficier d’affleurements réputés mondialement, que beaucoup d’universités européennes viennent visiter. Nous avons ainsi pu croiser sur le terrain les collègues de Cambridge ou d’Oxford par exemple !

Le grand intérêt de cette région est d’offrir à l’expertise une unité volcanique remarquable (l’ensemble néogène du Cabo de Gata), des bassins sédimentaires exceptionnels (bassins de Tabernas et Sorbas, célèbres entre autres par leurs niveaux d’évaporites (gypseuses miocènes), des unités tectono-métamorphiques extrêmement bien préservées (Sierra Nevada et Sierra de Los Filabres). Bien sûr, les relations géologiques entre ces ensembles, structurés dans le même contexte tectonique (la géodynamique du Sud-Est de l’Espagne est un maillon central de compréhension de l’histoire alpine en Europe de l’Ouest) font l’objet de discussions scientifiques encore maintenant ; et les étudiants ont pu se confronter aux idées et débats actuels, tout en affermissant leurs compétences géologiques sur le terrain.

Retourner en Andalousie l’année prochaine ? Sans doute serait-ce idéal ! Reste à réunir les bonnes volontés (chose aisée), et à lever les fonds nécessaires (moins évident dans un contexte budgétaire serré…). "Là où la volonté est grande, les difficultés diminuent" (Machiavel)  !




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Coulée volcanique néogène dans sédiments carbonatés non-consolidés (volcanisme du Cabo de Gata)


Légende illustration d'en-tête :
GEOMORE Andalousie2019c
Expertise géologique des roches encaissantes du gisement d’or de Rodalquilar (volcanisme du Cabo de Gata)



Le master mention Sciences de la Terre, des planètes et de l’environnement (STPE), parcours Master géologie, modélisation et exploration des ressources (GEOMORE) a un double objectif :
• former des praticiens de niveau ingénieur pouvant prospecter, gérer et/ou travailler sur les ressources naturelles du sol et du sous-sol (eaux, hydrocarbures, ressources minières, stockage profond de déchets, granulats, cartographie géologique..)
• former des chercheurs (et enseignants-chercheurs) dans les secteurs académiques et/ou industriels en préparant à la poursuite d’études en doctorat

> Site d'appui du master




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Philippe Boulvais (Géosciences Rennes) / @
Kerry Gallagher (Géosciences Rennes, resp. du master GEOMORE) / @
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Sexe & genre. De la biologie à la sociologie


 AHLeGall    09/05/2019 : 07:13

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Editions Matériologiques. Collection : Sciences & philosophie

L'ouvrage "Sexe & genre. De la biologie à la sociologie sous la direction de Bérengère Abou et Hughes Berry paraît en juin 2019 aux Editions Matériologiques. Anne Atlan (CNRS​, Université Rennes 2​, ESO Rennes) et Agnès Schermann (ECOBIO, Université de Rennes 1​) sont respectivement co-auteures des chapitres suivants : "Chapitre 1 : La dichotomie entre mâle et femelle des biologistes, d’où vient elle, qu’implique-t-elle, et comment peut-elle s’articuler avec la pluralité des types sexuels et le concept de genre ? et "Chapitre 13 : Les carrières des chercheuses et chercheurs en écologie : une comparaison France-Norvège" (avec Simon Paye & Anne Loison).


Ces dernières années, les débats à propos des notions de sexe et de genre entre biologie et sciences humaines et sociales connaissent une intensité accrue, tant pour des raisons scientifiques que pour l’effet que ces positions ont sur les usages sociétaux de ces notions. Beaucoup de biologistes rejettent la mise en cause par une partie des sciences humaines et sociales de ce que la biologie tient pour fondamental, telles la binarité des sexes ou les différences entre les sexes. Les spécialistes en sciences humaines et sociales, quant à eux, voient souvent la biologie comme une source académique et institutionnelle d’arguments naturalistes qui visent à s’opposer au genre. Ils dénoncent des biais d’interprétation des biologistes comme résultant, justement, de parti-pris liés au dispositif de genre. Pourtant, les échanges scientifiques à l’interface entre biologie et sciences humaines et sociales sont sans aucun doute nécessaires pour évacuer ces antagonismes. L’objectif de cet ouvrage, basé sur l’École thématique interdisciplinaire d’échanges et de formation en biologie du CNRS (dite « École de Berder ») de 2015, est de mettre en œuvre un dialogue entre des deux domaines, en tentant de passer outre des malentendus et des impensés qui n’ont que trop duré.

