10/02/2012 : Lancement du projet VegFrance, une base de données sur la végétation à l’échelle de la France

Une journée de travail dédiée à la mise en place d’une BASE de DONNEES VEGETATION à l’échelle nationale s’est tenue à Rennes le 18 janvier 2012, organisée par l’UMR ECOBIO de l’OSUR, en partenariat avec le Ministère de l’Ecologie, du Développement Durable, des Transports et du Logement, de l’Institut écologie et environnement du CNRS (InEE) et le Muséum National d’Histoire Naturelle.

Les participants ont pu prendre connaissance des expériences européennes présentées par les collègues étrangers dans le cadre du European Vegetation Survey, et d’initiatives françaises allant dans le même sens.


Contexte et objectifs du workshop

L’objectif majeur du workshop « Base de données Végétation » était d’initier une dynamique collective à l’échelle nationale pour l’élaboration d’une base de données nationale et son intégration aux bases de données européennes.

Sur le plan de la recherche, cette « Base de données végétation » permet d’analyser les patrons de distribution des espèces et les modalités de leurs assemblages en fonction de leurs traits biologiques et des caractéristiques écologiques des habitats. Ces nouvelles voies d’analyse des données (dites de data mining) représentent de nouveaux champs d’investigation très prometteurs en écologie des communautés végétales. De tels jeux de données représentent par exemple un matériel particulièrement pertinent pour mettre à l’épreuve les modèles écologiques théoriques relatifs à la dynamique de la biodiversité. C’est dans ce contexte que l’IAVS (International Association for Vegetation Science) a mis en place un groupe de travail appelé ‘Eco-informatics’ dans lequel s’inscrit SynBioSys Europe (Syntaxonomical Biological System) qui est un exemple de système d’information écologique réalisé dans le cadre de l’EVS (European Vegetation Survey).

En France, quelques bases de données ont déjà été élaborées sur une partie des habitats naturels ou sur certains secteurs biogéographiques de France (végétation forestière par l’ENGREF, prairiale par l’ENSAIA, méditerranéenne par l’IMEP). L’initiative présente entend s’appuyer sur les acteurs de ces initiatives et sur leurs expériences, mais également réunir de nouveaux partenaires et modalités de fonctionnement, pour garantir l’élaboration d’une base de données sur la végétation dans son ensemble et qui soit pérenne, fiable et disposant de moyens de gestion ad hoc à l’échelle nationale.

Une telle base de données présente de nombreux intérêts. Outre le fait de documenter l’INPN (Inventaire National du Patrimoine Naturel), elle permettrait de réviser la classification des communautés végétales du territoire français en mettant en oeuvre des analyses numériques de la végétation telles que pratiquées à l’échelle internationale. Un domaine d’application également important concerne les questions de classification de végétation à l’échelle européenne (EUNIS) ainsi que la politique de conservation des habitats naturels via la directive « Habitats » et Natura 2000. Le projet d’élaboration d‘une base de données nationale apparait également central pour mener à bien le projet de cartographie des végétations de France (CarHAB) piloté par le Ministère de l’Ecologie, du Développement Durable, du Transport et du Logement.

Au cours du workshop, des responsables européens de SynBioSys et de l’EVS sont intervenus pour présenter leur expérience et permettre à la contribution française de s’inscrire d’emblée dans un cadre européen. Une présentation technique des logiciels Turboveg (logiciel de base de données) et Juice (logiciel de traitement des données phytosociologiques) a été proposée aux participants. Par ailleurs, ce workshop a permis d’étudier les modalités concrètes pour lancer le projet « Base de données Végétation » à l’échelle nationale. Le workshop a donc réuni une partie des partenaires susceptibles d’être intéressés par la mise en place et l’utilisation d’une base de données nationale : INEE-CNRS, INRA, MNHN, Universités, Conservatoires Botaniques Nationaux et Société Française de Phytosociologie. La poursuite de ce projet vise maintenant à réunir l’ensemble des parties prenantes.



Lancement du projet VegFrance

En résumé, la discussion a permis de dégager des accords qui vont désormais structurer le projet :
- la base de données nationale est un projet unanimement soutenu par les participants
- elle accueillera tout relevé de végétation auquel seront associés une localisation, un auteur, un référentiel taxonomique et une méthode.
- ce projet vise à intégrer les initiatives déjà existantes à l’échelle nationale
- un ‘groupe opérationnel’ a été mis en place et sa composition validée par les participants de la journée du 18 janvier 2012 ; il a pour mission de faire avancer le projet rapidement
- le projet sera discuté au sein d’un comité de pilotage, en cours de constitution.

Email de contact du groupe opérationnel : @

Les Membres du groupe opérationnel sont :
- la Société Française de Phytosociologie, représentée par Gilles Thébaud de l'Université de Clermont-Ferrand
- la Fédération des Conservatoires Botaniques Nationaux représenté par Jérôme Millet
- l'UMS 3468 BBEES, Bases de données sur la Biodiversité, Ecologie, Environnement et Sociétés du CNRS-MNHN, représentée par Chloé Martin
- l'UMR ECOBIO de l'OSUR, représentée par Anne Bonis et Jan-Bernard Bouzillé.


Rappel du programme du workshop

Matinée : exposés :
- 10H00-10H30: Rodwell John, ‘European Vegetation Survey: aims and methods’
- 10H30-11H00: Schaminee Joop ; ‘Use of the ecological information system SynBioSys for the analysis of large datasets’
- 11H00-11H30: Chytry Milan ‘The Czech experience for setting up a national vegetation dataset: steps and benefits‘
- 11H30-12H00: Arnault Lalanne ‘Le programme de cartographie des végétations de France (CARHAB)’
- 12H00-12H30: Garnier Eric ‘Base de données végétation et traits de vie des espèces : le projet DIVGRASS’

Après-midi :
- 14H30-15H00 : S. Plantureux et B. Amiaud : Présentation de la base de données e-Flora-sys
- 15H00-16H30 : Table ronde sur le projet d’élaboration d’une base de données nationale
- 17H00-17H30 : Visio-conférence avec Yvan Lagadeuc, DSA INEE-CNRS
- 17H30-18H30 : Discussion et conclusion générales

Les présentations de la matinée et les discussions qui les ont accompagnées ont permis un partage d’expériences :
- sur les modalités de mise en place d’une base de données végétation sur le plan national
- sur les objectifs qui peuvent être atteints grâce à une base de données nationale sur la végétation

Cette première journée de présentation et de discussion a été suivie de deux jours de formation aux logiciels Turboveg, e-Flora-sys et Juice.