Le milieu académique rennais se mobilise contre le coronavirus


 AHLeGall    26/03/2020 : 11:24

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Ensemble pour lutter contre le COVID19 : l'OSUR contribue aussi

Labos, composantes, écoles, organismes, tous #EnsembleAvecNosSoignants

Très forte mobilisation académique pour la collecte du matériel nécessaire aux acteurs de terrain pour se protéger et lutter contre le #COVID19 : des milliers de masques, gants, combinaisons, lunettes... ont été rassemblés et mis à disposition des soignants #ToutRennesAide

Les labos de l'OSUR ont apporté leurs contributions à cet élan local et national, grâce à la mobilisation des personnels des unités.

A ECOBIO : les masques FFP2 et autres, le stock de gants, les blouses, les surlunettes, les surchausses, le stock d'ethanol ont été collectés pour les structures de santé. Il a été proposé également de rendre disponible des enzymes, des thermocycleurs ou autres equipements PCR sur demande.

Idem à Géosciences où des gants, des blouses, des sur-chaussures etc. ont été rassemblés.

Cette opération de collecte est gérée par l’université de Rennes 1 et coordonnée par le SMUT.

L'université de Rennes 1 informe au fil de l'eau ses agents et les étudiants sur la pandémie #UNIVCOVID19 :
[Covid19] Foires aux questions
Informations Coronavirus
Coronavirus : repères et point sur les connaissances avec le Pr Matthieu Revest, infectiologue (UR1, CHU Rennes)
Contact cellule Covid-19 : @

Le CNRS se mobilise aussi pour apporter des informations scientifiques fiables sur la pandémie du coronavirus COVID-19 :
Coronavirus : sur le front scientifique
En temps de pandémie, la recherche fait partie de la réponse
Le se dote d’une fondation : elle permettra à chaque citoyen et citoyenne de contribuer à l’avancée des connaissances. L’une de ses 1res missions sera de soutenir la recherche publique sur le COVID19
« La science fondamentale est notre meilleure assurance contre les épidémies » (Bruno Canard, DR CNRS) : Plusieurs études ont d’ailleurs démontré que la biodiversité est le meilleur rempart contre les émergences virales.





En images

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à gauche © Institut Pasteur - Coronavirus, agent du SARS (severe acute respiratory syndrome)
à droite © INSERM, CNRS - Coronavirus SARS CoV2, responsables de la maladie COVID19 accrochés au niveau des cils de cellule épithéliale respiratoire humaine




Simplification du paysage et services écosystémiques



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Rôle de l'hétérogénéité du paysage passée, actuelle et future, sur les traits fonctionnels de plantes : une approche combinant télédétection et écologie

Lucie Lecoq est doctorante au sein d'ECOBIO dans l'équipe "Paysages - Changements Climatiques - Biodiversité". Son projet de thèse s’intéresse aux impacts de la structure du paysage, qu’elle soit passée, actuelle ou future, sur la composition des communautés de plantes. Son approche est interdisciplinaire car elle intègre à la fois les concepts et outils d’écologie et de télédétection. Via des relevés floristiques réalisés in situ au sein du bassin versant du Couesnon (Bretagne, Normandie) et d’une approche basée sur les traits fonctionnels, Lucie cherche à savoir dans comment la structure du paysage agit comme un filtre écologique sur les communautés de plantes des prairies permanentes et des haies. Elle tente ensuite d’analyser les répercussions de cet effet filtre sur le fonctionnement de l’écosystème. Pour se faire, elle relie la composition des communautés végétales à des services écosystémiques, comme la production de biomasse ou la régulation du climat. Ces services sont quantifiés respectivement par la télédétection et par des capteurs de températures in situ. A partir des relations trouvées entre la structure du paysage et ces services, différents scénarios d’occupation du sol à 2050 seront appliqués afin de mieux comprendre et prédire la distribution des plantes et des services associés dans la vallée du Couesnon. Ce projet permettra ainsi de mieux anticiper les conséquences des politiques de gestion des terres sur le fonctionnement des écosystèmes, dans le contexte actuel de changement climatique.

 

Cette thèse se déroule entre Octobre 2018 et Octobre 2021, sous la direction de Cendrine Mony et de Aude Ernoult.. Elle est financée par la région Bretagne et le programme européen INTERREG ALICE.



[vidéo de 4'35, réalisée par Romain Causse-Védrines 2020]

 

Landscape simplification and ecosystem services

Lucie Lecoq is a PhD student in the UMR 6553 CNRS ECOBIO at the University of Rennes 1. Her thesis project focuses on the impacts of landscape structure, past, present, and future, on the composition of plant communities. Her approach is interdisciplinary as it integrates both ecology and remote sensing concepts and tools. Through floristic surveys carried out in situ in the Couesnon catchment area (Brittany, Normandy) and an approach based on functional traits, Lucie seeks to understand how landscape structure acts as an ecological filter on plant communities in permanent grasslands and hedgerows. She then attempts to analyze the impact of this filter effect on ecosystem functioning. To do so, she links the composition of plant communities to ecosystem services, such as biomass production or climate regulation. These services are quantified by remote sensing and in situ temperature sensors, respectively. Based on the relationships found between landscape structure and these services, different land-use scenarios to 2050 will be applied to better understand and predict the distribution of plants and associated services in the Couesnon valley. This project will thus make it possible to better anticipate the consequences of land management policies on the functioning of ecosystems in the current context of climate change. 

This thesis will take place between October 2018 and October 2021, co-supervised by Cendrine Mony and Aude Ernoult. It is financed by the Brittany region and the European program INTERREG ALICE.