Ce livre s’ouvre sur une présentation des définitions considérées comme consensuelles par les deux domaines, puis des contributions analysent l’idée selon laquelle certaines études sur les différences des sexes, en neurosciences ou en éthologie, publiée dans la presse de vulgarisation ou spécialisée, présentent des biais d’interprétation attribuables à des biais de genre. Des exemples d’études fortement interdisciplinaires illustrent cependant la possibilité de mêler sciences de la vie et sciences humaines au lieu de les opposer, en ce qui concerne le plaisir sexuel animal, la détermination du sexe ou la place des transidentités et de l'intersexuation dans les rapports entre sexe et genre. Mêlant études de cas, questionnements sociologiques, anthropologiques et épistémologiques, pour aboutir à la délinéation des si labiles notions de sexe et de genre, ce livre se veut un jalon pédagogique dans l’abord de ce champ de réflexion crucial.



>>> En savoir plus sur Editions Matériologiques >>>



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1er Prix de thèse de la Fondation Rennes 1 (secteur de recherche SDLM)


 AHLeGall    26/04/2019 : 10:03
 Aucun    Ils ont fait laffiche

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Fondation Rennes 1 "Progresser, Innover, Entreprendre"

Jean Marçais est lauréat du 1er Prix de la Fondation Rennes 1 du secteur de recherche Sciences de la Matière. Les prix de thèse Fondation Rennes 1 "Progresser, Innover, Entreprendre" récompensent les thèses pour leur caractère innovant.

La Fondation Rennes 1 « Progresser, Innover, Entreprendre », dont l’objet est de renforcer les relations entre l’Université de Rennes 1 et les entreprises pour favoriser l’innovation et le développement socio-économique, a remis le 26 avril 2019, pour la septième édition, ses prix de thèse. Les candidatures étaient ouvertes aux docteurs inscrits à Rennes 1 ayant soutenu leur thèse en 2018. Les prix de thèse sont décernés aux travaux présentant les plus forts potentiels d’innovation et/ou de transfert de technologie. L’acception du concept d’innovation porte sur l’innovation organisationnelle, sociale, managériale, industrielle et technologique… Les potentialités d’exploitation industrielle ou commerciale sont également mises en avant. Le jury est composé d’universitaires et de responsables d’entreprises.

Jean Marçais a soutenu sa thèse intitulée " Variabilité des temps de résidence de l'eau et des débits dans les rivières et les nappes phréatiques : implications sur la qualité de l'eau" le 25 septembre 2018 (encadrée par Jean-Raynald de Dreuzy et Gilles Pinay),

Au cours de sa thèse, Jean a pu s'appuyer sur l'expertise de la plateforme CONDATE Eau de l'OSUR pour la datation des eaux.


2018




Une thèse en pleine adéquation avec l’objet de la Fondation Rennes 1 « Progresser, Innover, Entreprendre »


Le XXIe siècle se trouve confronté à des défis environnementaux sans précédents. Changement climatique, pollutions grande échelle des masses d’eau, artificialisation ou érosion des sols nécessitent de progresser pour quantifier l’empreinte humaine sur les territoires que nous occupons et d’innover pour réduire cette empreinte.
Jean Marçais a entrepris de quantifier les capacités qu’ont les territoires bretons à épurer les nitrates d’origine agricole en s’appuyant sur les réseaux de mesures mis en place par les organismes publiques (Agence de l’eau, DREAL, Région Bretagne et instituts de recherche comme Irstea ou l’INRA). Grâce à des méthodes innovantes, quantifiant le temps de résidence des eaux avec la silice dissoute et grâce à des modèles applicables à l’échelle régionale utilisant ces temps de résidence pour quantifier la dénitrification, sa thèse a permis d’expliquer pourquoi cinq territoires bretons présentent de si grandes différences dans la qualité de l’eau de leurs rivières. Cette démarche intéresse à la fois les gestionnaires publics de l’environnement, comme leurs partenaires privés et contribue à accélérer le transfert de l’expertise de la recherche académique vers les décideurs publics et les bureaux d’études. Sa thèse a d’ailleurs trouvé un débouché dans le cadre d’un partenariat entre Géosciences Rennes et plusieurs plans Algues vertes bretons ( projet MORAQUI).

Quels liens avec l’innovation ?

