Soutenance de thèse de Julie Ferreira de Carvalho (ECOBIO)



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Le mardi 19 février 2013 à 9h30, en salle de conférences de l'OSUR (bâtiment 14B, Campus de Beaulieu, UR1), Julie Ferreira de Carvalho soutient sa thèse intitulée

Le mardi 19 février 2013 à 9h30, en salle de conférences de l'OSUR (bâtiment 14B, Campus de Beaulieu, UR1), Julie Ferreira de Carvalho soutient sa thèse intitulée

Evolution du génome des Spartines polyploïdes envahissant les marais salés : apport des techniques de séquençage haut-débit

Résumé :
Les Spartines jouent un rôle écologique majeur sur les marais salés. Elles représentent un excellent modèle pour appréhender les conséquences écologiques de la spéciation par hybridation et polyploïdie dans le contexte d’invasion biologique. On s’intéresse plus particulièrement, à l’hybridation récente entre une espèce hexaploïde d’origine américaine Spartina alterniflora et une espèce hexaploïde européenne S. maritima ayant donnés deux hybrides F1 (S. x townsendii et S. x neyrautii) et la nouvelle espèce envahissante allododécaploïde (S. anglica). Les nouvelles technologies de séquençage haut-débit facilitent l’exploration de ces génomes peu connus. L’assemblage et l’annotation d’un transcriptome de référence ont permis d’annoter 16 753 gènes chez les spartines hexaploïdes et d’identifier des gènes d’intérêts écologique et évolutif. Une sélection de ces gènes a ensuite été analysée à travers une étude d’expression par PCR quantitative sur les populations naturelles des 5 espèces du complexe. Les résultats ont permis de mettre en évidence une expression homogène intra-populations mais une grande variabilité entre les espèces. L’analyse du génome des Spartines a ciblé prioritairement le développement de ressources génomiques concernant l’espèce S. maritima pour l’analyse des compartiments codant et répété à l’aide de séquençage d’une banque BAC et d’un run de pyroséquençage d’ADN génomique. Les analyses ont permis d’évaluer une proportion d’éléments répétés représentant près de 30% du génome. Les données générées ont alors été comparées avec les génomes séquencés phylogénétiquement proches et ont permis de premières comparaisons entre les Spartines et les autres Poaceae.

Jury :
Angélique D’HONT Directeur de Recherche IRD Montpellier / rapporteur
Boulos CHALHOUB Directeur de Recherche URGV - INRA-CNRS Evry / rapporteur
Anne-Marie CHEVRE Directeur de Recherche INRA APBV Le Rheu / examinatrice
Jonathan WENDEL Professeur Iowa State University / examinateur
Armel SALMON Maître de Conférences Université Rennes 1 / co-encadrant de thèse
Malika AINOUCHE Professeur Université Rennes 1/ directrice de thèse


Contact OSUR : Julie FERREIRA de CARVALHO (ECOBIO)




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