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Comment s'organisent les roches en profondeur ?



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Les outils numériques comme support pédagogique en géologie : le logiciel d’animation 3D Blender pour visualiser la géométrie du sous-sol

Maxime Bernard - en thèse à Géosciences Rennes où il travaille à caractériser l'évolution géomorphologique des paysages glaciaires - a produit une animation pédagogique intitulée « From 2D planar geological map to 3D spatial overview ». L’objectif est de montrer les relations géométriques entre les informations contenues sur une carte géologique 2D, c'est-à-dire les lignes de niveaux et les couches géologiques (i.e. les aplats de couleur), et l’agencement 3D des couches en profondeur. Cet exercice est à la base de l’enseignement de la cartographie auquel les étudiants de licence sont confrontés : être capable à partir d’une carte géologique, montrant la distribution des couches de roches en surface, de comprendre l’agencement de ces couches en profondeur. Cependant, il peut être difficile de se représenter ces formes en trois dimensions. L’animation crée par Maxime montre donc, à travers trois exemples d’agencement des couches de roches en profondeur (horizontales, pendage Nord, pendage Sud), comment le tracé de leurs limites interagit avec la topographie en surface. L’animation se concentre notamment sur la forme en « V » que montre les limites de couches dans les vallées, où la pointe est orientée dans leur direction de pendage.

Pour réaliser cette animation, Maxime a utilisé un logiciel d’animation 3D nommé Blender, qui possède de nombreux avantages. Tout d’abord il est open-source : c’est donc un logiciel gratuit et facile d’accès. De fait, il est partagé et accompagné d’une grande communauté d'utilisateurs qui propose des tutoriels pour apprendre à manier les outils (en plus de la documentation interne). De nombreux forums existent, ainsi que de nombreuses chaines Youtube, des livres.. Nul besoin d’être un geek ou un artiste chevronné pour se mettre à Blender ! Mais les programmeurs y trouveront leur compte car Blender offre la possibilité d’éditer des scripts Python pour réaliser les opérations au lieu de passer par une voie manuelle. Il est également possible d’importer des modèles numériques et de procéder au rendu directement dans l'application : on peut se limiter aux échelles de couleurs, mais on peut aller jusqu'à texturer le modèle entier pour réaliser un aspect naturel (roches, végétation, glace, eau etc…). Enfin, les modèles produits dans Blender peuvent être exportés et utilisés comme modèles interactifs, par exemple dans une présentation Powerpoint.

La portée de ces outils numériques pour la pédagogie est très large, et ne demande qu’à être exploitée. Alors sii votre curiosité n’a que peu de limites, n’hésitez pas à vous y aventurer !





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La fable de la Chauve-Souris et du Pangolin


 AHLeGall    23/03/2020 : 09:13

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Toute ressemblance avec...

La fable de la Chauve-Souris et du Pangolin


Un jour, un Pangolin rencontre une Chauve-Souris.
« Où vas-tu ce matin, animal de la nuit ? »
Demande le Pangolin. « Je suis désespérée
Face à l’inconséquence de cette humanité.
Depuis le temps que l’Homme abîme la planète,
Qu’il tue nos congénères, dérègle le climat,
Pollue les océans… Il faut que ça s’arrête ! »
Clame la Chauve-Souris. « Qu’a-t-il fait de Gaïa ? »
Alors, le Pangolin, sensible à sa tristesse
Se décide à agir, dans sa grande sagesse.
« Ecoute, Chauve-Souris, tu ne peux résister
Aux rayons du soleil. Je vais donc te manger
Et m’occuper du reste. Mais ta désespérance
Sera pour la planète une seconde chance».
Alors le Pangolin mangea la Chauve-Souris
Et décida ainsi de donner la leçon
A cette humanité qui n’avait rien compris.
Sur le bord d’un chemin, il prit sa position.
Un petit homme passa, cupide et affamé
Qui prit le Pangolin pour faire son déjeuner.
Et ainsi commença, pour l’espèce des bipèdes
Un cauchemar plus grand que les pires prédictions.
Car la bêtise de l’Homme n’avait pas de remède
Et qu’il avait signé sa propre extinction.
Desproges l’avait dit : « il ne faut pas moquer
Le Pangolin Gérard »*. Sous son air bon enfant
Et dans sa carapace, il tenait l’avenir
De toute l’humanité, qui n’avait vu venir
La fin des haricots et le confinement.
Cette histoire stupide a une moralité :
D’un plus petit que soi, il fallait se méfier !


« Confinée de la Fontaine », alias M.Y.D. (20 mars 2020).


* Pierre Desproges, Chroniques de la haine ordinaire

 


Qu'est-ce qu'une fable... ? (selon Le Larousse)

"Apologue, récit allégorique d'où l'on tire une moralité"

Et qu'est-ce qu'un apologue ?

"Court récit en prose ou en vers, dont on tire une instruction morale"




>>> Lire aussi : "Et Pan !" >>>


Les Néandertaliens pionniers de l’exploitation des ressources marines



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ARTICLE DANS SCIENCE

Il y a eu, jusqu'à présent, peu de preuves que la collecte de coquillages, la pêche et la chasse aux oiseaux et mammifères marins étaient des pratiques courantes chez les populations Néandertaliennes. On sait par contre que ces pratiques étaient répandues chez leurs contemporains anatomiquement modernes en Afrique australe. Une équipe internationale de chercheurs dirigée par João Zilhão (ICREA, Université de Barcelone) à laquelle appartiennent trois chercheurs de deux laboratoires du CNRS (Catherine Dupont, CReAAH, CNRS-Université de Rennes, Francesco d’Errico et Alain Queffelec, laboratoire PACEA, CNRS-Université de Bordeaux-Ministère de la Culture) met à mal cette vision dans un article qui vient d’être publié dans la revue Science. Il propose un nouveau scénario selon lequel la familiarité des humains avec la mer et ses ressources est beaucoup plus ancienne et plus répandue que supposé jusqu'à présent.