Jean Marçcais a développé dans sa thèse une méthode robuste pour diagnostiquer la capacité des territoires bretons à épurer les nitrates d’origine agricoles et prédire leur évolution long terme.
Pour la première fois, la concentration en silice dissoute a été utilsée - reflet de l’interaction de l’eau avec les roches du sous-sol - pour tracer le temps de résidence que l’eau passe en milieu souterrain avant d’alimenter les rivières (lire notamment " Comment dater les eaux souterraines des aquifères cristallins ?"). Quantifier ce temps de résidence de l’eau est crucial pour déterminer l’efficacité des politiques publiques visant à reconquérir une bonne qualité d’eau en rivières et dans les baies côtières.
Etant donné le nombre de mesures en silice déjà réalisées à l’échelle régionale, et le faible coût de ce type de mesure, cette innovation permet de cartographier le temps de séjour de l’eau dans les différents territoires bretons.
Deuxièmement, Jean a initié le développement d’un nouveau type de modèles de bassin versant pour comprendre la persistance de pollutions agricoles. Ses modèles, disponibles sur la plateforme GitHub, proposent une nouvelle stratégie d’articulation données / modèles et tirent parti des importantes bases de données acquises par les organismes publics (Région Bretagne, DREAL, Agences de l’eau, INRA, Irstea). Grâce à ces données de suivi, ces modèles permettent de prédire l’évolution des masses d’eau du territoire breton.


Quelles retombées pour le monde socio-économique ?


Cette recherche a démontré qu’une meilleure intégration des données de qualité de l’eau à l’échelle de la Bretagne dans une démarche de modélisation renouvelée suffisait pour prédire l’évolution long terme des concentrations en nitrate dans les rivières bretonnes. Cela a été démontré sur 5 rivières bretonnes (Douffine, Dourduff, Guillec, Penzé, Ris). Les travaux de Jean Marçais ont permis d’expliquer pourquoi les efforts consentis par les agriculteurs (réduction des engrais et de l’épandage de lisiers de porc) ne s’étaient pas immédiatement retranscrit par une amélioration de la qualité de l’eau de nos rivières. C’est parce que ces efforts ont d’abord servi à diminuer le stock de nitrates présents dans les sols et les nappes phréatiques du bassin versant.
Cette quantification permet aussi d’envisager la mise en place d’un nouveau type de politiques publiques qui s’adaptent aux avantages naturels que possèdent certaines zones du bassin versant (par exemple, la zone proche des rivières) pour réduire les concentrations en nitrates dans les eaux. Cela a des implications très concrètes pour le monde socio-économique comme par exemple être capable de tester l’impact de la conversion d’un certain pourcentage des terres agricoles bretonnes en agriculture biologique.


Et maintenant ?

Suite à l’obtention de son doctorat, Jean souhaite désormais s’orienter vers la recherche appliquée à l’environnement, à l’interface entre l’appui aux politiques publiques, la recherche académique, et son transfert vers les cabinets de conseil environnementaux ou les bureaux d’études. Pour cette raison, il s'est mis en disponibilité du Ministère de l’Agriculture afin de pouvoir développer des projets de recherches qui visent à prédire l’impact des activités humaines sur leur milieu, via une meilleure intégration données / modèles. Cette stratégie ambitionne à terme de fournir la capacité aux décideurs d’adapter leur gestion de l’environnement.
Dans l'immédiat, Jean est en contrat post-doctoral à l’Institut de Physique du Globe de Paris dans le cadre du projet « Make Our Planet Great Again » obtenu par Louis Derry, professeur à l’université de Cornell. Ce projet vise à mieux comprendre les interactions entre l’eau, les sols, les écosystèmes et les activités humaines qui ont lieu dans la zone critique.
La zone critique est la fine pellicule de la Terre qui s’étend du sommet de la canopée, aux horizons de roches non altérées (quelques dizaines de mètres sous la surface du sol). Cette zone est critique pour l’humanité puisque c’est là que les sociétés humaines vivent, pratiquent l’agriculture et se développent.
Le projet vise à utiliser des données de qualité d’eau obtenues à haute fréquence (de l’ordre d’une toutes les 5 minutes) pour prédire l’évolution de la zone critique dans les milieux fortement anthropisés et ceux moins impactés par l’homme suite aux changements globaux en cours (i.e. changement climatique, agriculture intensive).



>>> Pour en savoir plus : Comment dater les eaux souterraines des aquifères cristallins ? >>>



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Pourquoi utiliser des ontologies pour interpréter les images de télédétection ?



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ARTICLE DANS GISCIENCE & REMOTE SENSING

Le lancement de nouveaux capteurs et un accès facilité aux données satellitaires transforment considérablement la théorie et la pratique de la télédétection. Le développement exponentiel des corpus de données d'observation de la Terre requiert la mise au point d’algorithmes innovants et performants. A ce titre, les approches privilégiées aujourd’hui sont surtout inductives, basées sur de l’apprentissage à partir d’échantillons d’entraînement. De la sorte, la communauté de la télédétection tend à développer des approches « boîtes noires » qui ne permettent pas d’appréhender toute la complexité du processus d’interprétation d’images.

