MICROSCALE Lab : un Laboratoire Commun en microbiologie et en biologie moléculaire, pour l’analyse de cellules procaryotes uniques


 AHLeGall    22/03/2021 : 15:29

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MICRObial Single Cell AnaLysEs Laboratory (MICROSCALE Lab)

Les LabCom - Laboratoires Communs - sont des structures communes de recherche CNRS/entreprises : l’UMR ECOBIO et la société Cellenion proposent de créer le Laboratoire Commun MICROSCALE-lab, en lien avec la plateforme EcogenO de l'OSUR, dans les domaines de la microbiologie et de la biologie moléculaire, avec comme objectif l’analyse de cellules procaryotes uniques.


MICROSCALE-lab s’articule autour de trois axes de R&D :

(i) IsoCell qui vise l’isolement de cellules uniques microbiennes à partir d’une communauté complexe à l’aide des systèmes cellenONE,

(ii) IsoGenes, (iii) IsoTrans, respectivement centrés sur l’analyse des génomes et des transcriptomes des cellules microbiennes uniques.

Ces trois axes ont pour objectif global de proposer un système complet (isolement, préparation de librairies de séquençage et analyse bioinformatique) pour l’étude des cellules microbiennes uniques, créant une rupture conceptuelle et technologique pour l’étude des communautés microbiennes, face aux outils ‘méta-omiques’ actuellement employés. En effet, ces derniers laissent percevoir leurs limites malgré les avancées significatives qu’ils ont permis dans le domaine de la microbiologie ces dernières décennies. Un besoin de nouveaux outils de décryptage de la diversité microbienne, et de ses fonctions, émerge donc actuellement.

En développant des systèmes de tri de cellules procaryotes jusqu’alors utilisés uniquement sur cellules eucaryotes, et en les associant à des outils d’analyse moléculaire et bioinformatique, MICROSCALE-lab compte répondre à ce besoin. Ces avancées ouvriront de nouvelles voies dans différents domaines de recherche, à la fois fondamentaux et appliqués, ciblés sur le microbiote. MICROSCALE-lab bénéficiera de l’alliance des expertises du laboratoire ECOBIO et de la plateforme EcogenO en écologie microbienne et génomique environnementale, et de l’entreprise Cellenion en conception d’outils pour l’isolement et l’étude de cellules uniques et la biologie moléculaire. Les deux partenaires du projet avanceront en étroite collaboration sur les trois axes de R&D, exploitant au mieux leurs infrastructures, compétences et expertises respectives.

Depuis 20 ans, ECOBIO développe une activité de recherche dans les domaines de l’écologie microbienne et de la microbiologie environnementale reconnue à l’échelle internationale grâce à la publication de nombreux articles à comité de lectures internationaux dans des revues à haut facteur d’impact. L’équipe de recherche mobilisée pour MICROSCALE-lab est ainsi constituée de microbiologistes de spécialités complémentaires, à l’intersection de différentes disciplines scientifiques centrées autour de l’écologie microbienne. De plus MICROSCALE-lab s'appuiera sur les moyens techniques et humains de la plateforme EcogenO hébergée par l’UMR ECOBIO.

De son côté, Cellenion, SASU en très forte croissance, développe des produits et solutions pour l’isolement de cellules uniques et notamment la technologie cellenONE, commercialisée à l’échelle internationale. L’équipe de recherche pluridisciplinaire de Cellenion allie savoir-faire démontré en biologie moléculaire et cellulaire et microbiologie, et fortes compétences en (bio)informatique et ingénierie de l’automatisation et de l’optique.

Forte de cette association entre ECOBIO et Cellenion, MICROSCALE-lab ciblera le marché industriel de l’analyse de cellules uniques actuellement en plein développement, se positionnant dans le domaine de l’étude des microbiotes en santé, environnement, bioproduction, agroalimentaire, cosmétique..., tout en ouvrant de nouvelles possibilités de générer des données inédites sur les microbiotes et leur fonctionnement, augmentant les connaissances fondamentales majeures en microbiologie et en écologie microbienne.

A noter que MICROSCALE Lab sera le deuxième LabCom créer à l'OSUR après la fractory en 2018, un labcom entre le labo Géosciences et la société ITASCA dédié au monitoring et aux méthodes numériques pour les géosciences et l’environnement, hébergé sur la campus de Beaulieu de l'université de Rennes 1.

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Contact OSUR
Philippe Vandenkoornhuyse (Université de Rennes 1, ECOBIO) / @
Alain-Hervé Le Gall (OSUR multiCOM) / @