Un modèle très influent de nos origines suggère que la consommation régulière de ressources aquatiques - riches en Oméga 3 et autres acides gras qui permettent le développement du tissu cérébral – aurait favorisé l’augmentation des capacités cognitives des populations modernes africaines lors de la dernière période interglaciaire (120 000-70 000 ans avant le présent). Cette augmentation expliquerait l'apparition précoce de cultures matérielles symboliques et de technologies complexes : peintures corporelles à l'ocre, objets de parure, gravures géométriques sur des fragments d’ocre et des récipients fabriqués à partir d'œufs d'autruche, outils élaborés en os, chauffe de la pierre pour faciliter la taille d’outils. Ces comportements reflètent une capacité de pensée abstraite et de communication par le biais de symboles et des modes d’apprentissage complexes. Ils auraient favorisé l'émergence de sociétés plus organisées dont la croissance démographique a fini par conduire à la colonisation de l'Eurasie. A la suite de cette colonisation, les Néandertaliens et d'autres populations non "modernes" - tant sur le plan anatomique que, par déduction, sur le plan cognitif - se seraient "inévitablement" éteints.

Les résultats présentés dans l’article qui vient d’être publié dans Science semblent raconter une toute autre histoire. La grotte de Figueira Brava, au Portugal, objet de l’étude, est située sur les pentes de la Serra da Arrábida, à 30 km au sud de Lisbonne, près de l'estuaire du Sado. Elle a servi d'abri aux populations néandertaliennes pendant vingt millénaires, entre 106 000 et 86 000 ans, c'est-à-dire pendant la dernière période interglaciaire, lorsque le climat de la Terre était similaire à celui d'aujourd'hui. Actuellement, la grotte de Figueira Brava est située au bord de la mer, mais, à l'époque où elle était habitée, la distance jusqu'à la côte a varié entre 750 à 2 000 m.

L’analyse méticuleuse des restes découverts pendant les fouilles révèle des stratégies de subsistance diversifiées, avec consommation de mollusques (patelles, moules, palourdes), crustacés (tourteaux et araignées de mer), poissons (requin bleu, anguille, congre, dorade, mulet), oiseaux aquatiques (canard colvert, oie, cormoran, fou de Bassan, puffin, pingouin, aigrette, plongeon), mammifères marins (dauphin, phoque gris). Les Néandertaliens de Figueira Brava complétaient ce panier en chassant des cerfs, des bouquetins, des chevaux, des aurochs ainsi que de petites proies comme la tortue terrestre. Parmi les restes de plantes, il a été possible de déterminer des restes d'olivier, de vigne, de figuier et d'autres espèces typiques d'un climat méditerranéen. Le plus abondant est cependant le pin, dont le bois servait de combustible, mais dont les restes comprennent des coquilles de pignons. Les pignes mûres mais encore fermées étaient ramassées sur les branches et stockées dans la grotte où elles étaient ouvertes à la chaleur du feu pour en extraire, et manger, les pignons.

La diversité des ressources documentées à Figueira Brava est supérieure à celle observée dans les sites mésolithiques portugais datés entre 7 500 et 9 000 ans. Dans les moments d'occupation les plus intenses, la densité des accumulations de restes de mollusques est, à Figueira Brava, identique à celle observée dans ces sites. Ces derniers contiennent en outre des centaines de sépultures dont l'analyse isotopique a permis de vérifier que des quantités aussi importantes de restes de nourriture d’origine aquatique sont effectivement liées à un régime alimentaire à forte composante marine, qui peut aller jusqu'à 50% de l’alimentation. Nous pouvons donc en déduire que cela aurait également été le cas pour les populations néandertaliennes de la côte atlantique ibérique.

En s’appuyant sur ce constat, les chercheurs concluent que la familiarité des humains avec la mer et ses ressources est quelque chose de beaucoup plus ancien et plus répandu qu'on ne le pensait jusqu'à présent. Si la consommation habituelle de ressources marines a joué un rôle important dans le développement des capacités cognitives, elle l'a fait à l'échelle de l'humanité tout entière. En fait, selon les paramètres de comparaison utilisés, la densité des ressources marines sur le site est égale ou supérieure, sinon bien supérieure, à la gamme de variation observée sur les sites sud-africains contemporains.

Le concept de Néandertaliens comme peuples du froid, spécialisés dans la chasse aux grands herbivores est aussi à revoir. Cette vision est valable pour les pays d'Europe centrale et septentrionale qui ont été pionniers dans le développement de l'archéologie paléolithique, comme la France et l'Allemagne. Entre 400 000 ans et 10 000 ans, le climat de la Terre a été souvent plus froid qu'aujourd'hui, et il s'agissait de régions de steppe ou de toundra qui correspondaient à l'extrême nord de territoires habités par des populations humaines. Des proportions importantes de la population humaine européenne vivaient dans les régions du sud, en particulier en Italie et, surtout, dans la péninsule ibérique, où la recherche a débuté plus tard. Ce n'est que depuis 25 ans qu'elle a pu commencer à produire des résultats de manière continue et cohérente. Tout comme il n'est pas logique de considérer le mode de vie et l'économie des peuples de l'Arctique comme représentatifs des chasseurs-cueilleurs documentés par l'ethnographie, il n'est pas non plus logique de considérer les Néandertaliens du Nord comme représentatifs de cette population. En fait, de nombreux groupes des Néandertaliens ont pu vivre comme les habitants de Figueira Brava.


