Des étudiants de master se lancent dans un atelier d'écriture scientifique... et sont publiés dans la revue Annals of Botany



Annals_of_botany_avril2020.jpg

ARTICLE DANS ANNALS OF BOTANY

Ivan Couée (ECOBIO) et les étudiants de la promotion 2019 PMAS (Physiologie moléculaire et adaptations aux stress) du Master 2 APVV (parcours : Amélioration, Production, Valorisation du Végétal), co-habilité par l’Université de Rennes 1, l'Institut AGro (Agrocampus Ouest) et l'Oniris, publient un article de synthèse dans la revue Annals of Botany en avril 2020 sur l’importance des mitochondries dans la régulation signalétique des cellules végétales : un article scientifique à part entière, évalué, qui est donc issu d'un travail d'atelier de réflexion et d'écriture. En voici une présentation qui intègre à la fois des considérations scientifiques, des considérations pédagogiques et des considérations culturelles.


Le travail de réalisation de cet article a été conçu comme un atelier de réflexion, de recherche bibliographique et d’écriture scientifique dans le cadre du Master 2. Sur la base d’une thématique pré-définie et d’un corpus initial de publications, les étudiants ont été amenés à faire une première analyse personnelle, imaginer eux-mêmes un sous-thème à développer et, après validation ou ajustement de ce sous-thème, trouver la littérature pertinente, la critiquer, et construire un texte et une figure destinés à être intégrés dans un authentique manuscrit scientifique. Les articulations entre les contributions individuelles et la cohésion générale de l’ensemble ont été faites de manière progressive par des tables rondes et des bilans d’étape.

La réussite finale d’un tel projet montre clairement l’excellent niveau de connaissances fondamentales des étudiants impliqués et leur maîtrise des outils de sélection et d’analyse critique de la littérature scientifique internationale.

L’un des points forts de cette démarche est de faire prendre conscience aux étudiants de la valeur de leurs intuitions et de leurs questionnements. Les étudiants à ce niveau (Master 2) peuvent faire valoir de manière synergique leur expertise académique et leur capacité personnelle à voir les problèmes scientifiques sous de nouveaux angles et à poser des questions nouvelles que des chercheurs confirmés ne verraient pas de la même manière. Il faut alors faire en sorte de concilier la liberté de choix, d’analyse et d’expression, et le droit à l’erreur, avec la rigueur nécessaire pour que le manuscrit à soumettre soit solide et fiable.

En plus du travail universitaire classique, la perspective d’une soumission réelle du manuscrit auprès d’une revue internationale, et donc obligatoirement auprès d’experts internationaux, donne aux étudiants un sentiment très fort d’enjeu scientifique et de valorisation personnelle, ainsi que le sentiment d’appartenir déjà à leur niveau à une communauté intellectuelle mondiale. Le fait de publier dans une revue scientifique comme ANNALS OF BOTANY, créée en 1887, et où Francis Darwin, le fils de Charles Darwin, publiait ses travaux de physiologie végétale dans les années 1890 et 1900, leur permet aussi de mesurer l’ancrage historique de leurs études et de leurs projets. ANNALS OF BOTANY est actuellement basée à Exeter, ville jumelée avec Rennes depuis 1955, et par le plus grand des hasards, l’adresse postale de la revue est située sur le « Rennes Drive ».

Le domaine que nous avions choisi d’étudier est à la fois très fondamental, très spécialisé et relativement compétitif. De nombreux instituts de recherche internationaux, en Allemagne, en Suède et en Australie, sont impliqués dans ce domaine, et publient chaque année des synthèses bibliographiques sur le sujet. Il est donc remarquable que l’un des lecteurs-réviseurs ait estimé que même en tant qu’expert sur les mitochondries il avait appris un certain nombre de choses nouvelles à la lecture du manuscrit.

Les mitochondries sont potentiellement présentes dans les cellules de tous les eucaryotes, plantes, champignons, protistes, animaux, et constituent jusqu’à 20% du volume cellulaire. En tant que sites de la respiration cellulaire, les mitochondries sont classiquement décrites comme des usines énergétiques cellulaires. Mais leurs rôles physiologiques, pour les cellules, les tissus ou les organismes, sont beaucoup plus variés et beaucoup plus intégratifs.

Chez les plantes, les mitochondries fonctionnent jour et nuit, aussi bien dans les tissus chlorophylliens, de concert avec les chloroplastes, que dans les tissus non-chlorophylliens (embryons, semences, racines, méristèmes, bois). Les mitochondries dans la plante sont ainsi impliquées dans l’intégration du fonctionnement diurne et nocturne, dans la gestion du carbone, de l’azote ou du soufre, ou dans l’équilibre entre la fixation et le relargage du dioxyde de carbone. Leur fonctionnement joue donc un rôle déterminant dans la vigueur et la productivité des communautés végétales cultivées ou naturelles et dans les échanges végétation-atmosphère. Les mitochondries végétales sont au cœur de la compréhension des réponses de la végétation à l’augmentation de la concentration atmosphérique en dioxyde de carbone et de la capacité des plantes à séquestrer le carbone.

De tels rôles intégratifs et polyvalents ne peuvent correctement fonctionner que par des systèmes de communication et de régulation qui ajustent le fonctionnement mitochondrial et le fonctionnement cellulaire et tissulaire. Cette communication se fait par des signaux cellulaires et des systèmes de transduction de signal qui restent mal connus. Les métabolites et les espèces réactives de l’oxygène que produisent les mitochondries peuvent ainsi être perçus comme des signaux internes de surveillance qui communiquent avec la machinerie cellulaire et l’expression du génome. Cette nouvelle synthèse présente donc les mitochondries végétales comme un hub multi-directionnel qui génère et perçoit des signaux moléculaires permettant à la cellule de réguler son fonctionnement lors de contraintes environnementales telles que les contraintes du changement climatique (sécheresse, chaleur).



Référence
Corentin Dourmap, Solène Roque, Amélie Morin, Damien Caubrière, Margaux Kerdiles, Kyllian Béguin, Romain Perdoux, Nicolas Reynoud, Lucile Bourdet, Pierre-Alexandre Audebert, Julien Le Moullec, Ivan Couée, Stress signalling dynamics of the mitochondrial electron transport chain and oxidative phosphorylation system in higher plants, Annals of Botany, Volume 125, Issue 5, 8 April 2020, Pages 721–736, doi.org/10.1093/aob/mcz184




Ivan Couee Annals Botany Avril2020
Mitochondrie végétale dans son environnement cellulaire (microphotographie électronique: Ivan Couée et Jean-Pierre Carde)



Pour en savoir plus
>>> Master mention Biologie, agrosciences, parcours Amélioration, production, valorisation du végétal (APVV) >>>
>>> Des étudiants de master se lancent dans le « creative writing » scientifique... et sont publiés dans la revue Global Change Biology >>>



Contact OSUR
Ivan Couée (ECOBIO) / @
Alain-Hervé Le Gall (OSUR multiCOM) / @