Pourtant, l’interprétation des images satellitaires est bien une tâche complexe qui dépend fortement des caractéristiques de l’image (résolutions spectrales, radiométriques, spatiales et temporelles), des compétences de l’opérateur et surtout de ses intentions. Par exemple, un écologue peut considérer une haie comme un habitat pour certaines espèces animales tandis qu’un agronome peut appréhender cette même haie comme une barrière limitant la dispersion de maladies entre deux parcelles cultivées. Par ailleurs, même si les intentions sont claires, les experts mobilisent constamment des concepts vagues (il existe par exemple plus de 800 définitions du concept de forêt basées sur différents critères de superficie ou densité et de hauteur d’arbres) et ambigus (une plantation d’arbres doit-elle être considérée comme une forêt ?) qui rendent difficiles les échanges entre télédétecteurs et les utilisateurs finaux. Ainsi, les approches inductives axées sur la donnée et mettant de côté l’expertise thématique (en écologie, agronomie, géographie, etc) tendent à creuser le fossé avec les utilisateurs des images satellitaires, lesquels sont en effet plus habitués à mobiliser des approches déductives, basées sur de l’inférence logique (par exemple, une haie - est composée - d’arbres – et – a –une fonction).

La communauté scientifique de la télédétection se doit donc aujourd’hui de développer des méthodes hybrides alliant les approches inductives et déductives. Dans cette optique, des techniques de représentation des connaissances telles que les ontologies sont appelées à jouer un rôle primordial. Malheureusement, force est de constater que les applications de télédétection basées sur les ontologies ont encore du mal à capter l'attention des experts en télédétection. L’article publié en mars 2019 par Damien Arvor (LETG-Rennes) et ses collègues dans la revue GIScience & Remote Sensing a pour objectif d’expliquer de manière simple ce que les ontologies peuvent (ou pas) apporter à la télédétection.


Les ontologies : définition et utilisation en télédétection

Dans un contexte scientifique de traitement informatique des données de masse (« big data »), on s’intéresse ici davantage à la définition du terme ontologie à l’aune de l'intelligence artificielle. Une ontologie est une technique de représentation des connaissances généralement définie comme "une spécification formelle et explicite d'une conceptualisation partagée" (Gruber 1995) fournissant une représentation non ambiguë et formelle d'un domaine. Une conceptualisation est une vision abstraite et simplifiée du monde dans un but précis. Plus concrètement, les ontologies sont des manières formelles de spécifier explicitement la connaissance du domaine, en définissant les propriétés des concepts étudiés et les relations qui les maintiennent ensemble. Par exemple, "un arbre - est une sorte de - végétation", "une feuille - fait partie d'un - arbre", "la plage - est adjacente à - la mer", etc.

La définition des ontologies repose donc sur deux piliers : (1) "explicite" signifie que tous les concepts et leurs relations sont explicitement formalisés et (2) "partagé" signifie que l'ontologie représente une connaissance consensuelle dans un domaine spécifique, c'est-à-dire qu'elle a été approuvée par une communauté scientifique. Les ontologies formelles sont censées fournir un vocabulaire et un sens communs pour permettre aux applications informatiques de communiquer entre elles et aussi de communiquer avec les utilisateurs. Enfin, les ontologies formelles sont basées sur des logiques de description (DL) qui permettent de raisonner afin d'inférer de nouvelles connaissances.

Les ontologies sont utilisées avec succès depuis longtemps dans divers domaines scientifiques tels que la génétique, la biologie, l’écologie, ou encore l’économie. Toutefois, leur utilisation en géographie reste principalement limitée aux applications dans les systèmes d'information géographique (SIG). Cependant, les ontologies ont également été utilisées avec succès en télédétection, notamment par Damien Arvor dès 2013. Bien que leurs applications soient diverses (annotation sémantique d'images satellitaires, analyse de chaînes de traitement en télédétection, etc), l’application majeure consiste à utiliser les ontologies pour interpréter les images satellitaires en intégrant de la connaissance experte dans le processus de classification d’image. Des ontologies ont ainsi été utilisées pour la reconnaissance automatique des caractéristiques urbaines (réalisées par ailleurs à partir de données LiDAR), pour l'identification de constructions individuelles à partir des images TerraSAR-X, pour l'analyse des images SAR à très haute résolution, pour la cartographie des zones côtières à partir d'images multispectrales, pour la classification basée sur les pixels à partir de règles spectrales, etc.