 

Contacts

Catherine Dupont @

Francesco d’Errico francesco. @

Alain Queffelec @

 

Référence
Zilhão, D. E. Angelucci, M. Araújo Igreja, L. J. Arnold, E. Badal, P. Callapez, J. L. Cardoso, F. d’Errico, J. Daura, M. Demuro, M. Deschamps, C. Dupont, S. Gabriel, D. L. Hoffmann, P. Legoinha, H. Matias, A. M. Monge Soares, M. Nabais, P. Portela, A. Queffelec, F. Rodrigues, P. Souto. (2020) Last Interglacial Iberian Neandertals as Fisher-Hunter-Gatherers. Science 367.DOI: 10.1126/science.aaz7943

 

 

Figures

 Catherine Dupont Science Mars2020 Fig1
Figure 1: Localisation de la grotte de Figueira Brava et photos de la grotte et de la fouille. En bas à gauche couche archéologique riche en restes de coquillages marins (© Joao Zilhão)

 

Catherine Dupont Science Mars2020 Fig2
Figure 2 : Ressources marines de Figueira Brava: A. patelles, B. palourdes, C. tourteaux, D. vertèbre de dauphin, E. vertèbre de requin (A-C M. Nabais, D Antunes et al. 2000, E. J. P. Ruas)



Catherine Dupont Science Mars2020 Fig3
Figure 3 : Fragments de pinces de tourteaux découverts à Figueira Brava (M. Nabais) et référentiel actuel (© CNRS C. Dupont).



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Figure 4 : Coquillages de patelles, de palourde et de moules de Figueira Brava (M. Nabais) et référentiels actuels (© CNRS C. Dupont).





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L'âge du cuivre : première datation directe d’un gisement de cuivre



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Le protocole de datation de ces minéralisations en cuivre a été mis au point sur la plateforme GeoHeLiS de l'OSUR

Une équipe de l’IRD et ses partenaires - dont Marc Poujol (Géosciences Rennes) - réalisent la première datation directe d’un gisement de cuivre. En analysant ce minerai issu du désert d’Atacama au Chili, les scientifiques avancent dans la compréhension du climat et du relief de cette région. Les résultats sont publiés dans Mineralium Deposita en mars 2020.

Situé au nord du Chili, le désert d’Atacama est la région la plus aride du monde. C’est aussi celle où est extrait près du tiers de la production mondiale de cuivre. Ce précieux minerai chilien est le fruit de deux processus successifs : des minéralisations primaires dites hypogènes, en profondeur, liées aux remontées magmatiques de porphyre cuprifère, puis, en surface, des minéralisations secondaires dites supergènes dues à l’érosion et au lessivage par les eaux de pluie.
Ainsi une collaboration entre S. Brichau (IRD) et S. Duchene (GET Toulouse), des chercheurs de l'université Catholique du Nord au Chili et de Géosciences Rennes a été établie dans le cadre de la thèse de Zia Steven Kahou, doctorant en géologie au laboratoire Géosciences Environnement Toulouse (GET). C’est sur ces minéralisations supergènes que cette équipe a réalisé une première mondiale. « Nous avons procédé à la datation directe des minéralisations supergènes de cuivre par une méthode originale », annonce Zia Steven Kahou qui a fait de ce sujet l’objet de sa thèse débutée en 2017. Jusqu’à présent, seuls des procédés indirects, c’est-à-dire la datation de minéraux voisins, étaient utilisés pour dater le cuivre. « Nous avons utilisé une méthode existante pour l’appliquer à de nouveaux minéraux, ce que personne n’avait tenté sur ce genre de minéraux auparavant », nuance Stéphanie Brichau, géologue à l’IRD au GET et co-directrice de la thèse.

A noter que le protocole de datation de ces minéralisations en cuivre a d’abord été mis au point à Géosciences Rennes, par ablation laser ICP-MS de la plateforme GeoHeLiS de l'OSUR, pilotée par Marc Poujol.


Pour en savoir plus
>>> Communication IRD : L'âge du cuivre >>>


Mine Equipe
Atacama - © Marc poujol



Référence
Kahou, Z.S., Brichau, S., Poujol, M. et al. First U-Pb LA-ICP-MS in situ dating of supergene copper mineralization: case study in the Chuquicamata mining district, Atacama Desert, Chile. Miner Deposita (2020). doi.org/10.1007/s00126-020-00960-2




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Méfiez-vous aussi du petit-gris Cornu aspersum !


 AHLeGall    19/03/2020 : 08:36

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Un parasite menace l'escargot petit-gris et rend dangereuse sa consommation par l'homme

Claudia Gérard, Armelle Ansart, Marie-Claire Martin et Maxime Dahirel (ECOBIO) et Nolwenn Decanter (ESE) publient en mars 2020 dans la revue Parasite un article qui traite de la présence du ver parasite Brachylaima spp. (Plathelminthe Trématode) chez l’escargot petit-gris Cornu aspersum (Mollusque Gastéropode) en France, et le risque potentiel pour l’homme de contracter la brachylaimiase (Brachylaimiasis) via la consommation d’escargots.

 

L’escargot Cornu aspersum, originaire des côtes méditerranéennes d’Afrique du Nord, est largement répandu sur la plupart des continents, et est considéré comme invasif dans ses aires d’introduction récentes telles que l’Amérique et l’Océanie (Fig. 1).



Claudia Gerard Parasite 1 Mars2020
Figure 1. Photographie de Cornu aspersum (escargot petit-gris)

 

Les espèces invasives, lorsqu’elles sont utilisées comme hôtes dans les aires d’introduction, peuvent fortement influencer la dynamique des maladies infectieuses. Ainsi, des études ont montré que l’escargot peut jouer un rôle clé dans la transmission de certaines parasitoses d’importance vétérinaire et/ou médicale. L’importation d’escargots pour la consommation humaine peut également contribuer à l’expansion géographique de parasites comme dans le cas du trématode du genre Brachylaima entre l’Afrique et l’Espagne. Brachylaima est un trématode cosmopolite dont le développement nécessite trois hôtes successifs : des escargots, i.e. hôtes intermédiaires n°1 et n°2 qui hébergent le parasite à l’état larvaire, et différents vertébrés (oiseaux et mammifères dont l’espèce humaine) correspondant à l’hôte définitif hébergeant le parasite à l’état adulte. Les espèces du genre Brachylaima peuvent représenter une menace pour la santé humaine comme cela a été démontré en Australie pour Brachylaima cribbi (Fig. 2). Les humains sont des hôtes définitifs accidentels qui contractent la maladie dénommée brachylaimiase après avoir consommé des escargots mal cuits parasités par les larves infectantes de Brachylaima (métacercaires), mais aussi après avoir consommé directement ces larves potentiellement présentes sur les végétaux.

Claudia Gerard Parasite 2 Mars2020
Figure 2. Cycle de développement de Brachylaima cribbi

[d’après Butcher, 2016. Children, snails and worms: the Brachylaima Cribbi story. Microbiologia Australia, 16012: 30-33]
L’hôte définitif émet des œufs (a) dans ses excréments. L’œuf est mangé par un escargot terrestre (b), puis éclot en larve miracidium dans le tube digestif de l’escargot. Le miracidium se développe en sporocyste dans la glande digestive de cet escargot. Les cercaires matures (c) émises par le sporocyste sortent de l’escargot et sont libérées dans l’environnement. Les cercaires infectent d’autres gastéropodes terrestres et se développent en métacercaires (d) dans leur rein. L’hôte définitif (mammifères, oiseaux, reptiles) (e) mange les escargots parasités par des métacercaires qui migrent dans leur intestin, s’y attachent et deviennent adultes.



Aucune donnée épidémiologique n’est disponible en Europe, sauf en Espagne où jusqu’à 93.6% des escargots Cornu aspersum vendus sur les marchés peuvent être parasités par Brachylaima spp. En France, pays frontalier de l’Espagne, les escargots sont communs dans les aires urbaines et les jardins privés, et la population humaine consomme entre 25000 et 30000 tonnes d’escargots par an, dont 800-1000 tonnes issues de l’héliciculture.

L’objectif de cette étude préliminaire a été de rechercher la présence de Brachylaima dans deux populations de Cornu aspersum du Nord-Ouest de la France, l’une suburbaine (Thorigné-Fouillard, Ille-et-Vilaine), l’autre rurale (Arçais, Deux-Sèvres). Nos résultats montrent que les deux populations d’escargots sont parasitées par Brachylaima (Fig. 3) avec une prévalence (= proportion d’escargots parasités) de 10.4% à Thorigné-Fouillard et de 73.3% à Arçais, et une intensité parasitaire (= nombre de parasites par escargot) en moyenne trois fois plus importante à Thorigné-Fouillard (37) qu’à Arçais (11).


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Figure 3. Sporocystes (a) et métacercaires (b) de Brachylaima enregistrés chez Cornu aspersum en France.

 

L’analyse moléculaire suggère que les escargots étudiés sont parasités par deux espèces différentes de Brachylaima, dont l’une est très probablement Brachylaima mesostoma, un parasite intestinal d’oiseaux passeriformes décrit en Europe Centrale. A l’heure actuelle, aucune donnée moléculaire n’est disponible concernant les espèces de Brachylaima déjà décrites chez Cornu aspersum, i.e., Brachylaima cribbi en Australie, et B. aspersae, B. llobregatensis et B. mascomai en Europe. Cependant, les études morphométriques suggèrent que ces quatre espèces diffèrent de celles que nous avons enregistrées dans les populations françaises de Cornu aspersum.

Des recherches ultérieures approfondies sont nécessaires : i) pour identifier les espèces de Brachylaima présentes au sein des populations d’escargots terrestres (hôtes intermédiaires), mais aussi au sein des populations de vertébrés (hôtes définitifs pouvant servir de réservoirs), et ii) pour mesurer le risque sanitaire à consommer des escargots terrestres issus du milieu naturel et/ou de l’héliciculture.

 


Référence
Claudia Gérard, Ansart A., Decanter N., Martin M.-C. & Dahirel M., 2020. Brachylaima spp. (Trematoda) parasitizing Cornu aspersum (Gastropoda) in France with potential risk of human consumption. Parasite, DOI: 10.1051/parasite/2020012

 


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Géosciences Rennes, lauréat d’un MOPGA



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AAP "Make Our Planet Great Again"

Make Our Planet Great Again est une initiative du Président de la République, Emmanuel Macron, lancée le 1er juin 2017 suite à la décision des Etats-Unis de sortir de l'Accord de Paris sur le climat. C'est un appel aux chercheurs et aux enseignants, aux entrepreneurs, aux associations et aux ONG, aux étudiants et à toute la société civile à se mobiliser et à rejoindre la France pour mener la lutte contre le réchauffement climatique. L'initiative Make Our Planet Great Again propose 5 programmes pour favoriser l'accueil d'étudiants et de chercheurs internationaux en France, dont 1 AAP spécifique pour l'accueil d'un post-doctorant.