Cependant, malgré l'intérêt croissant pour les ontologies en télédétection, leurs concepteurs et utilisateurs ont encore la plus grande difficulté à susciter l'attention et l’adhésion des experts en télédétection. Cette difficulté peut être due à l'écart existant d’une part entre les attentes des experts en télédétection concernant les ontologies formelles, et d’autre part, leur contribution réelle à la télédétection. En effet, les télédétecteurs attendent surtout des améliorations significatives et quantifiées des cartes produites tandis que les ontologies apportent surtout plus de transparence et d’échange dans la construction des chaînes de traitement. Les principaux avantages offerts par les  ontologies pour les applications de télédétection basées sur des logiques de description sont les suivants :

  1. Une représentationsymboliquedes éléments observés dans les images, associant les concepts de haut niveau (ex. forêt) avec des concepts plus bas-niveau issus de l’image (ex. indice de végétation ou indice de texture).
  2. Un partage des connaissances facilité par l'utilisation d'une conceptualisation commune (vocabulaire et sémantique) et l'adoption d'un langage ontologique standard.
  3. Un raisonnement logique assuré par les logiques de description, celles-ci permettant d'utiliser d’algorithmes de raisonnement pour inférer de nouvelles connaissances à partir de descriptions explicites.

 

 

Référence

Damien Arvor, Mariana Belgiu, Zoe Falomir, Isabelle Mougenot & Laurent Durieux (2019): Ontologies to interpret remote sensing images: why do we need them?, GIScience & Remote Sensing

 

 

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Les cycles astronomiques expliquent probablement la présence discontinue des Néandertaliens en Bretagne



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ARTICLE DANS QUATERNARY INTERNATIONAL

Les occupations discontinues de néandertaliens en Bretagne et leurs disparitions temporaires de nos latitudes a généré de nombreuses hypothèses : manque de nourriture, empoisonnements, problèmes de naissances, problèmes génétiques, épidémies, variations brusques du climat, désastres naturels, attaques par des animaux, rivalités avec l’homme moderne, communautés trop petites etc.. Un article publié dans Quaternary International en février 2019, avec notamment Jean-Pierre Lefort et Jean-Laurent Monnier (CReAAH), démontre pour la première fois que ces disparitions étaient probablement d’ordre climatique et liées à des paramètres astronomiques tels que l’insolation et la précession.


La production totale de coquilles typiques de l'association à Pupilla (mollusque gastéropode qui constitue un marqueur important pour le Pléistocène européen) prélevées sur le site côtier de Nantois (Baie de Saint Brieuc, Bretagne, France) a mis en évidence pour la première fois quatre épisodes de légers réchauffements humides et brefs au moment du dépôt des loess pendant la période glaciaire « MIS 6 ». Le loess est une roche sédimentaire meuble déposée au cours d'une période froide de l'histoire récente de la Terre. Elle est formée par l'accumulation de particules fines déposées par le vent et issues de l'érosion des régions désertiques périglaciaires, en l'occurrence de la Manche occidentale qui était alors à sec.

Ces légers réchauffements sont d'autant plus remarquables qu'ils sont intervenus au Saalien Supérieur, nom donné en Europe à l'avant-dernière glaciation Quaternaire qui a duré de -190 000 à -130 000 ans.



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Fig1. Localisation des quatre sites étudiés où des sections datées du Saalien Supérieur ont été reconnues à l'ouest de l'Europe. Les sites sont figurés sur une carte montrant le moment de la régression saalienne maximale.
LCSB : La Cotte de Saint Brelade (Jersey)
MD 03-2692 : Forage effectué en la mer Celtique
N : Nantois
Va : Villiers-Adam.
Flèches noires : direction des vents catabatiques issus de la calotte glaciaire britannique.
Figuré vertical : calotte glaciaire britannique.



Des améliorations climatiques ont également été observées, à la même époque, dans des dépôts marins de la mer Celtique. L’étude des variations contemporaines du niveau de la mer montre que les épisodes de "réchauffement" n'étaient pas seulement régionaux mais correspondaient à des événements globaux régis par les cycles astronomiques de précession (mouvements liés à l’inclinaison de l'axe de rotation de la Terre) et d'insolation (intensité du rayonnement solaire) qui conditionnaient alors la température à la surface du globe.

Des comparaisons avec des marqueurs biologiques tels que des mollusques marins et continentaux, des végétaux (actuellement trouvés sous forme charbons de bois) ou des rongeurs, préalablement étudiés dans le Bassin de Paris (Villiers-Adam) et sur l'île de Jersey (La Cotte de Saint Brolade), confirment l'existence de ces courts événements climatiques.