Le projet proposé par Mathieu Martinez (Maître de conférences, Géosciences Rennes) et retenu par CampusFrance vise à comprendre l'impact des cycles d'insolation, dus au mouvement de l'orbite de la Terre dans les événements océaniques anoxiques du Crétacé. Il porte sur la calibration astronomique de la limite entre l'Aptien et l'Albien (environ 113 millions d'années). Cet intervalle de temps est caractérisé par une série d'événements où les fonds marins se sont révélés appauvris en oxygène (événements océaniques anoxiques). Mathieu Martinez et Fatima-Zahra Ait-Itto, une post-doct recrutée dans le cadre de cet appel à projet national et qui a soutenu sa thèse en 2018 à l’Université Cadi Ayyad de Marrakech, souhaitent tester la récurrence de ces événements anoxiques. Le duo rennais postule en effet que la récurrence de ces événements serait liée à des périodes marquées par de faibles contrastes saisonniers d'insolation favorisant la stagnation des masses d'eaux marines, ce qui empêcherait leur ventilation. Mais pour cela, ils ont besoin d'améliorer la précision de l'échelle des temps géologiques existante grâce à l'enregistrement sédimentaire de ces cycles d'insolation. Leurs cibles sont des affleurements du Sud-Est de la France (Bassin Vocontien) où ces événements anoxiques et ces cycles sédimentaires sont bien enregistrés.

 

Impact du forçage astronomique sur les épisodes anoxiques du Crétacé inférieur

Le Crétacé "moyen" (121 - 95 Ma) a été une période de réchauffement climatique et d'augmentation du niveau de la mer, marquée par plusieurs phénomènes de désoxygénation des fonds marins. Ces événements climatiques, appelés événements anoxiques, sont à l'origine d'événements d'extinction massive de 2e ordre : ils sont de courte durée et se produisent régulièrement (cf. les 5 extinctions massives de 1ere ordre en bas de page *).

Classiquement, ces événements sont interprétés comme le résultat d'un rejet massif de CO2 dans l'atmosphère lors de l'apparition de grandes provinces volcaniques (par exemple : les trapps du Deccan qui se sont formés entre la fin du Mésozoïque et le début du Cénozoïque, il y a 60 à 68 millions d'années ; l’Inde aujourd’hui). L'augmentation des températures, du niveau de la mer et l'érosion des sols suivent ces rejets de gaz à effet de serre et déclenchent la fertilisation du plancton qui consomme l'oxygène (O2) de la couche supérieure de l'océan. Les masses d'eau profondes ne sont donc plus oxygénées, ce qui entraîne des phénomènes anoxiques.

Cependant, la période qui nous intéresse dans cette étude est atypique car les événements anoxiques autour de la frontière apto-albienne (113 Ma) se produisent à un moment où aucune grande province volcanique n'est active : elle se situe même pendant un intervalle de refroidissement du climat ! Ces événements nécessitent donc une explication alternative pour expliquer leur apparition. La piste explorée par Mathieu Martinez et Fatima-Zahra Ait-Itto se situe à l’interface entre la cyclostratigraphie et l’astrochronologie. Quèsaco ? Quels sont donc les liens entre l’astronomie et la géologie ?

 

Les mécanismes de préservation de l'excentricité terrestre sont conservés dans les roches sédimentaires

Le forçage astronomique correspond aux changements cycliques de l'orientation de l'axe de rotation de la Terre et de la forme de l'orbite terrestre. Trois mouvements sont impliqués : la précession (période : 20 000 ans), l'obliquité (période : 40 000 ans) et l'excentricité (100 000, 405 000 ans et 2,4 millions d'années, Ma). Ces mouvements modifient la différence saisonnière d'insolation et déclenchent des changements cycliques de la circulation océanique, des précipitations sur les continents ou de la productivité planctonique. Toutes ces conditions modifient le type de sédiments et de minéraux déposés dans l'océan et peuvent également entraîner des conditions anoxiques. L'intervalle limite Aptien-Albien contient 3 événements anoxiques dans un intervalle de ~4 Ma. Cependant, l'échelle de temps géologique contient de grandes incertitudes (> 1 Ma) dans cet intervalle. En outre, le moment réel – i.e. la conjonction - entre ces événements est inconnu.

L’objectif des géologues rennais est donc de calibrer l'intervalle de temps couvrant les événements anoxiques de l'intervalle limite apto-albien, à tester si le forçage orbital à long terme a eu un impact sur la récurrence des événements anoxiques et à déterminer les mécanismes de forçage. Cet intervalle couvre les événements de Jacob, Kilian et Paquier.

Pour ce faire, les géologues rennais vont arpenter une région du sud-est de la France. Ces événements anoxiques sont bien documentés dans le bassin du Vocontien, dans la Drôme et les Alpes-de-Haute-Provence. Le principal affleurement étudié est celui du Col de Pré-Guittard (Drôme, stratotype de la frontière apto-alpine). Tarendol (Drôme) et Les Briers (près de Saint-André-les-Alpes, Alpes-de-Haute-Provence) sont deux autres affleurements qui seront étudiés pour vérifier la reproductibilité des résultats. Ensemble, ces affleurements constituent donc une série complète de l'intervalle étudié. La série sédimentaire est composée de dépôts monotones de décantation argileux-carbonatés à grains fins, formés dans un environnement marin profond. Ces dépôts sont riches en matière organique, ce qui reflète le manque d'oxygénation des fonds marins lors de leur dépôt.

Tout d'abord, les chercheurs vont identifier l'enregistrement du forçage orbital dans les sédiments, en générant des séries sédimentaires de longue durée et de haute résolution. Le séquençage orbital des séries sédimentaires permettra de calculer les durées entre les événements anoxiques, puis de tester le lien entre le cycle d'excentricité de 2,4 millions d'années et les événements anoxiques. Ensuite, ils mesureront les assemblages de minéraux argileux afin de comprendre l'impact des cycles orbitaux sur le climat et l'altération du continent.

 

Un travail de terrain minutieux

L’objectif est de prélever des échantillons sur les séries sédimentaires de telle sorte que la distance entre deux échantillons successifs corresponde à un laps de temps d’environ 3 000 ans, afin d'assurer la recherche du cycle orbital le plus court (c'est-à-dire la précession : 20 000 ans). En tenant compte des taux de sédimentation estimés dans les séries étudiées, les chercheurs estiment que cela devrait représenter un échantillon tous les 5 cm ! Au total, 1 400 échantillons seront donc collectés sur le terrain au Pré Guittard et 900 échantillons à Tarendol et aux Briers. En tout, ce sont trois semaines d’exploration sur le terrain qui sont prévues pour échantillonner ces sections. Le projet débutera dès que l’arrêt de l’épidémie du coronavirus permettra aux chercheurs de se rendre sur le terrain : les sections du Pré Guittard et de Tarendol seront échantillonnées vers la fin du printemps ou pendant l’été.

Ensuite, une fois collectés, les géologues vont mesurer la susceptibilité magnétique de ces échantillons. La susceptibilité magnétique représente la capacité d'un échantillon à être magnétisé lorsqu'il est placé dans un champ magnétique externe. C'est une mesure rapide (30 s), peu coûteuse et précise. Dans les alternances marno-calcaires, les marnes présentent des valeurs de susceptibilité magnétique plus élevées en raison de leur teneur en fer plus élevée. Ces valeurs de susceptibilité magnétique seront mesurées à l'Université de Rennes 1, au labo Géosciences Rennes de l’OSUR, dans le Service d’Analyse, Mesure de l’Aimantation des Roches.

Ensuite, des analyses spectrales seront réalisées pour détecter les cycles sédimentaires et les interpréter en termes de forçage orbital. Une deuxième sortie sur le terrain est prévue pour collecter les échantillons de la section Les Briers. Les résultats de ces mesures et analyses spectrales concerneront l'étalonnage des sections par rapport aux cycles orbitaux et la production de l'échelle de temps.

A partir de l'échelle de temps produite, 400 échantillons (environ un échantillon par cycle de précession) seront sélectionnés. Ces échantillons permettront aux géologues de déterminer les assemblages de minéraux argileux à partir d'analyses de diffractométrie à rayons X, analyses réalisées à l'Université de Bourgogne-Franche-Comté avec la collaboration de Jean-François Deconinck. Ces échantillons seront d'abord préparés à Géosciences Rennes. Puis la diffractométrie des rayons X sera effectuée à l'Université de Bourgogne-Franche-Comté. Jusqu’en été 2021, des analyses complémentaires et la rédaction de nouvelles publications sont d’ores et déjà programmées !

 

 

Mathieu Martinez AAP MOPGA
Photographie de la coupe du Col de Pré-Guittard (Drôme). Les niveaux indiqués par des flèches noires constituent des repères communément utilisés dans le Bassin du Sud-Est de la France. Le Niveau Kilian correspond à l’un des événements anoxiques de l’intervalle Aptien-Albien. D’après Kennedy et al. (2017).

 



Sur le même sujet, lire aussi :

>>> La fossilisation des cycles astronomiques : un outil de datation des roches sédimentaires >>>

 

* Extinctions de 1ere ordre

Rappelons pour mémoire la chronologie des extinctions massives de 1er ordre :

  1.     L'extinction de l'Ordovicien qui s'est produite il y a de cela 445 millions d'années :
  2.     L'extinction du Dévonien qui s'est produite il y a de cela à peu près 385 millions d'années.
  3.     L'extinction du Permien qui s'est produite il y a de cela 252 millions d'années.
  4.     L'extinction du Trias-Jurassique qui s'est produite il y a de cela 200 millions d'années.
  5.     L'extinction du Crétacé-tertiaire qui s'est produite il y a de cela 65 millions d'années.
  6.     L’extinction de masse humaine : vers une sixième extinction de masse ?





Contact OSUR
Mathieu Martinez (Géosciences Rennes) / @
Fatima-Zahra Ait-Itto (Géosciences Rennes)
Alain-Hervé Le Gall (OSUR multiCOM) / @

 


Pour une meilleure comparaison entre agriculture biologique et conventionnelle


 AHLeGall    17/03/2020 : 15:05

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Intégrer des paramètres de la biodiversité ou la qualité des sols dans les ACV

L’évaluation des effets environnementaux de l'agriculture et de l'alimentation fait l’objet de nombreuses études et est au cœur de nombreux débats. Cependant, la méthode d'analyse la plus largement utilisée néglige bien souvent certaines questions essentielles, tels que la biodiversité, la qualité des sols, les impacts des pesticides ou les changements sociétaux. Un chercheur de l’INRAE - Hayo van der Werf (SAS) - et deux collègues suédois et danois rapportent dans la revue Nature Sustainability en mars 2020 que ces oublis peuvent conduire à des conclusions erronées lorsqu’il s’agit de comparer agriculture conventionnelle et biologique....