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Fig2. Extension de l’avancée de la Manche occidentale lors des différents épisodes de "réchauffement" du Saalien Supérieur.
Les sites archéologiques de Bretagne Nord et de Jersey sont indiqués.
Contours de la mer d'après P. Stephan, IUEM Brest (légèrement modifié).


Des corrélations entre l’âge des traces archéologiques montrant la présence discontinue des néandertaliens en Bretagne et les périodes d’amélioration climatique, suggèrent que ces populations ne devaient migrer vers la Bretagne et l’Europe occidentale que lors de ces courts épisodes de climat plus clément.



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Fig3. Corrélations entre les "épisodes de réchauffement" du Saalien supérieur et les périodes d’habitats néandertaliens.
Colonne de gauche : âges des différents sites néandertaliens datés en Bretagne lors du Saalien supérieur superposés aux quatre épisodes de "réchauffement" identifiés à terre et en mer.
Colonnes de droites : calculs d’erreurs.


Référence
J.P. Lefort, G.A. Danukalova, F. Eynaud, J.L. Monnier, Onshore and offshore evidences for four abrupt “warming” episodes during MIS 6  at the westernmost tip of continental Europe: did they control the migrations of Neanderthals?, Quaternary International, 2019, https://doi.org/10.1016/j.quaint.2019.02.024.


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Pour une révolution dans la mer. De la surpêche à la résilience



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Didier Gascuel est professeur à Agrocampus Ouest, directeur du Pôle halieutique, responsable du Master Sciences halieutiques et aquacoles.

Didier Gascuel est professeur à Agrocampus Ouest, directeur du Pôle halieutique, responsable du Master Sciences halieutiques et aquacoles. Il est chercheur à l'UMR INRA "Ecologie et Santé des Ecosystèmes" (ESE) associé à l'OSUR. Il publie ne avril 2019 chez Actes Sud un livre grand public de vulgarisation scientifique, en même temps qu'un essai politique. Il y est évidemment question de pêche, de gestion des pêches ou d'impacts écologiques, mais aussi de développement durable, de socio-économie, de gouvernance, de citoyenneté  ou d'éthique. Il y est question de diagnostic, mais aussi de propositions, avec l'idée que le secteur des pêches cristallise quelques une des grandes questions qui traversent aujourd'hui nos sociétés, dans le contexte du changement global (l’alliance Homme/Nature, le partage des richesse, le local versus global...).

En mer, sans doute plus tôt et plus fort qu’ailleurs, l’homme a percuté les limites de la biosphère. Au cours du xxe siècle, avec la généralisation de la surpêche, nous avons vidé la mer d’une partie de ses poissons et perturbé le fonctionnement des écosystèmes en profondeur. Mais les premières victimes sont les hommes eux-mêmes. La crise écologique, ce sont des ports qui se vident et des communautés humaines laissées à l’abandon.

Cette histoire rarement évoquée nous concerne tous, pêcheurs, consommateurs et citoyens. Elle pose des questions nouvelles : peut-on exploiter une ressource naturelle de manière vraiment durable ? Sommes-nous capables de mettre des bornes à notre propre capacité d’autodestruction ? Que faudrait-il changer radicalement pour enfin assurer un avenir durable à l’exploitation des ressources vivantes de l’Océan ?

À ces questions, Didier Gascuel apporte un nouvel éclairage. Il propose un diagnostic de la surexploitation des mers et des principes nouveaux pour mettre sur pied la “pêchécologie”, qui réconcilierait l’exploitation et la conservation, les hommes et leur territoire, le local et le global.

La pêche maritime est un test de notre capacité à muter vers le durable et la résilience. C’est un morceau, petit mais significatif, de la grande histoire des hommes confrontés à leur propre crise écologique. Une révolution dans la mer est possible, pour qu’avec les poissons, les écosystèmes et la diversité du vivant, l’aventure humaine continue.


>>> Pour en savoir plus >>>

>>> Présentation de l'ouvrage chez Actes Sud >>>


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Didier Gascuel (ESE) / @


Hoedic, une île atlantique à la veille de la Conquête romaine.10 ans d’étude pluridisciplinaire


 AHLeGall    01/04/2019 : 12:59

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Ouvrage publié sous la direction de Marie-Yvane Daire et Anna Baudry (CReAAH).

Ouvrage publié sous la direction de Marie-Yvane Daire et Anna Baudry (CReAAH).

Ancrée au large de la côte atlantique bretonne, à quelques brasses de Belle-Île-en-Mer et de Houat, l'île d'Hoedic a connu plusieurs périodes de fréquentation humaine, au cours de la Préhistoire, de la Protohistoire et des périodes historiques. Cet ouvrage est consacré aux riches occupations de la fin de l'âge du Fer qui ont marqué Hoedic et ses îles soeurs du Mor Braz.

Les recherches archéologiques, conduites sous la direction de Marie-Yvane Daire sur les sites de Port-Blanc et de Sterflant entre 2004 à 2015, ont généré des études multidisciplinaires des structures et mobiliers archéologiques, des assemblages archéozoologiques et de l'environnement du site. Elles offrent une vision inédite de l'économie de subsistance des populations insulaires et de la place des îles dans le contexte atlantique à la veille de la conquête romaine...



Ouvrage publié sous la direction de Marie-Yvane Daire et Anna Baudry, préface de Jean-Marc Large, avec les contributions de :

Mathis Arthur, Salvador Bailon, Anna Baudry, Charlotte Choisy-Guillou, Marie-Yvane Daire, Klet Donnart, Yvon Dréano, Catherine Dupont, Benjamin Gehres, Yves Gruet, Mikael Guiavarc'h, Fany Jude, Loïc Langouët, Solenn Le Forestier, Nancy Marcoux, Laurent Quesnel.

et la collaboration de : Jean-Christophe Le Bannier, Klervi Le Nagard, Caroline Mougne, Pau Olmos, François Pustoc'h, Guirec Querré, Delphine Rambaud et Anne Tresset.

Ouvrage de 296 p., couleur, co-édité par le CeRAA et l’AMARAI

Diffusion : CeRAA, Centre Régional d’Archéologie d’Alet. BP 60. 35413 - Saint-Malo cedex

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L'(épi)génome : la face cachée pour le succès des espèces invasives ! Ecrevisse, frelon, jussie, même combat !



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ARTICLE DANS FUNCTIONAL ECOLOGY

Dans un article publié dans Functional Ecology en février 2019, Julien Genitoni (INRA ESE) et ses collègues font un état de l’art des études du lien entre épigénétique, éléments transposables et plasticité phénotypique chez les espèces invasives et le rôle de ces mécanismes dans l’adaptation et la réussite des invasions.


Les changements globaux d’origine anthropique affectent de manière importante les écosystèmes. La vitesse de ces altérations engendre une réduction de la biodiversité, un grand nombre d’espèces n’ayant pas le temps de s’adapter à leur nouvel environnement. Les activités humaines offrent de nouvelles opportunités de dispersion pour les espèces exotiques envahissantes, ou plus communément appelées par son anglicisme « invasive ». Ce sont des espèces animales ou végétales qui, transportées dans un nouvel environnement, vont s’y développer, s’étendre plus que de raison et in fine causer des problèmes économiques et écologiques. L’exemple le plus connu est celui du frelon asiatique bien plus agressif que son cousin européen. Le préjudice financier représente plusieurs milliards par an uniquement aux États-Unis et ces invasions représentent la troisième menace qui pèse sur la biodiversité derrière le changement climatique et la destruction des habitats. L’étude de ces espèces invasives est donc devenue primordiale pour réussir à limiter leurs impacts.


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Illustration 1 : Trois espèces invasives, en France, l’écrevisse de Louisiane, le frelon asiatique et la jussie grande fleur



On peut également voir les invasions biologiques comme des expériences naturelles permettant de mieux comprendre les mécanismes d’adaptation des espèces. Ainsi, le chercheur utilise ces espèces invasives comme modèles pour comprendre des phénomènes complexes et difficilement observables au laboratoire.

Comment une espèce, qui n’est pas adaptée localement, peut réussir à s’installer et remplacer les espèces autochtones ? Les scientifiques ont longtemps vu le succès des invasions biologiques comme un paradoxe. L’effet de goulot d’étranglement subi par la population introduite, goulot d’étranglement qui correspond à un faible nombre d’individus arrivant dans un nouvel environnement, devrait engendrer une réduction de son potentiel adaptatif. De nombreux chercheurs se sont penchés sur ce paradoxe, aujourd’hui résolus, et ont proposé de multiples hypothèses pour l’expliquer. Par exemple, Davidson et al. (2011) expliquent que ces espèces possèdent une plasticité phénotypique plus importante que les espèces dites natives. Cette dernière est définie comme le fait qu’un génome puisse donner plusieurs phénotypes correspondant à différents environnements.


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Illustration 2 : Le processus d’invasions comprend une étape d’introduction puis d’établissement et d’expansion et durant toute la durée de l’invasion des facteurs déterminants influencent sa réussite



Parmi les hypothèses plus récentes, on retrouve les mécanismes épigénétiques (Rey et al., 2016). Terme né/utilisé en 1942 par Conrad Waddington, l’épigénétique concerne les modifications moléculaires de l’expression du génome, sans changement de la séquence d’ADN, qui peuvent être héritables. Cette définition prend en compte plusieurs niveaux de modification nommée marques épigénétiques : la méthylation de l’ADN appelé “méthylome”, l’acétylation des histones et les ARN non codants. (Duncan et al. 2014).