>>> Lire le communiqué de presse de l'INRAE >>>

Référence
Van der Werf, H.M.G., Trydeman Knudsen, M., Cederberg, C. Towards better representation of organic agriculture in life cycle assessment. Nature Sustainability (2020) doi: 10.1038/s41893-020-0489-6




Contact OSUR
Hayo van der Werf (SAS, INRAE) / @


PrehCOAST : le CReAAH dans un IRN (International Research Network) dédié à la Préhistoire atlantique



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Préhistoire Atlantique : Paléolithique, Mésolithique ou Néolithique, au fil des vents iodés...

Grégor Marchand (CReAAH) est impliqué dans un IRN (International Research Network, ex LIA) baptisé PrehCOAST "Coast-inland dynamics in prehistoric hunter-gatherer societies" (2019-2023).

L’IRN a pour objet la structuration d’une communauté scientifique à l’international autour d’une thématique partagée ou d’une infrastructure de recherche. Il promeut l’organisation d’ateliers et de séminaires internationaux ou d’écoles thématiques organisés par les partenaires du réseau, en France et à l’étranger. D’une durée de 5 ans, il rassemble des chercheurs d’un ou plusieurs laboratoires français dont au moins un laboratoire du CNRS et de plusieurs laboratoires partenaires à l’étranger.


[Source : PrehCOAST]


Le réseau PrehCOAST « Coast-inland dynamics in prehistoric hunter-gatherer societies » associe, dans son étape initiale, des chercheurs d’Espagne (Santander), France (Bordeaux, Brest, La Rochelle, Paris, Rennes, Toulouse), Lettonie (Riga) et Norvège (Oslo). Il intègre des archéologues et des paléo-environnementalistes impliquées dans l’exploration des sociétés littorales de chasseurs-cueilleurs de la Préhistoire (Paléolithique, Mésolithique, Néolithique). Il entend ainsi dépasser certains cloisonnements nationaux dans l’appréciation de phénomènes culturels ou environnementaux d’ampleur continentale, mais aussi aider à développer une archéologie adaptée à des paramètres et contraintes similaires. Cela concerne la nature même de ces sociétés préhistoriques dont l’alimentation est fondée sur les ressources maritimes, mais aussi l’appareil conceptuel nécessaire pour envisager ces sociétés et surtout en renouveler l’étude. Travailler à la fois dans les dimensions marines et continentales implique en effet, l’usage de méthodes de prospections géophysiques ou de fouilles très particulières, en constant renouvellement.

Le réseau de chercheurs PrehCOAST a pour ambition d'aborder un certain nombre de thèmes qui tirent leurs origines de contraintes géographiques ou paléo-environnementales similaires, mais différemment préservées. Telle que la préhistoire de l'Europe est écrite depuis des décennies, la bande côtière apparaîtrait soit comme un chemin de migrations humaines commodes depuis le plus ancien paléolithique, soit comme un lieu d'expérimentation de formes sociales et économiques particulières. Il s'agit notamment de la capacité de ces populations à jongler avec plusieurs cycles naturels (marées ou saisons) pour assurer leur subsistance. En transcendant les frontières nationales, les écoles d'interprétation et leurs limites épistémologiques, ce réseau de chercheurs européens entend aussi proposer de nouvelles perspectives sur ces objets de recherche, tout en partageant les méthodes et les moyens.



IRN PrehCOAST Santec

Roc'h Santec Leitoun, Finistère : un habitat préhistorique entre terre et mer (© Grégor Marchand)

Des programmes analogues ont été conduits sur des vestiges préhistoriques submergés (Submerged Prehistoric Archaeology and Landscapes of the Continental Shelf / SPLASHCOS / 2009-2013). Il nous parait opportun de déplacer les questionnements vers les rapports littoral / continent, qui structurent les modes d’existence de ces communautés humaines. L’insertion des êtres humains dans les multiples cycles de ces environnements et leurs pratiques de mobilité sont au centre de ces approches. Mais il convient aussi de s’intéresser au rôle historique des littoraux comme voie privilégiée de circulation, que ce soit pour les échanges ou les migrations, pour écrire une préhistoire européenne connectée.

Les rencontres thématiques sont le nécessaire prélude à la soumission de programmes de recherche aux échelles nationales et internationales, à la définition de programmes de terrain commun, mais aussi à la codirection d’encadrements doctoraux à des échelles transnationales.

Les travaux de recherche s'articulent autour de six grands thèmes, sur lesquels s'articulent toutes les spécialités de la compréhension des entreprises maritimes et de leurs interactions. Ils seront discutés lors des ateliers annuels.


WP 1 - Les sociétés côtières et littorales - Concepts et terminologie
WP 2 - Méthodes d'étude de la côte comme interface entre l'intérieur des terres et la mer
WP3 - Le site comme point nodal d'un réseau
WP4 - Connexion / liens / mobilité
WP5 - Perception des zones côtières
WP6 - Actions et réactions


La durée du GDRI est prévue du 1er janvier 2019 au 31 décembre 2023 (5 ans).



Pour en savoir plus :
>>> PrehCOAST (présentation en anglais) >>>
>>> PrehCOAST (présentation en français) >>>
>>> Explorer la côte, sonder le passé : méthodes et pratiques de la préhistoire maritime (Brest, 02-04/12/20,  séance de la société préhistorique française) >>>



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