Pourquoi s’intéresser à l’épigénétique chez les espèces invasives ? Parce que ces marques épigénétiques, comme la méthylation, sont sensibles à l’environnement. On peut citer l’exemple de la vernalisation, derrière ce phénomène qui décrit le processus qui promeut la floraison après une période de froid, se cache des mécanismes épigénétiques. Ces derniers interviennent dans de multiples processus liés de près ou de loin, au développement des organismes, à la mémoire et à la réponse aux stress biotiques ou abiotique mais aussi à l’expression de la plasticité phénotypique (Meyer, 2015, Crisp et al. 2016). La question de l’héritabilité de ces marques épigénétiques est centrale pour déterminer si ces mécanismes interviennent dans l'adaptation. De plus en plus de preuves s’accumulent et montrent que les marques épigénétiques peuvent être transmises à travers les générations. Et, si la capacité des modifications épigénétiques à se transmettre à la descendance est importante pour jouer un rôle dans l’adaptation, leur caractère réversible permet un ajustement aux conditions environnementales. En outre, ces mécanismes régulent les éléments transposables qui, découverts en 1950 par Mc Clintock, sont des petites séquences ADN nombreuses et capables de se déplacer (de « transposer ») dans le génome. Conjointement, ces processus pourraient participer à l’adaptation des organismes à de nouvelles contraintes. C’est l’objet de l’article de Marin/Genitoni et al., 2019 publié dans Functional Ecology et intitulé « Biological invasion: The influence of the hidden side of the (epi) genome ».

Les chercheurs font l’état des lieux des connaissances liant l’épigénétique, les éléments transposables et la plasticité phénotypique chez les invasions biologiques. Dans le sillage de Rey et al (2016), l’hypothèse d’un rôle primordial des éléments transposables et des mécanismes épigénétiques dans le succès des invasions biologiques est posée. Ces processus sont encore trop peu étudiés chez les espèces invasives. En effet, les espèces invasives, contrairement à Arabidopsis thaliana, ne sont pas des espèces modèles. Ainsi, on dispose de peu de données et de ressources les concernant. Cet état de fait complique l’étude approfondi des mécanismes génétiques et épigénétiques. S’ajoute à cela, la difficulté de séparer la composante génétique de la composante épigénétique dans des systèmes naturels, c’est pourquoi les chercheurs travaillent sur des populations dont la diversité génétique est presque nulle (population clonale et epiRILs, qui sont des lignées génétiquement identiques, mais qui différent au niveau épigénétique). Néanmoins, l’apport des nouvelles technologies de séquençage haut débit et d’outils bio-informatique venant des espèces modèles peuvent permettre de connaitre le génome et l’épigénome à moindre coût et donc de surmonter ces difficultés.



Référence
Marin, P, Genitoni, J, Barloy, D, et al. Biological invasion: The influence of the hidden side of the (epi)genome. Funct Ecol. 2019; 00: 116. https://doi.org/10.1111/1365-2435.13317



Références complémentaires
- Crisp PA, Ganguly D, Eichten SR, et al (2016) Reconsidering plant memory: Intersections between stress recovery, RNA turnover, and epigenetics. Science Advances 2:e1501340–e1501340. doi: 10.1126/sciadv.1501340
- Davidson, A. M., Jennions, M., & Nicotra, A. B. (2011). Do invasive species show higher phenotypic plasticity than native species and, if so, is it adaptive? A meta-analysis: Invasive species have higher phenotypic plasticity. Ecology Letters, 14(4), 419–431. doi:10.1111/j.1461-0248.2011.01596.x
- Duncan, E. J., Gluckman, P. D., & Dearden, P. K. (2014). Epigenetics, plasticity, and evolution: How do we link epigenetic change to phenotype?: EPIGENETICS, PLASTICITY, AND EVOLUTION. Journal of Experimental Zoology Part B: Molecular and Developmental Evolution, 322(4), 208–220. doi:10.1002/jez.b.22571
- Meyer, P. (2015). Epigenetic variation and environmental change: Fig. 1. Journal of Experimental Botany, 66(12), 3541–3548. doi:10.1093/jxb/eru502
- Rey O, Danchin E, Mirouze M, et al (2016) Adaptation to Global Change: A Transposable Element–Epigenetics Perspective. Trends in Ecology & Evolution 31:514–526. doi: 10.1016/j.tree.2016.03.013




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